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Biber findet Jabref-Literaturdatenbank nicht

Verfasst: Di 26. Apr 2016, 12:31
von blas_el_teso
Liebe Leute,

nach einem Upgrade meines Debian-Linux-Systems habe ich ein Problem mit der Erstellung der Literaturliste. Und ich kapier nicht, was da los ist. Hier meine Systemdaten:

OS: Linux-Debian 9 (Testing - Stretch)
Texlive (Version 2015.20160320)
JabRef (Version 3.3.)
Biber (version 2.4-1: Da das Debian-Paket von Texlive offensichtlich Biber nicht integriert hat, habe ich es aus den Repositories von Debian extra installiert)
LaTex-Editor: Texmaker, Texstudio, Emacs (ich habe alle durchprobiert mit dem selben Negativ-Resultat. Die entsprechenden Einträge bei den Editoren, biblatex statt bibtex zu verwenden habe ich gemacht. Ebenfalls bei Jabref.

Was mich zum Verzweifeln bringt ist, dass der gesamte text, um den es hier geht, in einer früheren Version meiner Systemkonfiguration (Debian, Texlive, biblatex, Jabref) bereits gut funktioniert hat. Nun aber nach dem Systemupgrade (ich habe im Text kleine Rechtschreibkorrekturen vorgenommen) klappt es nicht mehr. Und ich verstehe nicht warum.

Mein Document Header sieht wie folgt aus:
\documentclass[a4paper,11pt]{article} 
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[babel,german=guillemets]{csquotes}
\usepackage{typearea} 
\usepackage{graphicx}
\usepackage{url}
\usepackage[style=authoryear,backend=biber]{biblatex}
\addbibresource{jabref_database.bib}

%opening
\title{Mein Titel.}

\author{Der Autor}

\begin{document}

blablabla \parencite{Luhmann2000} 

\printbibliography

\end{document}
Das Kompilieren selbst scheint zu klappen. Es wird auch ein PDF-Output erzeugt, allerdings ohne Literaturverzeichnis. Die Fehlermeldung sieht wie folgt aus:

[/code]Warning: Citation 'Luhmann2000' on Page 8 undefined;
Warning: There were undefined citations;
Please (re)run Biber on the file: (biblatex) latex_testtext(biblatex) and rerun Latex afterwards. [/quote]

Diese Meldung trifft alle im Text angeführten Zitatstellen.

Was läuft da schief? Ich habe hier im Forum schon mal gelesen, dass es Schwierigkeiten geben kann, wenn Texlive und Viber-Version nicht zusammenpassen. Könnte das der Fall sein? Oder was ich habe ich übersehen?

Für eure Hilfe wäre ich sehr dankbar.

Viele Grüße

Blas_el_Teso

Re: Biber findet Jabref-Literaturdatenbank nicht

Verfasst: Di 26. Apr 2016, 13:36
von Beinschuss
blas_el_teso hat geschrieben:Ich habe hier im Forum schon mal gelesen, dass es Schwierigkeiten geben kann, wenn Texlive und Viber-Version nicht zusammenpassen. Könnte das der Fall sein?
Du kannst ganz leicht überprüfen, welche Paketversionen Du benutzt. Wie es geht? Steht in der Minimalbeispiel-Anleitung. Interpretieren können wir hier die Info dann gerne.

