Literaturverzeichnis mit BiblaTeX und Citavi

Erstellung eines Literaturverzeichnisses mit BibTeX, Biber, BibLaTeX und Co.


Gast

Beitrag von Gast »

Danke für den Hinweis mit dem Repository. Das hat geholfen.
Ich habe die Datei miktex-biber-bin nun installiert (weiß zwar nicht genau wohin, aber das wird das Programm schon richtig gemacht haben.)

Daraufhin habe ich nochmal F11 gedrückt und kompiliert, da kam seltsamerweise die Meldung dass babel-englisch fehlen würde, was ich dann auch noch geladen habe.

Aber es funktioniert immer noch nicht.

Die Angaben zum Minimalbespiel habe ich gelesen, verstehe aber gerade den Abschnitt über zusätzliche Dateien im Textformat nicht.

Ich hänge hier mal an, was ich daraus gemacht habe:
\begin{filecontents}{Minimalbeispiel.sty}
\ProvidesPackage{Minimalbeispiel.bib}
\ProcessOptions\relax
\end{filecontents}
\listfiles
\documentclass{minimal}
\usepackage{Minimalbeispiel.sty}

\usepackage[section]{placeins}
\usepackage[english]{babel}
\AtBeginDocument{\renewcommand{\chaptername}{}} 
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc} 
\usepackage{caption} 
\usepackage{float} 
\usepackage{graphicx} 
\usepackage{subfigure} 
\usepackage{longtable} 
\usepackage{tabularx} 
\usepackage{array} 
\usepackage{fixltx2e} 
\usepackage[normalem]{ulem} 
\usepackage{scrpage2} 
\pagestyle{scrheadings} 
\clearscrheadfoot 
\ohead{\headmark} 
\cfoot[\pagemark]{\pagemark} 
\automark[chapter]{section} 
\usepackage[font=footnotesize]{caption} 
\usepackage{titlesec} \titleformat{\chapter}{\bfseries\Huge}{\thechapter\quad}{0em}{}  
\usepackage{ltxtable} 
\usepackage{hhline} 
\usepackage[style=authoryear,backend=biber]{biblatex}
\addbibresource{Minimalbeispiel.bib}
\usepackage{setspace} 


\begin{document}
\printbibliography[heading=bibintoc]
\end{document}

Besserwisser

Beitrag von Besserwisser »

Was ist schwer zu verstehen an:
Im folgenden Beispiel wird dies für die Literaturdatenbank gezeigt:
Warum erstellst du stattdessen per filecontents-Umgebung ein Paket?
Warum testest du dein Beispiel nicht genau wie unter dem Minimalbeispiel-Link angegeben, damit du merkst, wenn du Unfug machst?

So, ich habe für heute genug Zeit in dieses Problem investiert. Ich habe auch noch anderes zu tun.

Dir empfehle ich ebenfalls, erst einmal Ruhe einkehren zu lassen und das dann heute Abend noch einmal alles gründlich durchzulesen und in Ruhe nachzuvollziehen.

Gast

Beitrag von Gast »

Kannst Du denn mein Beispiel von weiter oben kompilieren?

Zum Thema Minimalbeispiel gibt es einiges bei Tex.SX.
Ich verstehe nicht ganz, was das mit der .sty soll. Ich denke, Dein Beispiel vom Anfang war schon fast in Ordnung. Es sähe wohl inzwischen so aus (Achtung! filecontents überschreibt eine eventuell vorhandene .bib-Datei mit demselben Namen, unter der das Beispiel gespeichert wird)
\documentclass[a4paper,12pt,headsepline, plainheadsepline]{book}
\usepackage[section]{placeins}
\usepackage[english]{babel}
\AtBeginDocument{\renewcommand{\chaptername}{}}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{caption}
\usepackage{float}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{subfigure}
\usepackage{longtable}
\usepackage{tabularx}
\usepackage{array}
\usepackage{fixltx2e}
\usepackage[normalem]{ulem}
\usepackage{scrpage2}
\pagestyle{scrheadings}
\clearscrheadfoot
\ohead{\headmark}
\cfoot[\pagemark]{\pagemark}
\automark[chapter]{section}
\usepackage[font=footnotesize]{caption}
\usepackage{titlesec} \titleformat{\chapter}{\bfseries\Huge}{\thechapter\quad}{0em}{}  
\usepackage{ltxtable}
\usepackage{hhline}
\usepackage[style=authoryear,backend=biber]{biblatex}

