Jetzt hab ich alles zusammen gefügt (wollte das eigentlich mit \include machen, war dafür zu doof und habe Copy+Paste angewendet).
Im sehr großen Dokument funktioniert jetzt seltsamer weise folgendes:
Ich habe (weil es nicht kompilieren wollte) die Aufräumfunktion genutzt und danach einmal (ohne mit biber die Quellen zu analysieren) kompiliert. Das funktioniert, nur gibt es dann ja kein Literaturverzeichnis

Wenn ich die Quellen mit biber dann aktualisiere, findet er alles blöd, was nach \printbibliography steht (sogar wenn es nur \end{document}ist)
Ich bekomme dann folgende Fehlermeldung: Undefined control sequence \end
Wenn ich da was anderes hinter schreibe, kennt er das nicht...
Ich hab schon überlegt, ob es an den Eingaben im Verzeichnis liegen könnte und habe in JabRef alle §-Zeichen etc. entfernt.
Leider ist das Thema schwer zu googeln, weil ich da einfach nicht weiß, was ich eingeben soll und auch ein Minimalbeispiel ist schwieirg, da es ja einzeln irgendwie funktioniert.
Hat irgendjemand eine Idee, was da falsch läuft? Ich danke euch schon mal!!