chemnum automatische Nummerierung

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Re: chemnum automatische Nummerierung

von Izzy123 » Di 11. Jan 2022, 12:39

Vielen Dank für eure Hilfe. Ich konnte das Problem lösen.

Ich Held habe bei meinem Minimalbeispiel folgendes Paket vergessen: auto-pst-pdf. Nachdem ich das hinzugefügt habe, konnte ich durch nur Kompilieren meine Zahlen und somit auch PDFs etc. problemlos einfügen. In meinem Hauptdokument hat es leider immer noch nicht geklappt, bis ich folgende Pakete rausgenommen haben: hyperref & epstopdf.

Ich dachte, ich schreibe das hier mal noch ins Forum - vielleicht hilft es irgendjemandem ja mal weiter.

Re: chemnum automatische Nummerierung

von KOMA » Di 7. Dez 2021, 12:15

Angenommen, ich habe eine Datei test-chemnum.tex:
\documentclass{article}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{chemnum}
\usepackage{auto-pst-pdf}

\begin{document}
Ein wunderschönes Minimalbeispiel \dots

\replacecmpd{R1}
\replacecmpd{R2}
\includegraphics[scale=0.8]{scheme-tmp.ps}
	
Verbindung \cmpd{R1} kann irgendwas cooles \dots

Verbindung \cmpd{R2} kann auch irgendwas cooles \dots	
	
\end{document}
und ich habe in demselben Verzeichnis die Datei scheme-tmp.ps, die man normalerweise auch auf dem eigenen Rechner als doc/latex/chemnum/scheme-tmp.ps unterhalb des TEXMF-Baums der verwendeten TeX-Distribution findet (es genügt aber nicht, wenn sie dort liegt, sie muss schon in dasselbe Verzeichnis wie test-chemnum.tex kopiert werden.

Dann öffne ich eine Konsole, wechsle in das Verzeichnis mit diesen Dateien und rufe:
pdflatex -shell-escape test-chemnum.tex
auf. Es gibt dann eine ganze Menge an Terminalausgabe, die bei Verwendung eines aktuellen LaTeX mit:
This is pdfTeX, Version 3.141592653-2.6-1.40.23 (TeX Live 2021) (preloaded format=pdflatex)
 \write18 enabled.
entering extended mode
(./test-chemnum.tex
LaTeX2e <2021-11-15>
L3 programming layer <2021-11-22>
beginnt. Darin ist dann auch ein weiterer, verschachtelter LaTeX-Laufruf mit anschließendem dvips-Aufruf zu erkennen:
-------------------------------------------------
auto-pst-pdf: Auxiliary LaTeX compilation
-------------------------------------------------
This is pdfTeX, Version 3.141592653-2.6-1.40.23 (TeX Live 2021) (preloaded format=latex)
entering extended mode
This is dvips(k) 2021.1 Copyright 2021 Radical Eye Software (www.radicaleye.com)
' TeX output 2021.12.07:1154' -> test-chemnum-autopp.ps
Am Ende kommt ein test-chemnum.pdf mit folgendem Inhalt heraus:
test_20211207_120824.png
test_20211207_120824.png (14.22 KiB) 1315 mal betrachtet
Wenn das bei Dir anders ist, dann brauchen wir die log-Datei. Wenn das bei Dir so ist, kannst Du im nächsten Schritt daran gehen, den Editor für den korrekten Aufruf zu konfigurieren. Laut der oben verlinkten Seite müsste bei Verwendung von TeXstudio genügen, in meinem Beispiel (oder Deinem Dokument) als erste Zeile
% !TeX TXS-program:compile = txs:///pdflatex/[--shell-escape]
zu ergänzen. Ich selbst verwende kein TeXstudio.

Re: chemnum automatische Nummerierung

von Rueb Enase » Di 7. Dez 2021, 11:42

Da wir nicht wissen, was du machst, können wir nicht viel mehr tun als hier bereits erfolgt ist. Dann bleibt dir nur, den Weg zu gehen, der bei dir bereits funktioniert. Alle PDFs mit einem kleinen Script einmal in EPS umzuwandeln, ist ja nun auch kein Hexenwerk. Mit einer Unix-Shell reicht dafür:
for f in *.pdf;do pdftops -eps $f;done
im Verzeichnis mit den PDF-Dateien aufzurufen. Falls man welche mit groß geschriebener Endung hat, kann man das auch noch um ein *.PDF vor dem ersten Semikolon erweitern.

