Literaturverzeichnis mit Biber über Zotero bib Datei

Erstellung eines Literaturverzeichnisses mit BibTeX, Biber, BibLaTeX und Co.
Latex123
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Literaturverzeichnis mit Biber über Zotero bib Datei

Beitrag von Latex123 »

Hallo liebes Forum,

das wird mein erster Forumeintrag dieser Art, verzeiht mir, falls es noch nicht zu 100% rund wird ;)
Also ich versuche seit Stunden, einfach nur eine von Zotero erstellte bib-Datei so in Latex einzubinden, dass wenn ich \cite{keyword} aus einem der Artikel/Paper der bib liste setze, auch wirklich eine Zahl dort steht oder es irgendwie chronologisch betitelt wird und ich würde es auch super finden wenn er endlich mal ein Literaturverzeichnis in meiner pdf erstellen würde.

Ich habe mittlerweile Texworks/Texstudio und Texmaker probiert also egal was ihr präferiert, ich wäre da offen. Miktex läuft im Hintergrund ist auf dem aktuellsten stand und alle Updates wurden gemacht. Zudem habe ich diverse Male die Sequenz: Latex Biber Latex Latex ausgeführt aber keine Änderung. Kurzeitig hatte ich auch umgeschwenkt auf Bibtex aber auch dort habe ich es nicht zum Laufen bekommen.

Hier dann einmal mein gekürzter Code:

Code: Alles auswählen

\documentclass[a4paper,12pt]{scrartcl}

\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{pxfonts}
%\usepackage{paralist}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{amstext}
\usepackage{amsfonts}
\usepackage{mathrsfs}
\usepackage{caption} 
\usepackage[labelfont={bf,sf},font={small},%
  labelsep=space]{caption}
\captionsetup{format=plain} 
\usepackage{float} 
\usepackage{geometry}
\usepackage{amssymb}
\bibliographystyle{unsrt}
\geometry{
  left=2.5cm,
  right=3cm,
  top=3.5cm,
  bottom=4.5cm,
  bindingoffset=5mm
}
\usepackage{subfigure}
\usepackage{subfig}
\usepackage{lmodern} %andere Schrift?
\usepackage{url} 
%\usepackage[automark,footsepline,plainfootsepline,headsepline]{scrpage2}      
%\pagestyle{scrheadings} %aktiviert scrpage2 \newcommand{\HRule}{\rule{\linewidth}{0.5mm}} % %Fußnoten durchgängig numerrieren % \usepackage{chngcntr} \usepackage[backend=biber,style=numeric]{biblatex} \addbibresource{lab13.bib} \begin{document} \cite{ferrianiPRB2010} \printbibliography \end{document}

und der Ausschnitt der bib Datei der sich auf das cite bezieht:

Code: Alles auswählen

@article{ferrianiPRB2010,
	title = {Origin of the spin polarization of magnetic scanning tunneling microscopy tips},
	volume = {82},
	doi = {10.1103/PhysRevB.82.054411},
	abstract = {Using first-principles calculations, we demonstrate that the vacuum spin polarization of commonly used Fe-coated scanning tunneling microscopy ({STM}) tips is positive at the Fermi energy—opposite to that of Fe surfaces—and is often lower than expected from magnetic thin films. We consider single Fe atoms and pyramids of five Fe atoms on Fe (001) and (110) surfaces as models of {STM} tips. While the spin polarization of the local density of states ({LDOS}) at the apex atom of all considered tips is negative close to the Fermi energy and dominated by minority d electrons, the spin polarization of the vacuum {LDOS}, crucial for the tunneling current, is positive and controlled by majority states of sp character. These states derive from the atomic 4s and 4p orbitals and provide a large spillout of charge density into the vacuum. If we replace the Fe apex atom by a Cr, Mn, or Co atom, the vacuum spin polarization remains positive at the Fermi energy, and it is much enhanced for Cr or Mn in the favorable antiferromagnetic spin alignment with respect to the Fe tip body. At energies above the Fermi level, the spin polarization can change sign due to the contribution from antibonding minority d states. Single Mn and Fe atoms on a nonmagnetic tip provided, for example, by a Cu(001) surface display a similar vacuum {LDOS} with a small positive spin polarization in good agreement with recent experimental findings. For Cr-coated tips, we observe that the spin polarization can display a change in sign very close to the Fermi energy which can complicate the interpretation of the measured asymmetry in spin-polarized tunneling spectroscopy.},
	pages = {054411},
	number = {5},
	journaltitle = {Phys. Rev. B},
	author = {Ferriani, Paolo and Lazo, Cesar and Heinze, Stefan},
	date = {2010-08},
	note = {tex.numpages: 10
tex.publisher: American Physical Society},
	keywords = {theory}
}

Und hier einmal die Fehlermeldungen:

Package biblatex Warning: 'babel/polyglossia' detected but 'csquotes' missing.
(biblatex) Loading 'csquotes' recommended.

