Danke für die Antworten, ich verzweifle langsam, weil ich seit zwei Tagen an dem Problem herumbastle und kaum weiterkomme, weil ich nur Amateurin bin. Sei's drum: Allem Anschein nach ist xltxtra der Übeltäter. Hier ist meine komplette, unveränderte Präambel samt wenigen Beispielen au dem Dokument, da ich verschiedene Sprachen nutze, die auch funktionieren müssen:
\documentclass[fontsize=12pt,twoside]{scrartcl}
\usepackage{xltxtra,fontspec,xunicode,polyglossia}
\usepackage{setspace,cjhebrew,fancyhdr,graphicx,hyphenat}
\usepackage{booktabs,tabularx,longtable,array,color,calc}%\usepackage{marginnote}
%\usepackage{titletoc}
%\usepackage[english=american,
%german=guillemets,
%autostyle]{csquotes}
%\MakeAutoQuote{“}{”} \MakeAutoQuote*{<}{>}
\addtokomafont{title}{\rmfamily}
\addtokomafont{section}{\rmfamily}
\addtokomafont{subsection}{\rmfamily}
\addtokomafont{subsubsection}{\rmfamily}
\setlength\emergencystretch{10pt}
\usepackage{paralist}
%\usepackage{geometry} %für manuelle Seitenränder und so
%\geometry{includehead,tmargin=2.5cm,lmargin=2.5cm,bmargin=2.5cm,rmargin=2.5cm}
%%%%%%%%%%%%%%%%: Sprachen und Schriften
%\usepackage{bidi} %bidirektionales Schreiben, sollte als letztes Paket geladen werden. \RL{} oder \setRL und \setLR
\setmainlanguage[spelling=old,babelshorthands=true]{german}
\setotherlanguage{hebrew}
\setotherlanguage[variant=polytonic]{greek}
%\setotherlanguages{english,latin}
\defaultfontfeatures{Scale=MatchLowercase,Mapping=tex-text}
\setmainfont{Minion Pro}
\setmonofont[Scale=0.90,]{Courier}
\setsansfont{Helvetica}
\newfontfamily\greekfont[FakeStretch=1.05,LetterSpace=1.3]{Times}
\newfontfamily\hebrewfont[Scale=0.85]{Ezra SIL}
\newcommand{\heb}[1]{\RL{\hebrewfont{#1}}}
\newfontfamily\copticfont[Scale=1]{Antinoou}
\newcommand{\coptic}[1]{\LR{\copticfont{#1}}}
\newfontfamily\sanskritfont[Scale=1]{Lohit-Devanagari}
\newcommand{\sanskrit}[1]{\LR{\sanskritfont{#1}}}
\newenvironment{transgreek}%Griechisch per BetaCode
{\greekfont\catcode`\~=12 \begin{otherlanguage}{greek}%
\addfontfeature{Mapping=betacodetogreek}}
{\end{otherlanguage}}
\newenvironment{transgreek*}
{\greekfont\catcode`\~=12 \begin{otherlanguage*}{greek}%
\addfontfeature{Mapping=betacodetogreek}}
{\end{otherlanguage*}}
\newcommand{\gk}{\begingroup
\greekfont\catcode`\~=12 \innertexttransgreek}
\newcommand*{\innertexttransgreek}[1]{%
\begin{transgreek*}#1\end{transgreek*}\endgroup}
%%%%%%% Bibliographie
\usepackage[backend=biber,style=authortitle-dw,bibencoding=UTF-8]{biblatex}
\bibliography{Bibliographie2.bib}%Hier Namen der Bilbiographie-Datei eintragen!
