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\documentclass[11pt,a4paper]{scrartcl}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{selinput}
\SelectInputMappings{
  adieresis={ä},
  germandbls={ß}
}
\usepackage{mathtools}

\begin{document}
  \[
    \underline{y}{}_{ij} y_{ij} 
  \]
\end{document}

Du kannst das umgehen, indem Du nach dem unterstrichenen Zeichen eine leere Gruppe ([tt][color=darkred]{}[/color][/tt]) einfügst. Dann wird der Unterstrich nicht mehr als Bezugselement für die Tiefstellung benutzt.
[code]\documentclass[11pt,a4paper]{scrartcl}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{selinput}
\SelectInputMappings{
adieresis={ä},
germandbls={ß}
}
\usepackage{mathtools}

\begin{document}
\[
\underline{y}{}_{ij} y_{ij}
\]
\end{document}[/code]

\underline{\textit{y}}_{\textit{ij}}
\textit{y}_{\textit{ij}} 

Hallo,
mir ist gerade in meinem Dokument aufgefallen, dass die tiefgestellten Zahlen beim unterstreichen des Buchstabens weiter nach unten rücken. Zur Verdeutlichung:
[code]
\underline{\textit{y}}_{\textit{ij}}
\textit{y}_{\textit{ij}}
[/code]
Durch den Unterstrich beim y scheinen die Buchstaben ij noch ein kleines Stück weiter nach unten zu rücken, was doof aussieht, wennn ich beides hintereinander schreibe.
Hat jemand eine Idee, wie ich dieses Problem beseitigen kann?

Vielen Dank im Voraus!
Moritz