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\documentclass{article}
\usepackage{graphicx}%um grafiken einzufügen
\usepackage{xcolor}%um text farbig zu machen
\usepackage{standalone}%um die anderen tex dateien fehlerfrei einzubinden
\usepackage{ulem}%um text unterstreichen zu können (z.b.)
\usepackage{hyperref} %um hyperlinks einzufügen
\usepackage[absolute]{textpos} %um grafiken beliebig genau positionieren zu können
\begin{document}

%Titelblatt einfügen

\section{Introduction}
\subsection{Motivation}		\input{Armor} 	%\newpage
\subsection{Goals}			\input{goals}
\newpage
\section{Background}
\subsection{Data Format Unisens}	\input{Unisens}	%notepad++
\subsection{Data Format EDF} 		\input{EDF}		%polyman
\subsection{Various psychophysiologic signals}
\subsubsection{ECG}			\input{ECG}		\newpage
\subsubsection{EEG}
\subsubsection{Further measures/signals}
\subsection{Matlab} 	%MATLAB Rb2013b.Ink 
\newpage
\section{Implementation}
\subsection{Pre-existing work}	\input{Preexisting}		\newpage %altes merger.m, converter, 
\subsubsection{Structure of the GUI} \input{GUI}	\newpage
\subsection{Groundwork} \input{groundwork}	%note: ist dasüberhaupt notwendig? einfach als kurze einführung bei implem?
\subsection{Programming}	\input{programming}
\newpage
\section{Evaluation} %Tabelle wie lange was gebraucht hat
\subsection{Testing all functions} %case testing. alex nohmal fragen wie das heißt
\newpage
\section{Conclusion}
\newpage
\section{List of References}		\input{References}

\end{document}

wenn es in den eingefügten dateien einen fehler ghab wurde mir das immer direkt angezeigt, dewegen habe ich das jetzt mal ausgeschlossen.

der fehler sieht wie folgt aus:
! Misplaced alignment tab character &. .../voe_main2.getVollText?pDocumentNr=111055&
.
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