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Also nachdem ich auf Grund vieler Hinweise von bibtex auf biblatex gewechselt habe und nun schon 3 Tage effektiv gesucht und versucht habe habe ich immer noch Probleme beim Erstellen meines Literaturverzeichnisses.
1. funktioniert hyperref nicht
2. beginnt die Nummerierung in beiden Literaturverzeichnissen nicht bei 1
3. bekomme ich einfach keinen sinnvollen Stil hin
Wäre nett wenn mir einer dabei hilft
Meine Latex Datei:

\documentclass[a4paper,12pt]{article}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[ngerman]{babel} %neuen Rechtschreibung 
\usepackage[babel, german=quotes]{csquotes} 
\usepackage[defernumbers=true,backend=biber, style=numeric-comp, sorting=none,backref=true,hyperref=true,maxbibnames=2,language=german]{biblatex}

\ExecuteBibliographyOptions{%
bibencoding=utf8, 
bibwarn=true, 
sortlocale=de_DE, 
isbn=false,
url=true,
doi=false,
eprint=false,
clearlang=true,
maxbibnames=99,
maxcitenames=1,}

\DeclareRedundantLanguages{english,german,french}{english,german,ngerman,french}

\addbibresource{LIT.bib}
\usepackage[colorlinks, linkcolor = black, citecolor = black, filecolor = black, urlcolor = blue]{hyperref}
\usepackage{breakurl}
\defbibheading{fw}{\addcontentsline{toc}{section}{Fachwissenschaftliche Literatur}\section*{Fachwissenschaftliche Literatur}}
\defbibheading{fd}{\addcontentsline{toc}{section}{Fachdidaktische Literatur}\section*{Fachdidaktische Literatur}}

%------------------------------------------------------------------

\begin{document}


%Inhaltsverzeichnis
\tableofcontents



%Hauptteil 

Text{Knoll2002}
Text\cite{Grehn2002}

\begin{refsection}[LIT.bib]
\nocite{*}
\newpage
\sloppy
\printbibliography[heading=fw,keyword=fw,resetnumbers=true]
\printbibliography[heading=fd,keyword=fd,resetnumbers=true]
\newpage
\end{refsection}

\end{document}

und die LIT.bib

@InBook{Grehn2002,
  Title                    = {Metzler Physik},
  Author                   = {Grehn, Joachim and Krause, Joachim},
  Chapter                  = {13},
  Editor                   = {Grehn, Joachim and Krause, Joachim},
  Pages                    = {478-528},
  Publisher                = {Schrödel},
  Year                     = {2002},
  keywords                 = {fd},
  Owner                    = {christian},
  Timestamp                = {15.04.2014}
}


@InBook{Knoll2002,
  Title                    = {Radiation Detection and Measurment},
  Author                   = {Glenn F. Knoll},
  Chapter                  = {2},
  Editor                   = {John Wiley \& Sons},
  Pages                    = {62-67},
  Publisher                = {Glenn F. Knoll},
  Year                     = {2002},
  keywords                 = {fw},
  Owner                    = {christian},
  Timestamp                = {15.04.2014}
}

@Electronic{Mueller2008,
  Title                    = {Physik in interessanten Kontexten},
  Author                   = {Rainer Müller},
  Note                     = {abgerufen am 24.04.2014},
  Url                      = {www.tu-braunschweig.de/Medien-DB/ifdn-physik/physik-in-interessanten-kontexten-rmueller.pdf},
  Year                     = {2008},
  keywords                 = {fd},
  Owner                    = {christian},
  Timestamp                = {22.04.2014}
}

Hoffe könnt mir bald helfen.[/code]

Woran erkennst du, dass hyperref nicht funktioniert? Bei mir läufts.

In deinem Beispiel sind keine cite-Befehle, füge ich welche ein, klappt auch die Nummerierung tadellos.

