Wie in dem schon verlinkten
https://tex.stackexchange.com/q/63852/35864 ganz wunderbar erklärt ist, musst Du auf Deinem Dokument erst LaTeX (das steht hier für Deine Lieblingssorte von LaTeX, also pdfLaTeX, LuaLaTeX, XeLaTeX, ...) laufen lassen, dann Biber und dann noch mindestens zwei mal LaTeX. Das liegt grob gesagt daran, dass LaTeX und Biber miteinander über temporäre Dateien kommunizieren. Diese Dateien werden in den unterschiedlichen Durchläufen erzeugt und eingelesen (mehr Details im Link). (Weil es auch manchmal für Verwirrung sorgt: Sowohl LaTeX als auch Biber werden auf (dem Basename) der Haupt-
.tex-Datei ausgeführt. Biber wird also nicht auf der
.bib-Datei aufgerufen.)
Für TeXworks heißt das, dass Du in der Auswahlbox erst Deine Lieblings-LaTeX-Sorte auswählst, damit kompilierst, dann auf Biber umstellst, kompilierst, dann wieder zu LaTeX zurück gehst und dann noch zwei mal kompilierst.
Angenommen, Dein Dokument ist bereits einmal voll kompiliert worden, benötigt nicht jede weitere Änderung einen vollen Durchlauf des Zyklus. Wenn Du nichts an Zitaten, der
.bib-Datei oder deren Einstellungen änderst, reichen zumeist ein oder zwei LaTeX-Läufe aus. Zumeist wird LaTeX dich auch in der
.log-Datei darauf aufmerksam machen, ob weiter Läufe (auch von Biber) notwendig sind. Alle Situationen, die weitere Läufe erfordern, können so allerdings nicht detektiert werden. Wenn Du auf Nummer sicher gehen möchtest, kannst Du also zwischendurch ruhig noch mal den vollen LaTeX-Biber-LaTeX-LaTeX-Zyklus durchlaufen lassen.
Wie gesagt, gibt es tolle Tools wie
latexmk, die es in den meisten Fällen hinbekommen, alle erforderlichen Läufe automatisch zu erkennen und auszuführen. Da benötigt es dann zumeist nur einen Knopfdruck.