Leider zeigt Dein Code eine ganze Reihe von Problemen.¹
Vollkommen unklar ist der Teil
\newcommand{\listequationsname}{Formelverzeichnis}
\newlistof{myequations}{equ}{\listequationsname}
\newcommand{\myequations}[1]{%
\addcontentsline{equ}{myequations}{\protect\numberline{\theequation}#1}\par}
\setlength{\cftmyequationsnumwidth}{2.5em}
\newcommand\tab[1][1cm]{\hspace*{#1}}
\newcommand{\formula}[3]{%
\begin{equation}%
\addcontentsline{loe}{subsection}{\theequation\qquad#1}
\label{#2}#3%
\end{equation}}
...
\makeatletter%
\def\equationshead{Formelverzeichnis}%
\def\listofequations{%
\chapter*{\equationshead}%
\addcontentsline{toc}{chapter}{\equationshead}%
\@starttoc{loe}}%
\makeatother%
Er lässt aber die Vermutung aufkommen, dass Du das Paket tocstyle lädst, um ein Formelverzeichnis anzulegen. Allerdings genügt dafür schon das von der KOMA-Script Klasse automatisch geladene Paket tocbasic und vorallem legst Du ein Verzeichnis mit der Endung equ an, verwendest dann aber im weiteren die Dateiendung loe??
Leider enthält Dein ansonsten viel zu langer Code kein Beispiel dafür, wie die Formeln mit Eintrag ins Verzeichnis erstellst. Sonst könnte man Dir zeigen, wie Du das Verzeichnis mit den Mitteln von tocbasic korrekt anlegen und die Einträge für die Formeln darin vornehmen kannst.
Ich vermute aber stark, dass Du die folgenden Zeilen einfach löschen kannst:
\usepackage{tocloft}
...
\newlistof{myequations}{equ}{\listequationsname}
\newcommand{\myequations}[1]{%
\addcontentsline{equ}{myequations}{\protect\numberline{\theequation}#1}\par}
\setlength{\cftmyequationsnumwidth}{2.5em}
Dann wirkt auch die von Dir schon gesetzte Option listof=totoc, d.h. Du musst die entsprechenden manuellen Einträge entfernen (siehe die Antwort von markusv). Den (recht unsinnigen, aber vielleicht geforderten) Eintrag des Inhaltsverzeichnisses ins Inhaltsverzeichnis erhält man dann mit \setuptoc{toc}{totoc}.
Wenn Du denkst, dass Du aus irgendeinem Grund nicht auf das Paket tocstyle verzichten kannst, dann erstelle ein wirklich minimales MWE, das zeigt wofür genau Du dieses Paket verwendest.
¹ Hier sind paar der Sachen, die mir außerdem spontan aufgefallen sind:
Du gibst beim Laden der Klasse die Option ngerman an, lädst aber kein babel. Wenn Du das noch lädst, kannst Du \frenchspacing weglassen.
Die Anweisungen für die Schriftgrößen (\Large etc.) sind Schalter und erwarten kein Argument.
Das \newpage direkt vor dem Ende der titlepage Umgebung ist überflüssig.
Wenn Du keinen Punkt am Ende der Gliederungsnummern etc. haben möchtest, dann definiere nicht \autodot um, sondern setze die Klassenoption numbers=noenddot.
Das \setlength{\topskip}{...} solltest Du entfernen.
Die Änderung der Schrifteinstellungen für Kopf- und Fußzeile nimm besser mit \setkomafont{pageheadfoot}{\normalfont} vor, statt \headfont umzudefinieren.
\ofoot*{\pagemark} gehört in die Präambel und zwar ohne Zeilenumbruch und vertikalem Freiraum von 4ex. Für die Titelseite wird ohnehin der Seitenstil empty verwendet.
Das Paket scrlayer-scrpage aktiviert schon beim Laden automatisch den Seitenstil scrheadings. Du brauchst den nicht noch einmal manuell zu setzen.
Gibt es einen Grund für \renewcommand*{\chapterpagestyle}{scrheadings}? Normal wird auf Kapitelanfangsseiten der Seitenstil plain verwendet. Mit Hilfe des * in \ofoot*{\pagemark} wird dafür gesorgt, dass die Seitenzahl auch beim Seitenstil plain an der gleichen Stelle ist. Und wenn die Linie unter der Kopfzeile auch auf den plain Seiten erscheinen sollen, dann braucht es die Option plainheadsepline=true. Abgesehen davon ist Deine Kopfzeile derzeit auf allen Seiten leer bis auf eben diese Linie, was seltsam wirkt.
Vor einem \pagenumbering{...} sollte immer ein \cleardoublepage oder mit einer KOMA-Script Klasse besser ein \cleardoubleoddpage stehen.
\glossarystyle ist veraltet. Verwende stattdessen \setglossarystyle.