Tatsächlich lese ich so etwas bei Windows+MiKTeX immer mal wieder – meist nach einer Neuinstallation. Die Ursache kann sein, dass bei MiKTeX normalerweise nur ein Basissystem installiert wird. Beim ersten LaTeX-Lauf werden dann alle vom Dokument benötigten Pakete on-the-fly nachinstalliert. Wenn man in der Konfiguration eingestellt hat, dass MiKTeX bei fehlenden Paketen fragen soll, dann erkennt man die Ursache auch direkt. Außerdem hat man dann die Möglichkeit, bei einer Multi-User-Installation die Nachinstallation ebenfalls direkt für alle (als Admin) durchzuführen. Das erleichtert die Verwaltung von MiKTeX letztlich, weil man dann auch Updates nur noch als Admin und nicht sowohl im Admin- als auch im User-Modus durchführen muss.
Bei TeX-Live dauert dafür die Installation selbst lange, weil dort in der Voreinstellung (nahezu) alles installiert wird. Dafür hat man dann nicht mehr das Problem, dass Pakete beim LaTeX-Lauf nachinstalliert werden müssen. Außerdem entspringen alle Pakete einem Tagesstand, was beispielsweise für biblatex-Zusatzpakete oder l3-basierte Pakete meist von Vorteil ist.g
Eine andere Ursache kann nach einer Neuinstallation sein, dass der Virenscanner noch nicht alle Dateien geprüft hat und den Zugriff dann so lange verzögert, bis eine Datei überprüft wurde. Bei vielen neuen Dateien kann auch das Zeit kosten.
Bei LuaLaTeX kann eine zusätzliche Ursache sein, dass ggf. die Font-Datenbank neu aufgebaut werden muss. Dass passiert immer dann, wenn luaotfload ein Update erfahren hat oder man einen neuen Font verwendet.
Disclaimer: Ich verwende weder Windows noch MiKTeX noch TeXstudio, sondern beziehe mein Wissen darüber aus LaTeX-Foren wie diesem.