\centering ist ein Schalter, der auf zentrierten Text umschaltet. Seine Verwendung ist in der Regel nur innerhalb einer Gruppe sinnvoll, die seine Wirkung begrenzt. Also beispielsweise innerhalb der Minipage.
Wenn Du etwas zentrieren möchtest und davor und danach auch noch etwas Abstand brauchst, dann verwende die center Umgebung.
Außerdem solltest Du darauf achten, keine veralteten Schriftbefehle zu nutzen (siehe [d]l2tabu[/d])
\documentclass{report}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage [ngerman,english]{babel}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage {lmodern}
\begin{document}
%\setcounter{section}{1}
\section{titel}
\subsection {subsection1}
hier ist der text noch im Blocksatz und alles funktioniert.
\begin{center}
\begin{minipage}{\linewidth}
\centering\bfseries
\begin{tabular}{|c|c|} \hline
tabelle & 1 \% \\ \hline
\end{tabular}
\begin{tabular}{|c|c|} \hline
tabelle & 2 \%\\ \hline
\end{tabular}
\begin{tabular}{|c|c|} \hline
tabelle & 3 \%\\ \hline
\end{tabular}
\end{minipage}
\end{center}
\subsection {wo ist der Blocksatz hin)}
Jetzt habe ich leider keinen Blocksatz mehr und des TExt ist zentriert. Ich habs schon mit begin center und end center probiert, funktioniert aber leider nicht.
\end{document}
Warum möchtest Du den section Zähler manuell setzen? Da der \section Befehl ihn jeweils automatsich um 1 erhöht, ist klar, dass nach dem Setzen des Zählers auf 1 der nächste Abschnitt die Nummer 2 bekommt. Wenn Du den Zähler aus irgendeinem Grund wirklich selbst zurücksetzen musst, dann setze ihn auf 0.
Bitte verwende zum Einfügen von Code den Codebutton und nutze die Vorschau um zu sehen, ob alles passt.