LaTeX Warning: Unused global option(s):
[article].

LaTeX Warning: Citation 'ferrianiPRB2010' on page 1 undefined on input line 47.

LaTeX Warning: Empty bibliography on input line 48.

LaTeX Warning: There were undefined references.

Package biblatex Warning: Please (re)run Biber on the file:

In der pdf steht an der stelle von cite "[ferrianiPRB2010]"


markusv
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Re: Literaturverzeichnis mit Biber über Zotero bib Datei

Beitrag von markusv »

Hallo und willkommen im Forum!

Dein Minimalbeispiel (siehe Link) ist natürlich alles andere als "minimal", aber für einen ersten Versuch passts schon. :)

Dein Beispiel läuft bei mir einwandfrei durch, somit scheint es bei der Ausführung beim Kompilieren zu hapern. Die Reihenfolge sollte, wie bereits erwähnt, (pdf)latex, biber, 2x (pdf)latex sein. Die bib-Datei muss natürlich in dem Verzeichnis liegen, wo auch die tex-Datei liegt.

Anbei dein Code mit ein paar Anmerkungen:

Code: Alles auswählen

\begin{filecontents}{lab13.bib}
	@article{ferrianiPRB2010,
		title = {Origin of the spin polarization of magnetic scanning tunneling microscopy tips},
		volume = {82},
		doi = {10.1103/PhysRevB.82.054411},
		pages = {054411},
		number = {5},
		journaltitle = {Phys. Rev. B},
		author = {Ferriani, Paolo and Lazo, Cesar and Heinze, Stefan},
		date = {2010-08},
	}
\end{filecontents}

\documentclass[fontsize=12pt,ngerman]{scrartcl}

%\usepackage[utf8]{inputenc} % bei aktuellem LaTeX nicht mehr notwendig
\usepackage{babel}
\usepackage[T1]{fontenc}

%\usepackage{caption} % doppelt geladen, siehe nächste Zeile
%\usepackage[labelfont={bf,sf},font={small},
 % labelsep=space]{caption} % das geht auch mit Bordmitteln der Klasse, siehe unten
%\captionsetup{format=plain} % siehe oben

\setkomafont{caption}{\small}
\setkomafont{captionlabel}{\sffamily\bfseries}
\renewcommand{\captionformat}{~}
\setcapindent{0pt}

%\bibliographystyle{unsrt} % das hat bei biblatex nichts zu suchen, Option "sorting" bei biblatex

%\usepackage{chngcntr} % bei einer KOMA-Klasse unnötig
\usepackage[backend=biber,style=numeric,sorting=none]{biblatex} %sorting=none ergänzt
\addbibresource{lab13.bib}

\begin{document}	
\cite{ferrianiPRB2010}
\printbibliography
\end{document}
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Latex123
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Re: Literaturverzeichnis mit Biber über Zotero bib Datei

Beitrag von Latex123 »

Vielen Danke schon mal für die Antwort und für die Anmerkungen im restlichen Code, vielleicht verhindert das ja ein paar zukünftige Fehler :)
Also die Reihenfolge wurde beachtet und die bib Datei liegt direkt in dem Verzeichnis, wo auch die Tex Datei liegt.
Ich habe es jetzt bei meinem Heim PC und bei uns im Büro am Rechner gemacht und bei beiden das gleiche Problem..
Kann ich noch irgendein Fehlerbericht senden oder so, wo man einsehen kann wo ran es scheitert beim kompilieren ?
Und nur, dass es nicht falsch rüber gekommen ist, der Code läuft bei mir auch durch aber er erstellt halt kein Literaturverzeichnis und macht aus \cite{FerrianiPRB2010} zu [FerrianiPRB2010] in der Pdf

LG


MoeWe
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Re: Literaturverzeichnis mit Biber über Zotero bib Datei

Beitrag von MoeWe »

Wenn Du biblatex nutzen möchtest, dann solltest Du die Anweisung \bibliographystyle für BibTeX weglassen.

