Probleme mit Bibdatei von Mendeley Thema ist als GELÖST markiert

Erstellung eines Literaturverzeichnisses mit BibTeX, Biber, BibLaTeX und Co.


mooncyclist
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Probleme mit Bibdatei von Mendeley

Beitrag von mooncyclist »

Liebes Forum,
ich habe folgendes Problem und ich hoffe ihr könnt mir helfen:
Ich schreibe derzeit meine Dissertation und nutze LaTeX (MacTeX&MacTeXtras und als Editor Texmaker) und Mendeley (BibTeX) für einen Teil meines Literaturverzeichnisses.
Das hat bisher sehr gut geklappt und jegliche Literatur, die ich bei Mendeley unter meinem Ordner gespeichert habe wurde in die bibdatei hinzugefügt, im Literaturverzeichnis aufgelistet und ich konnte sie im Text zitieren.

Nun habe ich ein Review hinzugefügt, (bibtex Process exited normally) und bekomme dann aber folgende Fehlermeldung:

! Package inputenc Error: Unicode char ​ (U+200B) (inputenc) not set up for use with LaTeX.

Ich habe mir den bibdatei Eintrag zum Review angeschaut, finde aber keinen Fehler:

@article{Jang2017,
abstract = {Synaptic adhesion molecules have been extensively studied for their contribution to the regulation of synapse development through trans-synaptic adhesions. However, accumulating evidence increasingly indicates that synaptic adhesion molecules are also involved in the regulation of excitatory synaptic transmission and plasticity, often through direct or close associations with excitatory neurotransmitter receptors. This review summarizes recent results supporting this emerging concept and underlying mechanisms, and addresses its implications.},
author = {Jang, Seil and Lee, Hyejin and Kim, Eunjoon},
doi = {10.1016/j.conb.2017.03.005},
file = {:Users/anna/Desktop/ /Literatur/1{\_}speziell{\_}Doktorarbeit/1-s2.0-S0959438816301866-main.pdf:pdf},
issn = {09594388},
journal = {Current Opinion in Neurobiology},
month = {aug},
pages = {45--50},
pmid = {28390263},
publisher = {Elsevier Ltd},
title = {​Synaptic adhesion molecules and excitatory synaptic transmission},
url = {http://dx.doi.org/10.1016/j.conb.2017.03.005},
volume = {45},
year = {2017}
}

Dann habe ich versucht ein Minimalbeispiel zu machen, welches aber funktioniert und leider bin ich so eine Anfängerin, dass ich es nicht schaffe, das Minimalbeispiel so auszuweiten, dass ich den Fehler reproduzieren kann (dann würde ich wohl auch nicht eure Hilfe brauchen?):

\begin{filecontents*}{Doktorarbeit.bib}
@article{Jang2017,
abstract = {Synaptic adhesion molecules have been extensively studied for their contribution to the regulation of synapse development through trans-synaptic adhesions. However, accumulating evidence increasingly indicates that synaptic adhesion molecules are also involved in the regulation of excitatory synaptic transmission and plasticity, often through direct or close associations with excitatory neurotransmitter receptors. This review summarizes recent results supporting this emerging concept and underlying mechanisms, and addresses its implications.},
author = {Jang, Seil and Lee, Hyejin and Kim, Eunjoon},
doi = {10.1016/j.conb.2017.03.005},
file = {:Users/anna/Desktop/ /Literatur/1{\_}speziell{\_}Doktorarbeit/1-s2.0-S0959438816301866-main.pdf:pdf},
issn = {09594388},
journal = {Current Opinion in Neurobiology},
month = {aug},
pages = {45--50},
pmid = {28390263},
publisher = {Elsevier Ltd},
title = {​Synaptic adhesion molecules and excitatory synaptic transmission},
url = {http://dx.doi.org/10.1016/j.conb.2017.03.005},
volume = {45},
year = {2017}
}
\end{filecontents*}

