Biber erstellt keine Bibliographie

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von cgnieder » So 6. Mai 2012, 12:40

Wahrscheinlich wäre eine Option „ignorefield=abstract“ o.ä. für biblatex ein gangbarer Weg, der zumindest verhindern würde, dass man sich ewig abmüht.

Wenn das mit BiBTeX kein Problem war, dann vermutlich (ich weiß es aber nicht wirklich), weil der „abstract“-Eintrag immer schon ignoriert wurde...

von AnjaM » So 6. Mai 2012, 12:35

Ja, das ist wohl wahr. Allerdings habe ich noch nie eine Bibliographie gesehen, bei der die Abstracts mit abgedruckt werden, insofern wird das Ignorieren des Eintrags in den meisten Fällen ausreichen. Es ist allerdings schade, dass nicht die Möglichkeit besteht, generell das "%"-Zeichen nicht als Code-Zeichen zu definieren. In BibTeX waren die Prozentzeichen im Abstract noch nie ein Problem. In meinen Augen ist das ein Rückschritt, auch wenn das von den Biber-Maintainern anscheinend bewusst so gehandhabt wird.

von cgnieder » So 6. Mai 2012, 12:29

TeX.SE ist echt eine Datenbank an TeX-Wissen... :)

Wenn ich recht verstehe, ist die Lösung aber abhängig davon, was man braucht:
  1. ignorieren des Eintrags (geht nur, wenn man ihn nirgends braucht)
  2. Tatsächlich alle „%“ in „\%“ umwandeln (wenn man den Eintrag doch braucht)

von AnjaM » So 6. Mai 2012, 12:24

Anscheinend bin ich doch nicht die Erste mit diesem Problem und es gibt eine Lösung: http://tex.stackexchange.com/questions/ ... atex-biber

von cgnieder » Sa 5. Mai 2012, 22:27

Vielleicht hat ja einer der Experten auf tex.stackexchange eine andere Lösung...

von AnjaM » Sa 5. Mai 2012, 22:02

Ja, das Ersetzen wird wohl letztlich die einfachste, wenn auch nicht die eleganteste Lösung sein. Danke für deine Hilfe!

von cgnieder » Sa 5. Mai 2012, 22:00

Hmm, das % ist natürlich das Kommentarzeichen. Man müsste den catcode von % nur während des Einlesens der Felder auf 11 oder 12 setzen. Das ist allerdings nicht ganz so einfach, wie ich erst dachte.

So geht's nicht:
\begin{filecontents}{\jobname.bib}
@article{mycitation,
   author   = {John Doe and Jane Doe}, 
   title    = {The Title of the Thing}, 
   journal  = {Some Imprtant Journal},
   volume   = {1}, 
   number   = {2}, 
   pages    = {4-4}, 
   abstract = {Some text with % in it},  
   year     = {2012} 
}
\end{filecontents}
\documentclass{scrartcl} 
\usepackage[british]{babel} 
\usepackage[utf8]{inputenc} 
\usepackage[T1]{fontenc} 
\usepackage[babel]{csquotes}
\usepackage[style=authoryear-comp, maxnames=1, doi=false, url=false, bibencoding=utf8, backend=biber]{biblatex} 
{% \catcode`\%=12 nützt hier nix
\addbibresource{\jobname.bib}}

\begin{document} 

\parencite{mycitation}

% \catcode`\%=12 nützt hier auch nix
\printbibliography
\end{document} 
Wäre es nicht einfach möglich, ein „search & replace“ zu machen und alle „%“ in der bib-Datei durch „\%“ zu ersetzen?

Gruß

von AnjaM » Sa 5. Mai 2012, 21:38

Hier ist ein Beispiel:
@article{Li2007,
   author = {Li, Chenwei and Heidt, David G and Dalerba, Piero and Burant, Charles F and Zhang, Lanjing and Adsay, Volkan and Wicha, Max and Clarke, Michael F and Simeone, Diane M},
   title = {Identification of pancreatic cancer stem cells},
   journal = {Cancer Res},
   volume = {67},
   number = {3},
   pages = {1030-7},
   abstract = {Emerging evidence has suggested that the capability of a tumor to grow and propagate is dependent on a small subset of cells within a tumor, termed cancer stem cells. Although data have been provided to support this theory in human blood, brain, and breast cancers, the identity of pancreatic cancer stem cells has not been determined. Using a xenograft model in which primary human pancreatic adenocarcinomas were grown in immunocompromised mice, we identified a highly tumorigenic subpopulation of pancreatic cancer cells expressing the cell surface markers CD44, CD24, and epithelial-specific an Pancreatic cancer cells with the CD44(+)CD24(+)ESA(+) phenotype (0.2-0.8% of pancreatic cancer cells) had a 100-fold increased tumorigenic potential compared with nontumorigenic cancer cells, with 50% of animals injected with as few as 100 CD44(+)CD24(+)ESA(+) cells forming tumors that were histologically indistinguishable from the human tumors from which they originated. The enhanced ability of CD44(+)CD24(+)ESA(+) pancreatic cancer cells to form tumors was confirmed in an orthotopic pancreatic tail injection model. The CD44(+)CD24(+)ESA(+) pancreatic cancer cells showed the stem cell properties of self-renewal, the ability to produce differentiated progeny, and increased expression of the developmental signaling molecule sonic hedgehog. Identification of pancreatic cancer stem cells and further elucidation of the signaling pathways that regulate their growth and survival may provide novel therapeutic approaches to treat pancreatic cancer, which is notoriously resistant to standard chemotherapy and radiation.tigen (ESA).},
   keywords = {Adenocarcinoma/immunology/*pathology
Animals
Antigens, CD24/biosynthesis
Antigens, CD44/biosynthesis
Antigens, Neoplasm/biosynthesis
Disease Models, Animal
Humans
Male
Mice
Mice, Inbred NOD
Mice, SCID
Neoplastic Stem Cells/immunology/*parasitology
Pancreatic Neoplasms/immunology/*pathology
Signal Transduction
Transplantation, Heterologous
Up-Regulation},
   year = {2007}
}
------------

Ich glaube es ist besser, wenn du die Frage dort beantwortest, denn der entscheidende Tipp kam ja von dir.

von cgnieder » Sa 5. Mai 2012, 21:31

Hast Du ein Beispiel für so einen Eintrag?

PS: ich habe gesehen, dass Du die erste Frage hier auch gestellt hast. Du könntest sie selbst beantworten (oder ich kann das tun), evtl mit einem Hinweis auf diesen Thread hier.

von AnjaM » Sa 5. Mai 2012, 21:28

Ok, ich habe das Problem gefunden. In vielen Referenzen wird im Abstact das %-Zeichen verwendet. Ich habe mir eine Referenz rausgepickt und die %-Zeichen entfernt, und schwupps waren die Fehlermeldungen weg. Weißt du evtl., ob es eine Möglichkeit gibt einzustellen, dass das %-Zeichen innerhalb der {}-Klammern in einem Feld nur als ein normales Zeichen interpretiert werden soll?

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