Code: Alles auswählen

\bibliographystyle{unsrt}

sollte also weg. In Deinem Beispiel sollte das keinen Fehler geben, aber wenn Du \bibliographystyle verwendest, nachdem Du biblatex geladen hast, dann bekommst Du eine Fehlermeldung.

Die Symptome, die Du beschreibst, klingen als ob Biber nicht (ordnungsgemäß) ausgeführt wurde oder wegen irgendeines Fehlers keine Bibliographiedaten bereitstellen konnte. Wenn Biber aufgerufen wurde, dann muss es eigentlich eine .blg-Datei geben, in der Biber Warnungen etc. speichert. Bitte zeig uns die gesamte .blg-Datei. (Auf Windows-System sei zu beachten, dass .blg-Dateien als 'Leistungsüberwachungsdatei' erkannt werden, was gerade wenn bekannte Dateiendungen ausgeblendet sind, verwirrend sein kann. Trotz gegensätzlicher Behauptungen von Windows ist die .blg-Datei aber eine ganz einfache Textdatei, die mit jedem Texteditor geöffnet werden kann.)

Wenn Du zwischendurch mit unterschiedlichen Bibliographie-Einstellungen experimentiert hast, dann kann es eine gute Idee sein, vor weiteren Tests die temporären Hilfsdateien (insbes. .aux, .bbl, .bcf) zu löschen und dann den vollen Kompilationszyklus LaTeX, Biber, LaTeX, LaTeX zu durchlaufen.

Weiterführende Erste-Hilfe-Maßnahmen zu Biber gibt es unter https://tex.stackexchange.com/q/286706/35864.


markusv
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Re: Literaturverzeichnis mit Biber über Zotero bib Datei

Beitrag von markusv »

Latex123 hat geschrieben:
Mi 30. Sep 2020, 08:08

Und nur, dass es nicht falsch rüber gekommen ist, der Code läuft bei mir auch durch aber er erstellt halt kein Literaturverzeichnis und macht aus \cite{FerrianiPRB2010} zu [FerrianiPRB2010] in der Pdf

Bei mir erscheint auch das Literaturverzeichnis und die Referenzierung wie gewünscht, daher meinte ich "läuft einwandfrei durch". :wink: Deshalb liegt es offensichtlich nicht am Code (zumindest nicht an dem Teil, den du uns gezeigt hast)

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Re: Literaturverzeichnis mit Biber über Zotero bib Datei

Beitrag von Latex123 »

Hallo Danke auch für deine Antwort, also die Dateien habe ich regelmäßig gelöscht weil ich das auch schon gelesen hatte, dass dies zu Problemen führen kann aber ich probiere es gleich nochmal.

Config.pm:312> INFO - This is Biber 2.15 (beta)
[0] Config.pm:315> INFO - Logfile is 'Masterarbeit.blg'
[224] biber-MSWIN64:330> INFO - ===
[271] Biber.pm:415> INFO - Reading 'Masterarbeit.bcf'
[508] Biber.pm:952> INFO - Found 1 citekeys in bib section 0
[547] Biber.pm:4334> INFO - Processing section 0
[581] Biber.pm:4523> INFO - Looking for bibtex format file 'lab13.bib' for section 0
[692] bibtex.pm:1682> INFO - LaTeX decoding ...
[5262] bibtex.pm:1494> INFO - Found BibTeX data source 'lab13.bib'
[5299] Utils.pm:395> WARN - Duplicate entry key: 'haldaneJPCSSP1981' in file 'lab13.bib', skipping ...
[5300] Utils.pm:395> WARN - Duplicate entry key: 'fukamiNM2016' in file 'lab13.bib', skipping ...
[5300] Utils.pm:395> WARN - Duplicate entry key: 'endohJPSJ1971' in file 'lab13.bib', skipping ...
[5301] Utils.pm:395> WARN - Duplicate entry key: 'brataasNN2013' in file 'lab13.bib', skipping ...
[5517] Utils.pm:411> ERROR - BibTeX subsystem: C:\Users\reine\AppData\Local\Temp\biber_tmp_oZST\0d9108894ada2805ece9c68933c4a5e8_29928.utf8, line 9269, syntax error: found "@article", expected end of entry ("}" or ")") (skipping to next "@")
[5517] Biber.pm:128> INFO - WARNINGS: 4
[5517] Biber.pm:132> INFO - ERRORS: 1

Und hier ist einmal die gesamte blg Datei, dort ist ein Fehler aber sagt ja dass er einfach zum nächsten Eintrag skippt deswegen würde ich jetzt einschätzen dass es keine Probleme machen sollte oder ?