Mit Batch- oder PowerShell-Programmierung für Windows kenne ich mich nicht aus, das geht aber sicher genauso einfach. Ggf. fragt man das in einem Windows-Forum. Das benötigte pdftops findet man in den Poppler-Tools. Es gibt aber viele weitere Möglichkeiten, beispielsweise das pdf2ps von ghostscript.

Re: chemnum automatische Nummerierung

von Izzy123 » Di 7. Dez 2021, 09:48

Meine TMPs in den ChemDraw-eps-Dateien werden nur durch Zahlen ersetzt, wenn ich über "Erstellen & Anzeigen: Übersetzung über DVI, PS nach PDF" gehe. Ich habe damals schon versucht, über pdflatex zu gehen mit shell escape aktiviert (pdflatex -synctex=1 -shell-escape -interaction=nonstopmode %.tex), das liest man ja auch überall. Aber irgendwas mache wohl ich falsch...

Re: chemnum automatische Nummerierung

von gast. » Mo 6. Dez 2021, 15:24

Re: chemnum automatische Nummerierung

von Izzy123 » Mo 6. Dez 2021, 15:17

Danke für die Info. Allerdings weiß ich nicht so wirklich, was ich genau machen muss. Kann mir das irgendjemand vielleicht etwas detaillierter erklären?!

For the actual replacement please make sure that you compile with shell-escape enabled. If you compile with pdflatex you probably also need auto-pst-pdf [RG09] loaded. In subsequent runs load it with option off when you turned off shell-escape. (CHEMNUM 2020/12/06)

Re: chemnum automatische Nummerierung

von gast. » Di 2. Nov 2021, 17:39

In Abschnitt 8 der chemnum-Anleitung ist erklärt, wie das Ersetzen der Tags auch bei Verwendung von pdfLaTeX funktioniert. Siehe dazu die kursiv gesetzte Info direkt unter der ersten Aufzählung. Das sollte so übrigens auch mit LuaLaTeX gehen.

Theoretisch kann XeLaTeX sowohl PS als auch PDF einbinden. Ob das auch mit der Ersetzung der Tags funktioniert, habe ich nie ausprobiert.

Re: chemnum automatische Nummerierung

von Izzy123 » Di 2. Nov 2021, 17:20

Hallo zusammen,

ich habe ein weiteres Problem im Zusammenhang mit der automatischen Nummerierung (daher kein neuer Beitrag):

Ich muss, um die Zahlen mittels chemnum einfügen zu können, mittels DVI kompilieren (siehe vorherige Nachricht). Allerdings bedeutet das nun, dass ich keine PDF-Dateien mehr einbinden kann. Zumindest hat meine bisherige Recherche gezeigt, dass das nicht geht.

Hier die Fehlermeldung, die dann bei mir angezeigt wird: Cannot determine size of graphic in ... .pdf (no BoundingBox)...}

Hat jemand eine Idee, wie ich das Problem lösen kann, ohne jetzt alle meine PDF-Dateien in EPS-Dateien umzuwandeln?! Ich kann natürlich auch ein Minimalbeispiel hochladen, ist aber glaube ich nicht wirklich nötig.

Viele Grüße
Isabel

Re: chemnum automatische Nummerierung

von Izzy123 » Sa 25. Sep 2021, 17:10

Also das Problem mit der eps-Datei (ChemDraw/MacBook) konnte ich noch nicht lösen, aber wenn ich sie auf einem Windows-Rechner mit ChemDraw erstelle, funktioniert es.

Allerdings musste ich noch folgende Einstellung bei TeXstudio ändern:

chemnum.png

Und dann muss man "Erstellen und Anzeigen" (F5) und nicht kompilieren (F6), damit die Zahlen angezeigt werden. Ich dachte, für den Fall, dass jemand irgendwann das gleiche Problem haben sollte, schreibe ich das einfach mal noch dazu.

Re: chemnum automatische Nummerierung

von gast. » Mo 23. Aug 2021, 14:38

Ich kenne Chemdraw nicht, aber manche Programme haben beim EPS-Export eine Option, dass Schrift als Linienzüge gerendert werden soll. Solche Optionen darf man in diesem Fall nicht aktivieren. Wenn es also beim Kollegen geht und der dieselbe Version verwendet, dann frag den doch einfach einmal, wie bei ihm die Optionen für den EPS-Export eingestellt sind.


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