\usepackage{filecontents}
\begin{filecontents}{\jobname.bib}
@article{Bell.1986,
 author = {Bell, G. I. and Fong, N. M. and Stempien, M. M. and Wormsted, M. A. and Caput, D. and Ku, L. L. and {et~al.}},
 year = {1986},
 title = {Human epidermal growth factor precursor: cDNA sequence, expression in vitro and gene organization},
 pages = {8427--8446},
 volume = {14},
 number = {21},
 issn = {1362-4962},
 journal = {Nucleic acids research}
}


@article{Boismenu.1994,
 author = {Boismenu, R. and Havran, W. L.},
 year = {1994},
 title = {Modulation of epithelial cell growth by intraepithelial gamma delta T cells},
 pages = {1253--1255},
 volume = {266},
 number = {5188},
 issn = {0036-8075},
 journal = {Science (New York, N.Y.)}
}
\end{filecontents}

\addbibresource{\jobname.bib}
\usepackage{setspace}

\begin{document}
\printbibliography[heading=bibintoc]
\end{document}
Viel von dem Code wird für das eigentliche Problem nicht benötigt. Was aber benötigt wird, ist eine etwas detaillierte Beschreibung des Problems als "es funktioniert nicht".

PS: Citavi hat sich hier mal wieder nicht mit Ruhm bekleckert (Johannes erwähnte es ja bereits), author = {Bell, G. I. and Fong, N. M. and Stempien, M. M. and Wormsted, M. A. and Caput, D. and Ku, L. L. and {et~al.}} ist totaler Käse (wenn überhaupt heißt es author = {Bell, G. I. and Fong, N. M. and Stempien, M. M. and Wormsted, M. A. and Caput, D. and Ku, L. L. and others}, aber ich finde es sollte schon drin sein, alle Autoren zu nennen - gut, es gibt Ausnahmen oder hier), bei journal = {Nucleic acids research} würde ich eigentlich Großschreibung erwarten und journal = {Science (New York, N.Y.)} sieht auch etwas fishy aus.

Gast

Beitrag von Gast »

Ok, tut mir leid. Ich bin nicht so gut in sowas.

Ich habe Dein Minimalbeispiel mal genommen und anstatt \jobname den Namen der .bib Datei eingefügt, also Minimalbeispiel.bib.
In dieser Datei existieren drei Titel, die ich dann auch unten unter \filecontents eingefügt habe.
Zusätzich habe ich die drei Titel nach \begin Dokument mit \cite zitiert, da ich dem Post davor entnommen habe dass es ohne das garnicht funktionieren kann.

Zu den genauen Fehlermeldungen:
Undefined control sequence \begin{document}
Overwriting file `./Minimalbeispiel.bib'.
'babel/polyglossia' detected but 'csquotes' missing.
No file Minimalbeispiel.aux.
No file Minimalbeispiel.bbl.
Citation 'Studier.1986' on page 1 undefined, das selbe für die anderen beiden
Empty bibliography

Ich habe vor dem Kompilieren alle Hilfsdateien gelöscht und habe nur die .tex und die .bib Datei behalten, da die ja notwendig sind. Wenn ich mir die Fehlermeldungen aber anschaue sollte ich da noch mehr öschen?