LG


MoeWe
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Re: Literaturverzeichnis mit Biber über Zotero bib Datei

Beitrag von MoeWe »

Naja, ein Fehler ist ein Fehler. Der sollte behoben werden. Die Warnungen hier übrigens auch. (Das gilt nicht nur für Biber. Auch bei LaTeX gibt es Möglichkeiten, trotz Fehlern eine Ausgabe zu bekommen [ich meine dich, Overleaf]. Auf diese Ausgabe sollte man sich aber absolut nicht verlassen. Nach einem Fehler besteht absolut gar keine Garantie darauf, dass die Ausgabe in Ordnung ist.)

Wenn Du Einträge doppelt hast, dann bekommst Du unter Umständen "den falschen" Eintrag im Literaturverzeichnis. Das ist sicher nicht in Deinem Sinne.

Das konkrete Problem mit diesem Fehler ist, dass Du nicht weißt, wie weit da geskippt wird. Da ja ein Zeichen fehlt, dass den Eintrag beendet, kann es sein, dass alles bis zum Ende der Datei geskippt wird. Also ran an die Datei und in der Nähe von Zeile 9269 nach fehlenden } oder anderen Unregelmäßigkeiten sehen. (Die Zeilennummern in den Fehlermeldungen müssen nicht immer mit den Orten der eigentlichen Fehler übereinstimmen. Manche Fehler manifestieren sich erst später. Schau Dir also sicherheitshalber auch die Zeilen davor und danach an.)


Latex123
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Re: Literaturverzeichnis mit Biber über Zotero bib Datei

Beitrag von Latex123 »

Hallo, tatsächlich fehlte eine Klammer ein paar Zeilen davor, mir ist rätselhaft, dass Zotero da nicht schon gemeckert hat beim erstellen der bib-Datei aber was soll ich sagen driekt danach wurde chronologisch ein Literaturverzeichnis erstellt und es klappt so wie ich es wollte. Ich war mir sicher, dass es ein dummer Fehler sein wird nach all der Zeit ist jeder Fehler dumm aber dass es dann eine fehlende Klammer in Zeile 9260 ist, macht es schon nicht leicht :P
Aber vielen dank an euch, dass ihr es als grobes Problem eingestuft habt, man sollte Fehler workarounds von Programmen dann lieber nicht vertrauen, das ist wohl die Moral der Geschichte.

Liebe Grüße


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Re: Literaturverzeichnis mit Biber über Zotero bib Datei

Beitrag von Latex123 »

Eine ergänzende Frage hätte ich dazu noch, ich habe das Literaturverzeichnis erstellt aber wenn im Titel eine Matheumgebung gestartet wird, übersetzt latex sie nicht sondern zeigt sie mit $...$ an. Ich habe jetzt schon ne menge darüber gelesen aber noch keine Lösung dazu gefunden, könntet ihr mir da noch mal weiterhelfen ?

2J. Spethmann, S. Meyer, K. von Bergmann, R. Wiesendanger, S. Heinze, and
A. Kubetzka, “Discovery of Magnetic Single- and Triple-$\mathbf{q}$ States in
$\mathrm{Mn}/\mathrm{Re}(0001)$”, Physical Review Letters 124, 227203 (2020).

1S. Ferrara and P. van Nieuwenhuizen, “Consistent Supergravity with Complex Spin-
$\frac{3}{2}$ Gauge Fields”, Physical Review Letters 37, 1669–1671 (1976).


MoeWe
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Re: Literaturverzeichnis mit Biber über Zotero bib Datei

Beitrag von MoeWe »

Wie sehen die entsprechenden Einträge denn in der exportierten .bib-Datei aus?

Wenn Du in der Ausgabe in der PDF am Ende ein Dollarzeichen siehst, dann legt das nahe, dass beim Export der .bib-Datei aus Zotero die Dollarzeichen ungewollt als \$ exportiert werden. Dann musst Du Zotero entweder klar machen, dass kein LaTeX-Makro-Escape für Sonderzeichen stattfinden soll oder Du musst einen Weg ohne $...$ finden, Zotero zu sagen, dass es Du in den Mathemodus wechseln möchtest.

Ich habe gute Dinge über https://retorque.re/zotero-better-bibtex/ gehört (nutze es aber selbst nicht, ebenso wenig wie Zotero an sich), damit kann man eventuell einige Dinge etwas besser regeln. Vielleicht ist das einen Blick wert, wenn Du es noch nicht nutzt.


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