\documentclass[a4paper,12pt,headsepline,oneside,bibtotoc,pointlessnumbers,BCOR15mm]{scrbook}
\KOMAoptions{DIV=last}
\usepackage{float} 
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{biblatex}
\addbibresource{Doktorarbeit.bib}
\usepackage{hyperref}

\begin{document}

Hier steht ein Text und ich möchte S.Jang zitieren \cite{Jang2017} 

\end{document}

Jetzt weiß ich also nicht mehr weiter und bräuchte Hilfe. Bisher hat alles einwandfrei funktioniert und auch andere hinzugefügte Reviews funktionieren weiterhin.
Vielleicht als Zusatzinfo (wobei ich nicht einschätzen kann ob das relevant ist), ich nutze multibib um sowohl das (von Mendeley erstellte) Literaturverzeichnis zu haben, als auch ein eigen erstelltes Verzeichnis für Webadressen. Das funktioniert auch gut.
Das Problem ist auch, dass ich ja die Literaturverzeichnis-Bibdatei nicht selbstständig verwalte, d.h. sollte ich eine Änderung vornehmen, würde diese ja bei dem nächsten Mendeley-bibdatei "Update" wieder rausfliegen?

Vielleicht ist die Lösung auch ganz einfach und ich - wie gesagt- schlicht und einfach absolute Anfängerin.

Liebe Grüße und Danke im Voraus!

Zuletzt geändert von Stefan Kottwitz am Sa 20. Mär 2021, 11:03, insgesamt 2-mal geändert.
Grund: Code markiert

Gastname ungültig

Re: Probleme mit Bibdatei von Mendeley

Beitrag von Gastname ungültig »

U+200B ist ein breitenloses Leerzeichen. Das wirst du im Zweifelsfall nicht sehen. Wie das in die Datei gekommen ist, ist schwer zu sagen. Mit etwas Glück funktioniert es schon, wenn du den Eintrag von dieser Seite zurück in die Datei kopierst. Sonst hilft abtippen.

Übrigens:

bibtotoc,pointlessnumbers,BCOR15mm sind alles veraltete Optionen, die man schon seit Jahrzehnten nicht mehr verwenden sollte. Näheres findest du in der log-Datei.

\usepackage[utf8]{inputenc} braucht man schon seit 2018 nicht mehr.

Wie man tatsächlich ein Minimalbeispiel macht, das das Problem auch zeigt, findet man unter dem Link in diesem Satz.

Und wie man Code korrekt als solchen markiert, findet man im Link dieses Satzes.

Warum sowohl ein korrektes Minimalbeispiel als auch die Markierung inzwischen wirklich wichtig ist, ist hier angegeben.


Grummelgast

Re: Probleme mit Bibdatei von Mendeley

Beitrag von Grummelgast »

mooncyclist hat geschrieben:
Fr 19. Mär 2021, 11:44

ich nutze multibib um sowohl das (von Mendeley erstellte) Literaturverzeichnis zu haben, als auch ein eigen erstelltes Verzeichnis für Webadressen.

Nö, du verwendest im gezeigten Code biblatex und das ist inkompatibel mit multibib.


mooncyclist
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Re: Probleme mit Bibdatei von Mendeley

Beitrag von mooncyclist »

Vielen vielen Dank für die schnelle Antwort,
ich habe das breitenlose Leerzeichen durch das Minimalbeispiel gefunden, eliminiert und jetzt funktioniert es!

Dass das komplett veraltete Optionen sind, ist mir mehr oder weniger klar. Das Problem ist, ich habe eine freie LaTeX Vorlage für Dissertationen vor einiger Zeit mal gefunden und habe mich dann erst mehr und mehr eingearbeitet und sie stellenweise angepasst. Aber nach dem Motto "never change a running system" habe ich viele Sachen einfach unangetastet gelassen. Dass das nicht die feine Art ist und zu vielen Problemen führen kann - insbesondere wenn man nicht ganz so genau weiß, für was welche Option genau steht- ist mir durchaus bewusst!

Ja, Grummelgast, es ist mir bewusst, dass ich das Minimalbeispiel anders aufgebaut habe. Das liegt zum Einen an meinem Unvermögen multibib in ein Minimalbeispiel zu packen, aber zum Anderen auch daran, dass ich dachte, dass es ja an dem Ursprung des Fehlers, nämlich dem Problem in der Bibdatei erstmal nichts ändert.