Was willst du denn für einen Stil?

\begin{filecontents}{\jobname.bib}
@InBook{Grehn2002,
  Title                    = {Metzler Physik},
  Author                   = {Grehn, Joachim and Krause, Joachim},
  Chapter                  = {13},
  Editor                   = {Grehn, Joachim and Krause, Joachim},
  Pages                    = {478-528},
  Publisher                = {Schrödel},
  Year                     = {2002},
  keywords                 = {fd},
  Owner                    = {christian},
  Timestamp                = {15.04.2014}
}


@InBook{Knoll2002,
  Title                    = {Radiation Detection and Measurment},
  Author                   = {Glenn F. Knoll},
  Chapter                  = {2},
  Editor                   = {John Wiley \& Sons},
  Pages                    = {62-67},
  Publisher                = {Glenn F. Knoll},
  Year                     = {2002},
  keywords                 = {fw},
  Owner                    = {christian},
  Timestamp                = {15.04.2014}
}

@Electronic{Mueller2008,
  Title                    = {Physik in interessanten Kontexten},
  Author                   = {Rainer Müller},
  Note                     = {abgerufen am 24.04.2014},
  Url                      = {www.tu-braunschweig.de/Medien-DB/ifdn-physik/physik-in-interessanten-kontexten-rmueller.pdf},
  Year                     = {2008},
  keywords                 = {fd},
  Owner                    = {christian},
  Timestamp                = {22.04.2014}
} 
\end{filecontents}
\documentclass[a4paper,12pt]{article}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[ngerman]{babel} %neuen Rechtschreibung
\usepackage[babel, german=quotes]{csquotes}
\usepackage[defernumbers=true,backend=biber, style=numeric-comp, sorting=none,backref=true,hyperref=true,maxbibnames=2,language=german]{biblatex}

\ExecuteBibliographyOptions{%
bibencoding=utf8,
bibwarn=true,
sortlocale=de_DE,
isbn=false,
url=true,
doi=false,
eprint=false,
clearlang=true,
maxbibnames=99,
maxcitenames=1,}

\DeclareRedundantLanguages{english,german,french}{english,german,ngerman,french}

\addbibresource{\jobname.bib}
\usepackage[colorlinks, linkcolor = black, citecolor = black, filecolor = black, urlcolor = blue]{hyperref}
\usepackage{breakurl}
\defbibheading{fw}{\addcontentsline{toc}{section}{Fachwissenschaftliche Literatur}\section*{Fachwissenschaftliche Literatur}}
\defbibheading{fd}{\addcontentsline{toc}{section}{Fachdidaktische Literatur}\section*{Fachdidaktische Literatur}}

\begin{document}
\tableofcontents

\cite{Knoll2002}
\cite{Grehn2002}

\begin{refsection}[\jobname.bib]
\nocite{*}
\newpage
\sloppy
\printbibliography[heading=fw,keyword=fw,resetnumbers=true]
\printbibliography[heading=fd,keyword=fd,resetnumbers=true]
\newpage
\end{refsection}
\end{document}

Bitte teste das Beispiel.

Also ich merke das hyperref nicht funktioniert, weil wenn ich im Text auf die 1 klicke komme ich nicht auf das Literaturverzeichnis.
Die Nummerierung im Orginaldokument funktioniert nach wie vor nicht werde da aber wohl sukzessive nach dem Fehler suchen müssen.
Beim Stil ist das Problem das er folgendes anzeigt:

Joachim Grehn und Joachim Krause. ”Metzler Physik“. In: Hrsg. von
Joachim Grehn und Joachim Krause. Schrödel, 2002. Kap. 13, S. 478–
528.

Dabei müsste es:
Joachim Grehn und Joachim Krause. Kap. 13 In: ”Metzler Physik“. Hrsg. von Jochim Grehn und Joachim Krause. Schrödel, 2002. , S. 478–528.
oder
Joachim Grehn und Joachim Krause. Kap. 13 In: Jochim Grehn und Joachim Krause.”Metzler Physik“. Schrödel, 2002. , S. 478–528.

sein also man zitiert ja den Kapitel In: dem Buch und nicht das Buch In: dem Kapitel weiß aber auch nicht warum er das vertauscht.

