Das eine ("Gesamtdatei-Anhang") war doch nur zur Erläuterung der Sachlage.
Natürlich habe ich die im Minimalbeispiel als "Datei 3" angegebene .tex-Datei "Anhang" benannt und in der im Minimalbeispiel als "Datei 1" angegebenen .tex Datei als \externaldocument{Anhang} eingefügt.
Probiert es doch mit den kurzen Beispielen einmal aus. Irgendwo muss doch ein Fehler sein.
Edit: Ich habe den Post mit den Codes entsprechend abgeändert. Dort bitte die Edit2-Notiz beachten.
(BTW: Haben die Posts hier keine Nummern? Ich hoffe ihr wisst, welchen Post ich meine.)
Also bei mir funktioniert das Minimalbeispiel. Dabei ist es auch egal, ob ich input oder include verwende (zumindest für diesen Zweck -- ansonsten ist include schon besser).
Ich würde tendentiell auch empfehlen scrreprt zu nehmen, da du dann eben auch Kapitel (\chapter) verwenden kannst. Aber da du ja eigentlich schon fertig bist, ist das vielleicht auch nicht notwendig.
Wenn es bei dir nicht geht, müsstest du mal deine log Datein posten bzw. besser irgendwo hochladen. Vielleicht ist dein System nicht aktuell oder etwas ähnliches.
Ich nutze die MacTeX-2013 Distribution und verwendet den Editor Latexian aus dem Mac App Store. Dieser erzeugt offensichtlich – warum auch immer – keine Anhang.aux-Datei. Das ist mir bisher nicht aufgefallen, da die Kompilierung ja ohne Fehlermeldung von statten geht (und alle temporären Dateien aus dem Ordner gelöscht werden nach dem Vorgang).
Ich habe jetzt einmal den TexMaker benutzt – und siehe da! Es funktioniert.
Ich darf mich also zunächst einmal bei allen Helfenden bedanken! Zumindest das Minimalbeispiel funktioniert jetzt! Ich halte den Status dieses Threads mit Verweis auf den Post mit den Minimalbeispielen zunächst noch auf "mit Vorschlag". Ich werde mich morgen wieder mit meiner Diplomarbeit auseinandersetzen und dann schauen, ob ich da ebenfalls das gewünschte Ergebnis hinbekomme. Dann vermelde ich hier Erfolg und setze den Status entsprechend auf "beantwortet" um.