Zunächst einmal ist Dein Beispiel nicht minimal (siehe
Minimalbeispiel im Wiki). In gewisser Weise ist das aber sogar gut so, denn damit offenbart sich auch gleich ein Fehler in Deinem Dokument:
(\end occurred inside a group at level 1)
### semi simple group (level 1) entered at line 23 (\begingroup)
### bottom level
Zeile 23 ist
und das ist tatsächlich falsch. Wie der setspace-Anleitung zu entnehmen ist, ist spacing eine Umgebung. Dadurch dass diese hier als Anweisung missbraucht wird, wird eine Gruppe, die von dieser Umgebung zusätzlich (und IMHO eigentlich unnötiger Weise) geöffnet und normalerweise am Ende der Umgebung wieder beendet wird, nicht mehr beendet. Du suchst vermutlich die Anweisung \setstretch. Falls Du das aus einer Vorlage übernommen hast: Vergiss diese Vorlage ganz schnell. Jemandem, der nicht einmal solch elementaren Dinge richtig macht, sollte man das Wohl seiner Dokumente besser nicht anvertrauen.
Ansonsten hast Du mit Verwendung von geometry den Abstand zwischen Kopfzeile und Textkörper gänzlich in Deiner Hand. Siehe dazu Option headsep in der geometry-Anleitung. KOMA-Script ist an der Stelle durch die Verwendung von geometry auch nicht mehr beteiligt. Das Thema gehört daher eigentlich in ein anderes Forum. Außerdem ist ein Teil des Problems die Verwendung von eben obigem exorbitanten Durchschuss. Damit bekommt man ohnehin keinen wirklich guten Satz mehr zustande. Wenn man einen solchen Durchschuss dann auch noch mit Absatzabstand kombiniert (Option parskio), dann kann das Ergebnis fast nur noch mäßig bis saumäßig werden. Trotzdem wird es besser, wenn man geometry nicht verwendet und stattdessen KOMA-Script mitteilt, dass der Seitenspiegel für den reisigen Durchschuss berechnet werden soll:
\documentclass[12pt,titlepage,ngerman,parskip,headsepline]{scrartcl}
\usepackage[utf8x]{inputenc}
\usepackage{babel}% Ich verwende die oben angegeben, gültigen
% Rechtschreibregeln nicht die veralteten.
\usepackage[standardstyle,markusedcase,manualmark]{scrpage2}
\pagestyle{scrheadings}
\markright{Titelangabe}
\addtokomafont{pageheadfoot}{\footnotesize}
\usepackage{setspace}
\setstretch{1.45}
\recalctypearea% KOMA-Script-Seitenspiegel an den neuen Durchschuss anpassen
\setkomafont{caption}{\footnotesize}
\begin{document}
\section{Überschrift}
Text
\end{document}
Ich habe außerdem alles entfernt, was für das Minimalbeispiel unerheblich ist und außerdem die Verwendung von scrpage2 optimiert. Da für Kopf- und Fuß nun Schriftgröße \footnotesize mit einzeiligem Grundlinienabstand verwendet wird, könnte man auch noch Option "headlines=0.7" bei \documentclass dazu nehmen. Allerdings produziert scrpage2 dann eine Warnung.
Wie gesagt, wenn Du geometry verwenden musst, dann erhöhe den Abstand dort mit Option headsep, beispielsweise:
\usepackage[left=3.7cm,right=2.1cm,top=2cm,bottom=2cm,headsep=2\baselineskip,includehead]{geometry}
(\recalctypearea entfällt in dem Fall natürlich wieder).
BTW: Falls Du mit \section immer eine neue Seite beginnen solltest, würd eich stattdessen einen Wechsel zu scrreprt mit oberster Gliederungsebene \chapter empfehlen:
\documentclass[12pt,titlepage,ngerman,parskip,headsepline]{scrreprt}
\usepackage[utf8x]{inputenc}
\usepackage{babel}% Ich verwende die oben angegeben, gültigen
% Rechtschreibregeln nicht die veralteten.
\usepackage[standardstyle,markusedcase,manualmark]{scrpage2}
\pagestyle{scrheadings}
\markright{Titelangabe}
\addtokomafont{pageheadfoot}{\setstretch{1}\footnotesize}
\usepackage{setspace}
\setstretch{1.45}
\usepackage[left=3.7cm,right=2.1cm,top=2cm,bottom=2cm,headsep=2\baselineskip,includehead]{geometry}
\setkomafont{caption}{\footnotesize}
% ggf. den Abstand vor Kapitelüberschriften massiv reduzieren:
\renewcommand*{\chapterheadstartvskip}{}
% ggf. die Seitenzahl auf Kapitelanfangsseiten ganz entfernen:
\renewcommand*{\chapterpagestyle}{empty}
\usepackage{blindtext}
\begin{document}
\blinddocument
\end{document}