Leider lief Dein Minimalbeispiel bei mir nicht und das hier läuft auch nicht, aber hier mal was ich gemacht habe:
\documentclass[a4paper,12pt,headsepline, plainheadsepline]{book}
\usepackage[section]{placeins}
\usepackage[ngerman]{babel}
\AtBeginDocument{\renewcommand{\chaptername}{}}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{caption}
\usepackage{float}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{subfigure}
\usepackage{longtable}
\usepackage{tabularx}
\usepackage{array}
\usepackage{fixltx2e}
\usepackage[normalem]{ulem}
\usepackage{scrpage2}
\pagestyle{scrheadings}
\clearscrheadfoot
\ohead{\headmark}
\cfoot[\pagemark]{\pagemark}
\automark[chapter]{section}
\usepackage[font=footnotesize]{caption}
\usepackage{titlesec} \titleformat{\chapter}{\bfseries\Huge}{\thechapter\quad}{0em}{}  
\usepackage{ltxtable}
\usepackage{hhline}
\usepackage[style=authoryear,backend=biber]{biblatex}

\usepackage{filecontents}
\begin{filecontents}{Minimalbeispiel.bib}
@article{Bell.1986,
 abstract = {Complementary DNA clones encoding the human kidney epidermal growth factor (EGF) precursor have been isolated and sequenced. They predict the sequence of a 1,207 amino acid protein which contains EGF flanked by polypeptide segments of 970 and 184 residues at its NH2- and COOH-termini, respectively. The structural organization of the human EGF precursor is similar to that previously described for the mouse protein and there is 66{\%} identity between the two sequences. Transfection of COS-7 cells with the human EGF precursor cDNA linked to the SV40 early promoter indicate that it can be synthesized as a membrane protein with its NH2-terminus external to the cell surface. The human EGF precursor gene is approximately 110 kilobase pairs and has 24 exons. Its exon-intron organization revealed that various domains of the EGF precursor are encoded by individual exons. Moreover, 15 of the 24 exons encode protein segments that are homologous to sequences in other proteins. Exon duplication and shuffling appear to have played an important role in determining the present structure of this protein.},
 author = {Bell, G. I. and Fong, N. M. and Stempien, M. M. and Wormsted, M. A. and Caput, D. and Ku, L. L. and {(Keine~Angabe)}},
 year = {1986},
 title = {Human epidermal growth factor precursor: cDNA sequence, expression in vitro and gene organization},
 pages = {8427--8446},
 volume = {14},
 number = {21},
 issn = {1362-4962},
 journal = {Nucleic acids research}
}


@article{Carpenter.1986,
 abstract = {An interesting aspect of the developments forthcoming from the study of cell growth control by growth factors is the structural and functional homologies that have been found to exist between growth factors or their receptors and other molecules. The epidermal growth factor (EGF) system has been particularly fruitful in this regard. The information in this article is meant to summarize the relationships that have been recently described between EGF and other EGF-like molecules and between the EGF receptor and related macromolecules.},
 author = {Carpenter, G. and Zendegui, J. G.},
 year = {1986},
 title = {Epidermal growth factor, its receptor, and related proteins},
 pages = {1--10},
 volume = {164},
 number = {1},
 issn = {00144827},
 journal = {Experimental Cell Research}
}


@article{Studier.1986,
 author = {Studier, F.William and Moffatt, Barbara A.},
 year = {1986},
 title = {Use of bacteriophage T7 RNA polymerase to direct selective high-level expression of cloned genes},
 pages = {113--130},
 volume = {189},
 number = {1},
 issn = {00222836},
 journal = {Journal of Molecular Biology},
 doi = {10.1016/0022-2836(86)90385-2}
}
\end{filecontents}

\addbibresource{Minimalbeispiel.bib}
\usepackage{setspace}

\begin{document}
\cite{Studier.1986}
\cite{Carpenter.1986}
\cite{Bell.1986}
\printbibliography[heading=bibintoc]
\end{document}

Gast

Beitrag von Gast »

Ein weiterer Fehler, der erst viel weiter unten angezeigt wird, der aber vielleicht entscheidend sein könnte ist:

ERROR - Cannot find control file 'Minimalbeispiel.bcf'! - did you pass the "backend=biber" option to BibLaTeX?

Da habe ich wohl doch noch etwas nicht richtig installiert oder so?

Gast

Beitrag von Gast »

Hast Du denn Biber laufen lassen? Du musst einmal LaTeX aufrufen, dann Biber und dann noch zweimal LaTeX.