Vielen Dank jedenfalls,
anna


Grummelgast

Re: Probleme mit Bibdatei von Mendeley

Beitrag von Grummelgast »

mooncyclist hat geschrieben:
Fr 19. Mär 2021, 13:17

Ja, Grummelgast, es ist mir bewusst, dass ich das Minimalbeispiel anders aufgebaut habe. Das liegt zum Einen an meinem Unvermögen multibib in ein Minimalbeispiel zu packen, aber zum Anderen auch daran, dass ich dachte, dass es ja an dem Ursprung des Fehlers, nämlich dem Problem in der Bibdatei erstmal nichts ändert.

So ganz egal ist das nicht. Da multibib nicht biber, sondern bibtex oder bibtex8 verwendet, sollte man nämlich in diesem Fall als Exportcodierung der bib-Datei eben nicht UTF8 verwenden. Stattdessen sollten Zeichen außerhalb von US-ASCII dann entsprechend der bibtex-Anleitung mit entsprechenden Befehlen codiert werden. Und wenn man nicht UTF8 exportiert, dann sollten natürlich auch keine UTF8-Zeichen wie U+2008 vorkommen. Wenn doch, dann taugt der Export nichts → Bugreport.


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Re: Probleme mit Bibdatei von Mendeley

Beitrag von KOMA »

mooncyclist hat geschrieben:
Fr 19. Mär 2021, 13:17

Dass das komplett veraltete Optionen sind, ist mir mehr oder weniger klar. Das Problem ist, ich habe eine freie LaTeX Vorlage für Dissertationen vor einiger Zeit mal gefunden und habe mich dann erst mehr und mehr eingearbeitet und sie stellenweise angepasst. Aber nach dem Motto "never change a running system" habe ich viele Sachen einfach unangetastet gelassen.

Das steht Dir natürlich frei. Da ich aber inzwischen bei KOMA-Script die Phase der Konsolidierung eingeläutet habe, also erklärter Maßen von Version zu Version mehr seit langem als veraltet deklarierte Dinge rauswerfe, birgt das ein erhebliches Risiko. Außerdem hängst Du Dich damit von inzwischen 15 Jahren typografischer Verbesserung in KOMA-Script ab. Zuletzt sind die ganzen Leute auf die Nase gefallen, die entgegen aller Ratschläge, 8 Jahre nach der Ablösung von scrpage2 noch immer dieses veraltete Paket verwendet haben. Die veralteten Optionen stehen auf meiner Agenda in der Tat ganz oben. Und da nicht mehr vorhandene Optionen bei \documentclass keine Fehlermeldungen produzieren, sondern nur die harmlos klingende Meldung »unused global option(s): …«, wird den Leuten, die diese Optionen Jahrzehnte nach deren Ablösung noch immer verwenden, das dann gewaltig auf die Füße fallen.

Deshalb ist es auch absolut richtig, wie von @Gastname ungültig geschehen, auf solche Fehler in öffentlich gepostetem Code hinzuweisen. Danke dafür.

BTW: Vorlagen, die heute noch Optionen verwenden, die seit 2006/05/27 als veraltet gemeldet werden, gehören schlichtweg auf den Müll. Die zu verwenden ist extrem leichtsinnig. Vor einigen Monaten habe ich jemanden an einer Hochschule darauf aufmerksam gemacht, dass die Vorlage, die er da auf dem Hochschul-Server verteilt, mit keiner aktuellen LaTeX-Distribution mehr funktioniert. Der hat mir dann versprochen, dass er sie überarbeiten wird. Nach inzwischen einem Vierteljahr ist genau gar nichts geschehen.


mooncyclist
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Re: Probleme mit Bibdatei von Mendeley

Beitrag von mooncyclist »

Lieber KOMA, ich habe mir nun so gut es ging alle Warnings zu Herzen genommen und die unused global options nach Logfile Anleitung bereinigt. Danke für die Hinweise! Jetzt gibt es nur noch die lange Liste an Badbox Overfull oder Underfull \hbox Meldungen...