Verfasst: Di 26. Apr 2016, 15:16
von blas_el_teso
Hmm, der Link auf das <Minimalbeispiel> funktioniert irgendwie nicht. Da wird ewig gesucht. Na ja, ich füge mal den .blg-file meines oben erzeugten "Minimalbeispiels" hier rein, vielleicht ist es ja das, was Du meinst und ggf. kann ein geübter Blick daraus Schlüsse ziehen, die ich nicht ziehen kann.
[0] Config.pm:340> INFO - This is Biber 2.4
[0] Config.pm:343> INFO - Logfile is 'latex_minisample.blg'
[34] biber:287> INFO - === Tue Apr 26, 2016, 14:59:17
[114] Biber.pm:348> INFO - Reading 'latex_minisample.bcf'
[239] Biber.pm:742> INFO - Found 1 citekeys in bib section 0
[244] Biber.pm:3151> INFO - Processing section 0
[270] Biber.pm:3308> INFO - Looking for bibtex format file 'jabref_database.bib' for section 0
[6583] bibtex.pm:1113> INFO - Decoding LaTeX character macros into UTF-8
[11959] bibtex.pm:974> INFO - Found BibTeX data source 'jabref_database.bib'
[12002] Utils.pm:147> WARN - Invalid or undefined BibTeX entry key in file '/tmp/VAxvldrYV0/jabref_database.bib_1797.utf8', skipping ...
[12002] Utils.pm:147> WARN - Invalid or undefined BibTeX entry key in file '/tmp/VAxvldrYV0/jabref_database.bib_1797.utf8', skipping ...
[12003] Utils.pm:147> WARN - Invalid or undefined BibTeX entry key in file '/tmp/VAxvldrYV0/jabref_database.bib_1797.utf8', skipping ...
[12003] Utils.pm:147> WARN - Invalid or undefined BibTeX entry key in file '/tmp/VAxvldrYV0/jabref_database.bib_1797.utf8', skipping ...
[12003] Utils.pm:147> WARN - Invalid or undefined BibTeX entry key in file '/tmp/VAxvldrYV0/jabref_database.bib_1797.utf8', skipping ...
[12003] Utils.pm:147> WARN - Invalid or undefined BibTeX entry key in file '/tmp/VAxvldrYV0/jabref_database.bib_1797.utf8', skipping ...
[12165] Utils.pm:147> WARN - Invalid or undefined BibTeX entry key in file '/tmp/VAxvldrYV0/jabref_database.bib_1797.utf8', skipping ...
[12165] Utils.pm:147> WARN - Invalid or undefined BibTeX entry key in file '/tmp/VAxvldrYV0/jabref_database.bib_1797.utf8', skipping ...
[12165] Utils.pm:147> WARN - Invalid or undefined BibTeX entry key in file '/tmp/VAxvldrYV0/jabref_database.bib_1797.utf8', skipping ...
[12165] Utils.pm:147> WARN - Invalid or undefined BibTeX entry key in file '/tmp/VAxvldrYV0/jabref_database.bib_1797.utf8', skipping ...
[12165] Utils.pm:147> WARN - Invalid or undefined BibTeX entry key in file '/tmp/VAxvldrYV0/jabref_database.bib_1797.utf8', skipping ...
[12193] Utils.pm:147> WARN - BibTeX subsystem: /tmp/VAxvldrYV0/jabref_database.bib_1797.utf8, line 5, warning: "(" in strange place -- should get a syntax error
[12193] Utils.pm:163> ERROR - BibTeX subsystem: /tmp/VAxvldrYV0/jabref_database.bib_1797.utf8, line 5, syntax error: found "(", expected one of: number, name (entry type, key, field, or macro name), end of entry ("}" or ")") or quoted string ({...} or "...")
[12193] Biber.pm:109> INFO - WARNINGS: 12
[12193] Biber.pm:113> INFO - ERRORS: 1
Was ich nicht verstehe, wieso biber 12 mal davon spricht, dass es sich um einen
"Invalid or undefined BibTeX entry key" handeln soll. Der ist seit 2007 in der Datenbank und x-mal bisher erfolgreich in einem Latex-Dokument verwendet worden.

Die in meinem Beispiel eingefügte Citation befindet sich in einer JabRef-Datei und sieht als Bibtex-Quelltext so aus:
@InCollection{Luhmann2000,
  Title                    = {Die Rückgabe des zwölften Kamels: Zum Sinn einer soziologischen Analyse des Rechts},
  Author                   = {Luhmann, Niklas},
  Booktitle                = {Die Rückgabe des zwölften Kamels. Niklas Luhmann in der Diskussion über Gerechtigkeit},
  Publisher                = {Lucius \& Lucius},
  Year                     = {2000},

  Address                  = {Stuttgart},
  Editor                   = {Teubner, Gunther},
  Pages                    = {3--60},

  Owner                    = {blaselteso},
  Timestamp                = {2007.03.13}
}
Danke für Hilfe.

Blas_el_Teso

Verfasst: Di 26. Apr 2016, 15:17
von Gast
Deine Biber-Version ist aktuell, Da Du TeX live 2015 nutzt, würde ich auch davon ausgehen, dass biblatex das auch ist, aber sieh lieber mal nach, es sollte Version 3.3 sein.

Wenn Du die Sequenz LaTeX -> Biber -> LaTeX -> LaTeX durchkompiliert hast, sollte eigentlich alles funktionieren. Nur zur Kontrolle TeXwelt: Wie verwende ich Biber in meinem Editor und TeX.SX: Biblatex with Biber: Configuring my editor to avoid undefined citations.

Was sagt denn die .blg-Datei (die Log-Datei von Biber)?

Verfasst: Di 26. Apr 2016, 15:33
von Gast
Oh, ich sehe gerade, Du bist mir mit der .blg zuvorgekommen bist.

Der gezeigte .bib-Eintrag erzeugt bei mir keinerlei Fehler oder Warnungen, es muss also an einem anderen liegen. Kann es sein, dass Du einen Eintrag mit einer Klammer im entrykey hast?
So wie
@book{EuropaeischeUnion(EU),
  author = {{Europäische Union (EU)}},
  title  = {Blah},
  year   = {2016},
}
Such sonst mal generell nach runden Klammern in Deiner .bib-Datei und sieh nach, ob da alles koscher ist. Am besten machst Du das nicht mit JabRef selber, sondern Du öffnest die Datei einfach mit einem Text-Editor, .bib-Dateien sind reine Text-Dateien.

