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Ich wüsste gerne ob scrhack grundsetzlich am Ende der Preambel am Anfang oder woanders geladen werden sollte.

scrhack verwenden scrlfile (u. a. \AfterPackage*) und \AtBeginDocument, um die Funktion möglichst unabhängig von der Position in der Präambel zu ermöglichen. Im Prinzip ist es ein Bug in scrhack, wenn es eine Rolle spielt, ob das Paket als erstes oder letztes geladen wird.

Probleme kann es allenfalls geben, wenn Pakete, die von scrhack nicht behandelt werden, Anweisungen von Paketen, die von scrhack behandelt werden, verändern. Ich erinnere mich beispielsweise, dass es mal ein Problem mit nameref gab - das aber inzwischen beseitigt sein sollte.

Aus dem Bauch würde ich empfehlen: Lade es so früh wie möglich, dann kann es unmittelbar auf das Laden eines von ihm behandelten Pakets reagieren. Wenn es ein Problem gibt, entferne scrhack. Wenn das Problem dadurch beseitigt wird, lade es möglichst spät. Wenn das Problem beseitigt bleibt, dann lasse es so. Wenn das Problem dadurch nicht beseitigt wird, mache ein vollständiges Minimalbeispiel und melde das Problem.