Kann ich mit LuaLaTeX oder XeLaTeX nicht nachvollziehen:
\documentclass{article}
\usepackage{fontspec}% Voreinstellung ist jetzt die OTF-Version von Latin Modern
\begin{document}
Die fi-Ligatur und die fl-Ligatur.
\end{document}
Die Ligaturen aus lmroman10-regular.otf sind hier auch mit aktuellen TeX Live 2021 korrekt.
Dasselbe gilt, wenn man stattdessen PDFLaTeX und beispielsweise einen Type-1-Font wie cmr10.pfb verwendet:
\documentclass{article}
\begin{document}
Die fi-Ligatur und die fl-Ligatur.
\end{document}
Wenn wir das Problem nachvollziehen können sollen, musst du also schon sehr viel ausführlicher werden. Wobei ich nicht versprechen kann, dass ich dabei dann wirklich helfen kann. Ich bin ausdrücklich kein Font-Experte.