\DeclareFieldFormat*{citetitle}{\mkbibemph{#1}}
\DeclareFieldFormat*{title}{\mkbibemph{#1}}
\DeclareFieldFormat*{booktitle}{\mkbibemph{#1}}
%\DeclareFieldFormat[incollection]{title}{\mkbibemph{#1}}
\DeclareFieldFormat*{maintitle}{\mkbibemph{#1}}
\DeclareFieldFormat*{subtitle}{\textup{#1}}
\DeclareFieldFormat*{booksubtitle}{\textup{#1}}
\DeclareFieldFormat*{addendum}{\mkbibbrackets{#1}}
%\DefineBibliographyStrings{german}{thiscite = {hier\addcolon\space}}
%\DefineBibliographyStrings{german}{sequens = {f}}% "f" ohne punkt
%\DefineBibliographyStrings{german}{sequentes = {ff}}% "ff" ohne punkt
\renewcommand*{\sqspace}{}% kein leerzeichen nach "f"/"ff"
% unterteiltes Literaturverzeichnis
\defbibheading{ed}{\section*{Textausgaben und Übersetzungen}}
\defbibheading{quelle}{\section*{Textausgaben weiterer Quellentexte}}
\defbibheading{lit}{\section*{Sekundärliteratur}}
\renewbibmacro*{title}{%
\ifthenelse{\iffieldundef{title}\AND\iffieldundef{subtitle}}
{}
{\printtext[title]{%
\printfield[titlecase]{title}}%
\setunit{\subtitlepunct}%
\printfield{subtitle}%
\newunit}%
\printfield{titleaddon}}
%% Aussehen des Literaturverzeichnisses %%
\AtBeginBibliography{%
\renewcommand*\mkbibnamefirst[1]{\bfseries{#1}}
\renewcommand*\mkbibnamelast[1]{\bfseries{#1}}
\renewcommand*\mkbibnameprefix[1]{\bfseries{#1}}
\renewcommand*\mkbibnameaffix[1]{\bfseries{#1}}
}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%: Formatdefinitionen
\newenvironment{aDesc}[1]
{\begin{list}{}
{\singlespacing\renewcommand\makelabel[1]{{##1}\hfil}
\settowidth\labelwidth{\makelabel{#1}}
\setlength\leftmargin{\labelwidth+\labelsep}
\setlength\itemsep{0pt}\setlength\parsep{0pt}}}
{\end{list}}
\deffootnote{12pt}{12pt}{\makebox[12pt][l]{\textsuperscript*{\thefootnotemark}}}%
\clubpenalty=10000\widowpenalty=10000
\raggedbottom
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%: Header
\usepackage{fancyhdr}
\pagestyle{fancy}
\fancyhf{}
\fancyhead[OL,ER]{Autor: \emph{Text}}
\fancyhead[EL,OR]{Kommentar Kapitel \thesection}
\renewcommand{\headrulewidth}{0.2pt} %obere Trennlinie
\fancyfoot[OR,EL]{\thepage}
\begin{document}
\subsection*{Überschrift}
Text text text text
\emph{kursiv}
text text ...
\textbf{\textgreek{συγγραφέως}:} Text text text
\begin{compactenum}
\item erster Punkt
\item zweiter Punkt
\end{compactenum}
\begin{quote}
\small{\textgreek{Καὶ ἐκπορευομένου αὐτοῦ ...}
Deutscher Text...}\footnote{Quellenangabe}
\end{quote}
\begin{quote}
\small{\coptic{ⲧⲙⲛ̄ⲧⲉⲣⲟ ⲉⲥⲧⲛ̄ⲧⲱⲛ ⲉⲩⲣⲱⲙⲉ }\\
Deutscher Text...}\end{quote}
\begin{quote}
\begin{flushright}
\texthebrew{אמר לחד אית לך בר אמר ליה הין אמר לחד אית לך ברתא אמר ליה הין אמר אסיבו להון ויהא ממונא לתרויהון מה יתיב גביה}\\
\end{flushright}
\small{Übersetzung}
\end{quote}
Sanskrit \sanskrit{ब्राह्मण}
\end{document}
Wenn ich xltxtra herausnehme kompiliert es.
Allerdings frage ich mich, ob dabei nicht irgendetwas verlorengeht.
Es bleiben zwei andere Probleme:
Die Fußnoten sind anders: vorher war die Ziffer linksbündig und hochgestellt mit einem Abstand zum Fußnotentext, jetzt steht sie einfach ohne Abstand am Beginn der Zeile.
Und der Text in der PDF sieht irgendwie verschwommen aus.
\documentclass[fontsize=12pt,twoside]{scrartcl}
\usepackage{xltxtra,fontspec,xunicode,polyglossia}
\usepackage{setspace,cjhebrew,fancyhdr,graphicx,hyphenat}
\usepackage{booktabs,tabularx,longtable,array,color,calc}%\usepackage{marginnote}
%\usepackage{titletoc}
%\usepackage[english=american,
%german=guillemets,
%autostyle]{csquotes}
%\MakeAutoQuote{“}{”} \MakeAutoQuote*{<}{>}
\addtokomafont{title}{\rmfamily}
\addtokomafont{section}{\rmfamily}
\addtokomafont{subsection}{\rmfamily}
\addtokomafont{subsubsection}{\rmfamily}
\setlength\emergencystretch{10pt}
\usepackage{paralist}
%\usepackage{geometry} %für manuelle Seitenränder und so
%\geometry{includehead,tmargin=2.5cm,lmargin=2.5cm,bmargin=2.5cm,rmargin=2.5cm}
%%%%%%%%%%%%%%%%: Sprachen und Schriften
%\usepackage{bidi} %bidirektionales Schreiben, sollte als letztes Paket geladen werden. \RL{} oder \setRL und \setLR
\setmainlanguage[spelling=old,babelshorthands=true]{german}
\setotherlanguage{hebrew}
\setotherlanguage[variant=polytonic]{greek}
%\setotherlanguages{english,latin}
\defaultfontfeatures{Scale=MatchLowercase,Mapping=tex-text}
\setmainfont{Minion Pro}
\setmonofont[Scale=0.90,]{Courier}
\setsansfont{Helvetica}
\newfontfamily\greekfont[FakeStretch=1.05,LetterSpace=1.3]{Times}
\newfontfamily\hebrewfont[Scale=0.85]{Ezra SIL}
\newcommand{\heb}[1]{\RL{\hebrewfont{#1}}}
\newfontfamily\copticfont[Scale=1]{Antinoou}
\newcommand{\coptic}[1]{\LR{\copticfont{#1}}}
\newfontfamily\sanskritfont[Scale=1]{Lohit-Devanagari}
\newcommand{\sanskrit}[1]{\LR{\sanskritfont{#1}}}
\newenvironment{transgreek}%Griechisch per BetaCode
{\greekfont\catcode`\~=12 \begin{otherlanguage}{greek}%
\addfontfeature{Mapping=betacodetogreek}}
{\end{otherlanguage}}
\newenvironment{transgreek*}
{\greekfont\catcode`\~=12 \begin{otherlanguage*}{greek}%
\addfontfeature{Mapping=betacodetogreek}}
{\end{otherlanguage*}}
\newcommand{\gk}{\begingroup
\greekfont\catcode`\~=12 \innertexttransgreek}
\newcommand*{\innertexttransgreek}[1]{%
\begin{transgreek*}#1\end{transgreek*}\endgroup}
%%%%%%% Bibliographie
\usepackage[backend=biber,style=authortitle-dw,bibencoding=UTF-8]{biblatex}
\bibliography{Bibliographie2.bib}%Hier Namen der Bilbiographie-Datei eintragen!
