Mir ist noch immer nicht so recht klar, was Du willst, aber vielleicht könnte Dir 
pdfcomment (← dies ist ein geprüfter Link, der direkt zur Paketkurzbeschreibung auf CTAN führt!) oder 
ocgtools oder 
attachfile helfen. Das erste stellt 
annotations, das zweite 
layers zur Verfügung. Natürlich gibt es bei PDF auch die Möglichkeit mit 
attachments (3. Vorschlag) zu arbeiten.