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Ich möchte die Ausgabe der von Texmaker erzeugten Files im Unterordner build organisieren (Optionen -> Texmaker konfigurieren). Die Ausgangssituation (Anhang 1) ist, dass das Dokument inkl. Abkürzungs- und Symbolverzeichnis erstellt wird. Hier nutze ich die Option "Schnelles Übersetzen" "Benutzerdefiniert":

pdflatex -synctex=1 -interaction=nonstopmode %.tex
|bibtex %|pdflatex -synctex=1 -interaction=nonstopmode %.tex
|pdflatex -synctex=1 -interaction=nonstopmode %.tex

Die Situation nach der Auswahl eines Unterordners (Anhang 2) ist, dass das Dokument OHNE Abkürzungs- und Symbolverzeichnis erstellt wird. Hier nutze ich die Option "Schnelles Übersetzen" "Benutzerdefiniert":

pdflatex -synctex=1 -interaction=nonstopmode %.tex
|bibtex glo|pdflatex -synctex=1 -interaction=nonstopmode %.tex
|pdflatex -synctex=1 -interaction=nonstopmode %.tex
|open build/%.pdf

Im Dokument (hier nicht angehängt) verwende ich die Option "automake" im Package \usepackage[nonumberlist,acronym,automake,toc]{glossaries}.
Eventuell weiss ja jemand Abhilfe bzw. kann mir die korrekten Einstellungen mitteilen.

Der nächste, der sich das Leben schwer macht, indem er einen build-Ordner benutzt. Alle paar Tage taucht auf tex.SX dazu eine Frage auf, weil \tikzexternalize nicht geht, oder bibtex, oder biber, oder makeindex, oder makeglossaries, oder xindy, oder ...

Lass es doch einfach sein. Ich darf dir versichern, dass keiner von den wirklich guten Leuten, diese Option benutzt.

Anstatt einen Build Ordner zu verwenden, benutze ich die Funktion Tools -> Hilfsdateien aufräumen. Damit kann man die erzeugten Hilfsdateien löschen und somit eine saubere Struktur gewährleisten.