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Es ist durchaus möglich, dass aufgrund der unterschiedlichen Höhe des Inhalts unterschiedliche Klammergrößen gewählt werden. Auch bei sonst sehr ähnlichem Inhalt kann es dazu kommen, dass ein paar Millimeter (oder noch weniger) Höhenunterschied den Ausschlag geben. Mit den gezeigten Matrizen kann ich ebenso wie uliken zumindest in einem "Standardsetup" keinen Unterschied sehen, was aber keinesfalls heißen soll, dass es unmöglich ist, mit diesen Matrizen einen solchen Effekt zu erzeugen. Man braucht nur die richtige Schriftart.

Abhilfe schaffen können eventuell Tricks wie \mathstrut, das eine unsichtbare Box vordefinierter Höhe erzeugt. Damit kannst Du dann ein nicht so hohes Zeichen mindestens eine Standardhöhe einnehmen lassen. Alternativ kannst Du gleich \vphantom{...} nehmen und eine unsichtbare Box mit Höhe des Arguments erzeugen lassen. Wenn also die 6 höher als die 3 ist, könnte

\begin{pmatrix}
5 \\ 3\vphantom{6} \\ 2
\end{pmatrix}
\quad
\begin{pmatrix}
5 \\ 6 \\ 2
\end{pmatrix}

oder sicherheitshalber

\begin{pmatrix}
5 \\ 3\vphantom{6} \\ 2
\end{pmatrix}
\quad
\begin{pmatrix}
5 \\ 6\vphantom{3} \\ 2
\end{pmatrix}

helfen.

Das ist aber ohne Minimalbeispiel natürlich alles Spekulation.

Wenn ich ein Minimalbeispiel bastle, sehe ich nicht, dass sich die Klmmern ändern. Vielleicht liegt es am von dir verwendeten Font. Zeige bitte ein Minimalbeispiel, in dem der Klammerfehler auftritt.

\documentclass[12pt,a4paper]{scrartcl}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{lmodern}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage{mathtools}
\begin{document}
$
\begin{pmatrix}
    5 \\ 3\\ 2
\end{pmatrix}
\quad
\begin{pmatrix}
    5 \\ 6\\ 2
\end{pmatrix}
$
\end{document}

Frage zur Formatierung von Klammern:
\begin{pmatrix}
5 \\ 3\\ 2
\end{pmatrix}
liefert einen Vektor in runden gebogenen Klammern, ähnlich ()
wenn jedoch der mittlere Wert 5 überschreitet, ändern die Klammern ihr Aussehen:
\begin{pmatrix}
5 \\ 6 \\ 2
\end{pmatrix}
jetzt sind die Klammern oben und unten gebogen, fallen aber in der Mitte senkrecht ab.
Es stört einfach, wenn verschieden Vektoren innerhalb ein und derselben Gleichung verschiedenen formatiert werden.

Irgendeine Idee wie ich das vermeiden kann?

Danke
Martin