Vorausgesetzt, dass perl installiert ist, kann man pdfcrop als ganz normales Kommandozeilenprogramm verwenden. Die notwendigen Wrapper werden sowohl von TeX Live als auch MiKTeX installiert (vorausgesetzt man hat pdfcrop korrekt über den jeweiligen Paketmanager installiert).
Näheres zur Verwendung der Kommandozeile mit Linux, OS X oder Windows erfährst Du in den einschlägigen Wikis, Foren oder Anleitungsbüchern zu diesen Betriebssystemen. Zumindest die einfachsten Grundlagen dazu sollte jeder Anwender beherrschen - beispielsweise wie man unter Windows mit einem Rechtsklick auf ein Verzeichnis eine Eingabeaufforderung für eben dieses Verzeichnis öffnet, um darin beispielsweise
pdfcrop quelle.pdf ziel.pdf
aufzurufen.
Wenn Du damit nicht klar kommst, kannst Du natürlich auch mit der Vollversion von Adobe Acrobat ein PDF beschneiden. Billiger dürfte dann jedoch der von mir bereits zweimal erwähnte Weg sein, das PDF mit in der gewünschten Seitengröße zu erzeugen. Aufwändiger um mit mehr Probieren ist der Weg, das PDF über die bereits erwähnen Optionen von \includegraphics von Hand zu beschneiden.