\RequirePackage{filecontents}%Achtung
\begin{filecontents}{\jobname.bib}
@Book{Grehn2002,%JB: Type geändert 
	%Was bringt die Angabe von Inbook ohne booktitle?
  Title                    = {Metzler Physik},
  Author                   = {Grehn, Joachim and Krause, Joachim},
  Chapter                  = {13},
  Editor                   = {Grehn, Joachim and Krause, Joachim},
  Pages                    = {478-528},
  Publisher                = {Schrödel},
  Year                     = {2002},
  keywords                 = {fd},
  Owner                    = {christian},
  Timestamp                = {15.04.2014}
}


@InBook{Knoll2002,
  Title                    = {Radiation Detection and Measurment},
  Author                   = {Glenn F. Knoll},
  Chapter                  = {2},
  Editor                   = {John Wiley \& Sons},
  Pages                    = {62-67},
  Publisher                = {Glenn F. Knoll},
  Year                     = {2002},
  keywords                 = {fw},
  Owner                    = {christian},
  Timestamp                = {15.04.2014}
}

@Electronic{Mueller2008,
  Title                    = {Physik in interessanten Kontexten},
  Author                   = {Rainer Müller},
  Note                     = {abgerufen am 24.04.2014},
  Url                      = {www.tu-braunschweig.de/Medien-DB/ifdn-physik/physik-in-interessanten-kontexten-rmueller.pdf},
  Year                     = {2008},
  keywords                 = {fd},
  Owner                    = {christian},
  Timestamp                = {22.04.2014}
} 
\end{filecontents}
\documentclass[a4paper,12pt]{scrartcl}%JB: Klasse geändert
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[ngerman]{babel} %neuen Rechtschreibung
\usepackage[babel, german=quotes]{csquotes}
\usepackage[
defernumbers=true,
backend=biber,
 style=numeric-comp,
% style=authoryear,
 sorting=none,
backref=true,
hyperref=true,
maxbibnames=2,
language=german
]{biblatex}

\ExecuteBibliographyOptions{%
bibencoding=utf8,
bibwarn=true,
sortlocale=de_DE,
isbn=false,
url=true,
doi=false,
eprint=false,
clearlang=true,
maxbibnames=99,
maxcitenames=1,
}

\DeclareRedundantLanguages{english,german,french}{english,german,ngerman,french}

\addbibresource{\jobname.bib}
\usepackage[colorlinks, 
%linkcolor = black, citecolor = black, filecolor = black, urlcolor = blue
]{hyperref}
%\usepackage{breakurl}
\usepackage{bookmark}
\defbibheading{fw}{\addsec{Fachwissenschaftliche Literatur}}%JB: geändert
\defbibheading{fd}{\addsec{Fachdidaktische Literatur}}

\begin{document}
\tableofcontents

\cite{Mueller2008}
\cite{Knoll2002}
\cite{Grehn2002}

%\begin{refsection}[\jobname.bib]
%\nocite{*}
\clearpage%JB
%\sloppy%JB Really
\printbibliography[heading=fw,keyword=fw,resetnumbers=true]
\printbibliography[heading=fd,keyword=fd,resetnumbers=true]
%\end{refsection}
\end{document}

Dir fehlt der Buchtitel im Inbook. Bezüglich der Verlinkung hast du Recht, dazu kommt auch eine entsprechende Warnung in der Log-Datei. Ursache ist die refsection Umgebung. Hab noch nciht ins Handbuch geschaut, aber eventuell wäre da ein bug-report fällig.
Benötigst du refsection wirklich?

EDIT: Kein Bug, falsche Verwendung von refsection.

Wo fehlt mir denn der Title im Inbook? Bzw. wie gebe ich den an? Denke wenn ich den Title hier in dem Code angebe dann ist das der Title vom Buch und nicht vom Kapitel

@InBook{Grehn2002, 
  Title                    = {Metzler Physik}, 
  Author                   = {Grehn, Joachim and Krause, Joachim}, 
  Chapter                  = {13}, 
  Editor                   = {Grehn, Joachim and Krause, Joachim}, 
  Pages                    = {478-528}, 
  Publisher                = {Schrödel}, 
  Year                     = {2002}, 
  keywords                 = {fd}, 
  Owner                    = {christian}, 
  Timestamp                = {15.04.2014} 
}

Zu dem Problem mit refsection ist folgender, da es sich bei dem Dokument um Anleitungen handetl kommen mehr Literaturangaben als im Text selber zitiert werden. Normal wird dies mit dem Befehl \nocite*{} ja hinzugefügt hat aber bei der Umstellung auf Biblatex nicht funktioniert und habe dann bei der Recherche den Hinweis bekommen das die refsection Umgebung da hinzugefügt werden muss.
Wenn es eine Alternative oder eine bessere bzw. richtige Verwendung der refsection Umgebung gibt bin ich dankbar über eine Aufklärung.

Liest du auch Kommentare im Code? booktitle

\nocite{*}

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