Verfasst: Mi 27. Apr 2016, 10:49
von blas_el_teso
Ja, das ist ja das Merkwürdige: Im .blg-protokoll meckert biber über einen Syntax-Fehler (=runde Klammer). Die ist aber - wie man oben sehen kann - nirgendwo. Und in diesem Beispiel ist ja nur eine einzige Referenz. Er meckert aber über diesen "Syntax-error" bei allen Referenzen, die in der JabRef-Datenbank enthalten sind. Da kann ich irgendeine auswählen. Es ist immer dasselbe. Weit und breit keine runde Klammern, sondern nur ganz ordnungsgemäß geschwungene. Und das hat ja auch jahrelang hervorragend geklappt. Warum jetzt plötzlich nicht mehr. Ich bin mit meinem Latein am Ende.

Vielleicht ist es ein Kommunikationsproblem zwischen biber und Jabref?

Ich werde mal einen test machen und per Hand einen BibTex-File erzeugen. Mal sehen was dann passiert.

Erstmal Danke für die Hilfe

Blas_el_Teso

Verfasst: Mi 27. Apr 2016, 11:00
von Gast
Mhhh, hast Du mehrere .bib-Dateien mit dem Namen auf Deinem Rechner? Vielleicht findet Biber eine andere als Du denkst.

Wenn Du gar keine runde Klammer in der Datei hast, dann beschwert Biber sich eigentlich auch nicht darüber. Bei mir zumindest war das nicht der Fall.

Verfasst: Mi 27. Apr 2016, 11:03
von blas_el_teso
Mit einer einfachen Bibtex-Datei geht es. Ich habe den BibTex-Eintrag aus JabRef in einen einfachen Texteditor hineinkopiert (!) und dann den üblichen Kompilierungsprozess mit Texmaker laufen lassen. Und diesmal ging es fehlerfrei, wie es sein soll. D.h. meine Vermutung scheint zu stimmen, dass es ein Kommunikationsproblem zwichen biber und JabRef gibt. Denn die Einträge in beiden Dateien sind identisch.

Also ein Bug? Aber wo? Biber? JabRef? Jetzt sind Experten gefragt .... :wink:

Blas_el_Teso

Verfasst: Mi 27. Apr 2016, 11:16
von Gast
Einen Kommunikationsfehler kann ich mir schwer vorstellen. Wenn Biber wirklich die richtige Datei findet und öffnet und die Datei korrekt codiert ist, dann sollte es keine Probleme geben. (Besonders nicht mit runden Klammern, Biber wird sich nicht über Sachen beschweren, die so offensichtlich nicht da sind.)

Was passiert, wenn Du die Datei umbenennst?

Tritt das Problem auch auf wenn Du eine neue Datei in JabRef erstellst?

Verfasst: Mi 27. Apr 2016, 11:57
von blas_el_teso
Ich habe jetzt eine neue JabRef-Datenbank erzeugt, in dieser einen ganz neuen Eintrag erstellt und anschließend die gesamte alte Datenbank importiert.

Wenn ich die neu erstellte Referenz im Latex-Dokument einfüge, dann klappt es tatsächlich. Die Referenz wird ordnungsgemäß erzeugt. Sobald ich aber eine der importierten Referenzen ansteure, klappt es nicht. Nur dass diesmal biber nicht mehr einen Syntax-Fehler anmeckert, sondern, dass er gar keine Datenbank bzw. keinen entsprechenden Datenbankeintrag findet. Das ist aber definitiv falsch. Hier das .blg-Protokoll:
[0] Config.pm:340> INFO - This is Biber 2.4
[0] Config.pm:343> INFO - Logfile is 'latex_minisample.blg'
[36] biber:287> INFO - === Wed Apr 27, 2016, 11:40:55
[116] Biber.pm:348> INFO - Reading 'latex_minisample.bcf'
[243] Biber.pm:742> INFO - Found 1 citekeys in bib section 0
[248] Biber.pm:3151> INFO - Processing section 0
[273] Biber.pm:3308> INFO - Looking for bibtex format file 'jabref_neu.bib' for section 0
[275] bibtex.pm:1113> INFO - Decoding LaTeX character macros into UTF-8
[276] bibtex.pm:974> INFO - Found BibTeX data source 'jabref_neu.bib'
[276] Utils.pm:147> WARN - I didn't find a database entry for 'Zolo1989' (section 0)
[282] UCollate.pm:65> INFO - Overriding locale 'de-DE' defaults 'variable = shifted' with 'variable = non-ignorable'
[282] UCollate.pm:65> INFO - Overriding locale 'de-DE' defaults 'normalization = NFD' with 'normalization = prenormalized'
[282] Biber.pm:3028> INFO - Sorting list 'nyt/global' of type 'entry' with scheme 'nyt' and locale 'de-DE'
[282] Biber.pm:3032> INFO - No sort tailoring available for locale 'de-DE'
[283] bbl.pm:519> INFO - Writing 'latex_minisample.bbl' with encoding 'UTF-8'
[284] bbl.pm:615> INFO - Output to latex_minisample.bbl
[284] Biber.pm:109> INFO - WARNINGS: 1

[/code]