\DeclareFieldFormat*{citetitle}{\mkbibemph{#1}}
\DeclareFieldFormat*{title}{\mkbibemph{#1}}
\DeclareFieldFormat*{booktitle}{\mkbibemph{#1}}
%\DeclareFieldFormat[incollection]{title}{\mkbibemph{#1}}
\DeclareFieldFormat*{maintitle}{\mkbibemph{#1}}
\DeclareFieldFormat*{subtitle}{\textup{#1}}
\DeclareFieldFormat*{booksubtitle}{\textup{#1}}
\DeclareFieldFormat*{addendum}{\mkbibbrackets{#1}}
%\DefineBibliographyStrings{german}{thiscite = {hier\addcolon\space}}
%\DefineBibliographyStrings{german}{sequens = {f}}% "f" ohne punkt
%\DefineBibliographyStrings{german}{sequentes = {ff}}% "ff" ohne punkt
\renewcommand*{\sqspace}{}% kein leerzeichen nach "f"/"ff"
% unterteiltes Literaturverzeichnis
\defbibheading{ed}{\section*{Textausgaben und Übersetzungen}}
\defbibheading{quelle}{\section*{Textausgaben weiterer Quellentexte}}
\defbibheading{lit}{\section*{Sekundärliteratur}}
\renewbibmacro*{title}{%
\ifthenelse{\iffieldundef{title}\AND\iffieldundef{subtitle}}
{}
{\printtext[title]{%
\printfield[titlecase]{title}}%
\setunit{\subtitlepunct}%
\printfield{subtitle}%
\newunit}%
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%% Aussehen des Literaturverzeichnisses %%
\AtBeginBibliography{%
\renewcommand*\mkbibnamefirst[1]{\bfseries{#1}}
\renewcommand*\mkbibnamelast[1]{\bfseries{#1}}
\renewcommand*\mkbibnameprefix[1]{\bfseries{#1}}
\renewcommand*\mkbibnameaffix[1]{\bfseries{#1}}
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%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%: Formatdefinitionen
\newenvironment{aDesc}[1]
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{\singlespacing\renewcommand\makelabel[1]{{##1}\hfil}
\settowidth\labelwidth{\makelabel{#1}}
\setlength\leftmargin{\labelwidth+\labelsep}
\setlength\itemsep{0pt}\setlength\parsep{0pt}}}
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\deffootnote{12pt}{12pt}{\makebox[12pt][l]{\textsuperscript*{\thefootnotemark}}}%
\clubpenalty=10000\widowpenalty=10000
\raggedbottom
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%: Header
\usepackage{fancyhdr}
\pagestyle{fancy}
\fancyhf{}
\fancyhead[OL,ER]{Autor: \emph{Text}}
\fancyhead[EL,OR]{Kommentar Kapitel \thesection}
\renewcommand{\headrulewidth}{0.2pt} %obere Trennlinie
\fancyfoot[OR,EL]{\thepage}
\begin{document}
\subsection*{Überschrift}
Text text text text
\emph{kursiv}
text text ...
\textbf{\textgreek{συγγραφέως}:} Text text text
\begin{compactenum}
\item erster Punkt
\item zweiter Punkt
\end{compactenum}
\begin{quote}
\small{\textgreek{Καὶ ἐκπορευομένου αὐτοῦ ...}
Deutscher Text...}\footnote{Quellenangabe}
\end{quote}
\begin{quote}
\small{\coptic{ⲧⲙⲛ̄ⲧⲉⲣⲟ ⲉⲥⲧⲛ̄ⲧⲱⲛ ⲉⲩⲣⲱⲙⲉ }\\
Deutscher Text...}\end{quote}
\begin{quote}
\begin{flushright}
\texthebrew{אמר לחד אית לך בר אמר ליה הין אמר לחד אית לך ברתא אמר ליה הין אמר אסיבו להון ויהא ממונא לתרויהון מה יתיב גביה}\\
\end{flushright}
\small{Übersetzung}
\end{quote}
Sanskrit \sanskrit{ब्राह्मण}
\end{document}
