Das Beispiel ist nicht lauffähig. Damit ist das Problem nicht reproduzierbar. Bitte beachte in deinem eigenen Interesse die Minimalbeispiel-Anleitung. Aus diesem Grund erhebt die folgende Aufzählung keinen Anspruch auf Vollständigkeit, sondern ist mehr oder weniger auf den ersten Blick entstanden.
Übrigens überschreibt die Einstellung numbered die Einstellung totoc sowohl bei Option listof als auch bei Option bibliography.
Die oberste Gliederungsebene (unterhalb von \part) ist bei scrreprt \chapter, die Klasse so zurecht zu biegen, dass sie stattdessen irgendwie mit \section beginnt, ist unsinnig. In dem Fall wäre es weit sinnvoller scrartcl zu verwenden. Der Hauptunterschied zwischen den beiden Klassen ist nämlich gerade, dass scrartcl kein \chapter kennt, sondern (unterhalb von \part) direkt mit \section beginnt.
Wenn man kein \chapter verwendet, ergibt es auch keinen Sinn \chapterpagestyle zu ändern. Davon abgesehen, wird nicht nur im KOMA-Script-Buch aus gutem Grund von der vorgenommenen Umdefinierung eher abgeraten.
Die Ebene der Verzeichnisse nach unten zu schieben und dann doch wieder jedes auf einer neuen Seite zu beginnen, ist auch irgendwie paradox.
Das Paket chngcntr ist seit min. LaTeX 2018-10-01 überflüssig.
Nach xcolor noch color zu laden, ist Unsinn.
Zwar soll man in der Tag cleveref nach hyperref laden, aber trotzdem soll hyperref so spät wie möglich geladen werden. nameref wiederum wird von hyperref ohnehin bereits selbst geladen.
Statt colortbl irgendwann nach xcolor noch selbst zu laden, sollte man besser xcolor direkt mit Option table laden.
Für das Literaturverzeichnis empfehle ich biblatex + biber. Der Zitierstil unsrt ist dagegen für Dokumente in einer anderen Sprache als English gar nicht geeignet. Übrigens wäre es sinnvoll, für babel (und ggf. einige andere Pakete) eine Sprache anzugeben.
selinput braucht noch eine Anweisung mit Musterzeichen, um die Eingabecodierung wirklich selbst zu ermitteln. Ohne entspricht es schlicht \usepackage[utf8]{inputenc}, was wiederum seit LaTeX 2018-04-01 überflüssig ist.
Insgesamt ist die verwendete Vorlage wohl eher fragwürdig. Die Verwendung solch fragwürdiger Vorlagen führt häufig zu Problemen wie dem von dir genannten.
Das Beispiel ist nicht lauffähig. Damit ist das Problem nicht reproduzierbar. Bitte beachte in deinem eigenen Interesse die [mwe][/mwe]-Anleitung. Aus diesem Grund erhebt die folgende Aufzählung keinen Anspruch auf Vollständigkeit, sondern ist mehr oder weniger auf den ersten Blick entstanden.
Übrigens überschreibt die Einstellung [tt]numbered[/tt] die Einstellung [tt]totoc[/tt] sowohl bei Option [tt]listof[/tt] als auch bei Option [tt]bibliography[/tt].
Die oberste Gliederungsebene (unterhalb von [tt]\part[/tt]) ist bei [tt]scrreprt[/tt] [tt]\chapter[/tt], die Klasse so zurecht zu biegen, dass sie stattdessen irgendwie mit [tt]\section[/tt] beginnt, ist unsinnig. In dem Fall wäre es weit sinnvoller [tt]scrartcl[/tt] zu verwenden. Der Hauptunterschied zwischen den beiden Klassen ist nämlich gerade, dass [tt]scrartcl[/tt] kein [tt]\chapter[/tt] kennt, sondern (unterhalb von [tt]\part[/tt]) direkt mit [tt]\section[/tt] beginnt.
Wenn man kein [tt]\chapter[/tt] verwendet, ergibt es auch keinen Sinn [tt]\chapterpagestyle[/tt] zu ändern. Davon abgesehen, wird nicht nur im [url=https://komascript.de/komascriptbuch]KOMA-Script-Buch[/url] aus gutem Grund von der vorgenommenen Umdefinierung eher abgeraten.
Die Ebene der Verzeichnisse nach unten zu schieben und dann doch wieder jedes auf einer neuen Seite zu beginnen, ist auch irgendwie paradox.
Das Paket [ctan]chngcntr[/ctan] ist seit min. LaTeX 2018-10-01 überflüssig.
Nach [ctan]xcolor[/ctan] noch [ctan]color[/ctan] zu laden, ist Unsinn.
Zwar soll man in der Tag [ctan]cleveref[/ctan] nach [ctan]hyperref[/ctan] laden, aber trotzdem soll [ctan]hyperref[/ctan] so spät wie möglich geladen werden. [ctan]nameref[/ctan] wiederum wird von [ctan]hyperref[/ctan] ohnehin bereits selbst geladen.
Statt [ctan]colortbl[/ctan] irgendwann nach [ctan]xcolor[/ctan] noch selbst zu laden, sollte man besser [ctan]xcolor[/ctan] direkt mit Option [tt]table[/tt] laden.
Für das Literaturverzeichnis empfehle ich [ctan]biblatex[/ctan] + [ctan]biber[/ctan]. Der Zitierstil [tt]unsrt[/tt] ist dagegen für Dokumente in einer anderen Sprache als English gar nicht geeignet. Übrigens wäre es sinnvoll, für [ctan]babel[/ctan] (und ggf. einige andere Pakete) eine Sprache anzugeben.
[ctan]selinput[/ctan] braucht noch eine Anweisung mit Musterzeichen, um die Eingabecodierung wirklich selbst zu ermitteln. Ohne entspricht es schlicht [tt]\usepackage[utf8]{inputenc}[/tt], was wiederum seit LaTeX 2018-04-01 überflüssig ist.
[url=https://komascript.de/latexvorlage]Insgesamt ist die verwendete Vorlage wohl eher fragwürdig.[/url] Die Verwendung solch fragwürdiger Vorlagen führt häufig zu Problemen wie dem von dir genannten.