Gast

Beitrag von Gast »

Ja, das habe ich getan, leider kommt mit all den anderen Fehlermeldungen die ich beschrieben habe auch
Please (re)run Biber on the file:(biblatex) Minimalbeispiel(biblatex) and rerun LaTeX afterwards.

Gerade eben hatte ich auch noch diese Meldung.
Prozess gestartet: biber "Minimalbeispiel"

INFO - This is Biber 2.4
INFO - Logfile is 'Minimalbeispiel.blg'

ERROR - Cannot find control file 'Minimalbeispiel.bcf'! - did you pass the "backend=biber" option to BibLaTeX?
INFO - ERRORS: 1

Prozess endete mit Fehler(n)

Eventuell ein Hinweis darauf dass Biber und Biblatex in ihren Versionen nicht kompatibel sind? Aber wie bekomme ich heraus welche Biblatex Version ich habe? Bzw. müsste ich vielleicht nur eine andere Biber Version installieren?

Gast

Beitrag von Gast »

Wenn Du biblatex und Biber mit dem Package Manager installiert hast und danach wie oben vorgeschlagen noch ein Update im Admin- und User-Mode gemacht hast, dann sollten die Versionen zusammenpassen. Biber 2.4 ist schon die aktuelle Version.

Die Meldungen, die Du bekommst, sagen ja etwas anderes, nämlich dass die .bcf-Datei, die eigentlich bei dem ersten LaTeX-Durchlauf erstellt wird, nicht auffindbar ist.
Wenn Du die Datei nicht andauernd per Hand löschst, sollte sie eigentlich da sein, schau mal nach, ob Du sie findest. Hast Du vielleicht die Option aktiviert, temporäre Dateien in einem anderen Ordner zu parken?

Gast

Beitrag von Gast »

Also die bcf-Datei ist da.
Ich hatte tatsächlich zwischendurch mal von Hand gelöscht. Deshalb wohl der Fehler, aber nun ist sie wieder da, diese Fehlermeldung kommt also nicht mehr, dafür alle anderen.

Nochmal zum Nachvollziehen, was ich gemacht habe:
unter Start kann ich bei MikTeX 2.9 zwei verschiedene Package manager öffnen einer als admin und einer ohne. Ich habe bei beiden unter Repository auf synchronise geklickt, hat auch bei beiden wunderbar geklappt.
Dann habe ich das Programm miktex-biber-bin aus beiden! installiert. War vielleicht unnötig, aber ich wollte sichergehen.
das usepackage biblatex allerdings habe ich nur in die Präambel reingeschrieben, ob da was installiert wurde kann ich nicht sagen. Wenn ich das allerdings in diesen beiden anklicke, dann kann ich im normalen manager garnichts machen, weder installieren noch deinstallieren und im Admin Manager wird es mir als installiert angezeigt, allerdings schon im Januar diesen Jahres.

Außerdem habe ich gerade versucht, eine zuvor gespeicherte Version meiner .Tex Datei in der noch natbib und bibliographystyle drin war zu kompilieren, was nun aber auch kein Literaturverzeichnis mehr ausspuckt.

Irgendwie hab ich alles nur noch schlimmer gemacht. :(

Oh nein!!! Verzweiflung!!!

Gast

Beitrag von Gast »

Meiner Meinung nach wäre es sinnvoller gewesen, Biber nur mit einem Package Manager zu installieren (und zwar dem Admin), aber OK. (Du kannst es wahrscheinlich in dem normalen wieder runterwerfen. Achte darauf, dass der Admin-Package-Manager danach Biber noch installiert hat.)

Soweit ich das sehen kann, hast Du aber noch kein Update mit dem Update Manager durchgeführt. (Das solltest Du mindestens mit dem Admin-Updater machen, denn dort scheint biblatex installiert.)

Versuche bitte danach, das kleine Minimalbeispiel von oben Änderungen zu kompilieren und berichte über die Fehler des letzten LaTeX-Laufs und des Biber-Laufs (für Biber kopierst Du am besten einfach die ganze .blg).

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