Ja, diese Anleitungen gehören auf den Müll. Das Problem ist aber, dass Anfänger wie ich erstmal nicht unterscheiden können, ob das nun Müll ist oder nicht! Ausgangslage ist ja oft, dass man etwas aufwändiges, wie eine Masterarbeit oder Dissertation schreiben will. Man hat sich also Distribution und Editor runtergeladen, hat nach Anleitung ein paar Minimalbeispiele gemacht und soll dann direkt den Sprung zur perfekten Präambel für eine Dissertation schaffen.
Für mich klingt das ein wenig so, als hätte man grade mal die Grundlagen des Kochens, wie zum Beispiel Spiegelei braten gelernt und soll nun ein 5-Gänge Menü für ein Sternerestaurant zubereiten.
Man sucht also verzweifelt nach Hilfe, dabei sind die Informationen nur sehr verstreut im Internet zu finden und einarbeiten und tagelanges Recherchieren in irgendwelchen ggf. englischsprachigen, mehr oder weniger hilfreichen ggf. aber auch veralteten Foren gehört einfach nicht unbedingt zur Lieblingsbeschäftigung. Deshalb nimmt man irgendeine Vorlage (respektive Rezept) und versucht anhand dieser diesen Sprung irgendwie zu meistern. Im besten Fall lernt man anhand der Probleme der Vorlage, welche Optionen es noch gibt und wie man alles besser machen kann. Dieser Weg ist aber durchaus anstrengend.

Lieber Grummelgast, Entschuldigung, so ganz versteh ich das nicht.
Bitte bedenke, dass ich Anfängerin bin!
Warum sollte man im Falle von multibib, dementsprechend BibTeX nicht utf8 als Exportcodierung(?) verwenden, bei Biber aber schon? Bisher hat mein multibib/BibTeX-Kontstrukt ja einwandfrei trotz \usepackage [utf8]{inputenc} funktioniert?
Die Bibdatei wird doch von Mendeley erstellt, für das inkompatible breitonlose Leerzeichen bin ich ja nicht verantwortlich? Oder heißt das, ich solle Mendeley das Problem mit diesem Review melden?
Entschuldige, wie gesagt, ich weiß nicht genau was du meinst, vielleicht steh ich grade auch einfach auf dem Schlauch!


Grummelgast

Re: Probleme mit Bibdatei von Mendeley

Beitrag von Grummelgast »

BibTeX kann nur mit US-ASCII korrekt umgehen, BibTeX8 nur mit einigen wenigen 8-Bit.Codierungen. Steht auch in deren Anleitungen. UTF8 kann bei denen gut gehen, aber spätestens, wenn Sonderzeichen eine Rolle für die Sortierung spielen, ist das nicht mehr der Fall.

Biber ist hingegen von vornherein darauf ausgelegt, mit UTF8 (und auch anderen Codierungen) zu funktionieren.


mooncyclist
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Re: Probleme mit Bibdatei von Mendeley

Beitrag von mooncyclist »

Lieber Grummelgast, was schlägst du dann vor?
Ich höre raus, dass ich also lieber biber verwenden sollte, weil BibTeX Probleme mit Sonderzeichen bekommen kann (was bisher aber ja nur einmal in ca. 80 Reviews passiert ist)?

Grummelgast hat geschrieben:
Fr 19. Mär 2021, 13:36

Stattdessen sollten Zeichen außerhalb von US-ASCII dann entsprechend der bibtex-Anleitung mit entsprechenden Befehlen codiert werden.

Mendeley erstellt aber ja diese .bib Dateien, welche -so wie ich das verstanden habe- ja für BibTeX konzipiert sind. Sollten also Zeichen innerhalb dieser .bib Datei außerhalb von US-ASCII verwendet werden, dann ist das ja Mendeleys Sache?

Du schreibst aber auch gleichzeitig, dass multibib nur mit BibTeX funktioniert.
Heißt also, entweder ich behalte BibTeX mit [utf8]{inputenc} und habe ggf mal ein Problem mit einem Sonderzeichen oder stelle um auf Biber und muss dann aber das ganze multibib-Konstrukt erstmal ersetzen?

Wie du siehst, ist trotz deiner Antwort ein großes Fragezeichen geblieben, Entschuldigung!


Grummelgast

Re: Probleme mit Bibdatei von Mendeley

Beitrag von Grummelgast »

Wenn ich ein Programm verwende, das alle a durch o ersetzt, kann ich mich auch nicht darauf herausreden, dass das Programm das eben so macht und es deshalb richtig sein muss. Ich habe dir die Fakten zu BibTeX und BibTeX8 genannt.

Bei biblatex + biber ist übrigens die Möglichkeit mehrerer Literaturverzeichnisse bereits eingebaut.

Mehr habe ich dazu nicht zu sagen, denn ich habe bereits alles dazu gesagt.


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