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\documentclass{scrartcl} %[fleqn]
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage{mathtools}
%\setlength{\mathindent}{30mm}
\begin{document}
\section{Standard}
So stehen die Gleichheitszeichen mehrerer Umgebungen nicht untereinander, wenn unterschiedlich lang.
\begin{align*}
	r&= 2(x + x^2)\\
	r&= 2x(1 + x)
\end{align*}
Und hier die zweite Umgebung
\begin{align*}
	r&= 2(x + x^2)\\
	r_1^2 *3^x+3x^3+2y^4&= x^2 + y^2
\end{align*}
\section{keine Zusätzliche Leerzeile}
\begin{align*}
	\hphantom{r_1^2 *3^x+3x^3+2y^4}
	\clap{r}&= 2(x + x^2)\\
	r&= 2x(1 + x)
\end{align*}
Und hier die zweite Umgebung
\begin{align*}
	r&= 2(x + x^2)\\
	r_1^2 *3^x+3x^3+2y^4&= x^2 + y^2
\end{align*}
\section{korrekt}
\begin{align*}
	\hphantom{r_1^2 *3^x+3x^3+2y^4}
	\clap{r}&= 2(x + x^2)\\
	r&= 2x(1 + x)
	\intertext{Und hier die zweite Umgebung}
	r&= 2(x + x^2)\\
	r_1^2 *3^x+3x^3+2y^4&= x^2 + y^2
\end{align*}
\end{document}

%
\documentclass{scrartcl} %[fleqn]
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage{mathtools}
%\setlength{\mathindent}{30mm} 
\begin{document}
\section{Standard}
So stehen die Gleichheitszeichen mehrerer Umgebungen nicht untereinander, wenn unterschiedlich lang.
\begin{align*}
r&= 2(x + x^2)\\
r&= 2x(1 + x)
\end{align*}
Und hier die zweite Umgebung
\begin{align*}
r&= 2(x + x^2)\\
r_1^2 *3^x+3x^3+2y^4&= x^2 + y^2
\end{align*}
\section{Zusätzliche Leerzeile}
So stehen die Gleichheitszeichen mehrerer Umgebungen zwar untereinander, aber man erzeugt eine zusätzliche (leere) Zeile im Anschluss:
\begin{align*}
\hphantom{r_1^2 *3^x+3x^3+2y^4}&\\
r&= 2(x + x^2)\\
r&= 2x(1 + x)
\end{align*}
Und hier die zweite Umgebung
\begin{align*}
r&= 2(x + x^2)\\
r_1^2 *3^x+3x^3+2y^4&= x^2 + y^2
\end{align*}
\section{Mein Vorschlag}
\verb+\makebox+
\begin{align*}
\makebox[0.0cm][r]{$r$}&= 2(x + x^2)\\
r&= 2x(1 + x)
\end{align*}
Und hier die zweite Umgebung
\begin{align*}
r&= 2(x + x^2)\\
\makebox[0.0cm][r]{$r_1^2 *^x+3x^3+2y^4$}&= x^2 + y^2
\end{align*}
Ist auch linksbündig mit [fleqn] als Klassenoption und \verb+\setlength{\mathindent}{x mm}+ verwendenbar (oben auskommentiert), muss dann aber angepasst werden.
\end{document}