Moleküle im EPS-Format automatisch nummerieren

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von LaTexFetischist » Do 19. Jan 2017, 12:11

Anonymous hat geschrieben:Vielleicht wäre das ja eine gute Gelegenheit, die Moleküle gleich beispielsweise mit chemfig oder direkt mit pgf/tikz zu zeichnen.

Beim besten Willlen nicht. Bei Reaktionsmechanismen und größeren Molekülen ist dies zu aufwendig. Zudem muss ich die Daten (ChemDraw) auch mit meiner Arbeitsgruppe teilen können - da bin ich der einzige LaTexFetischist :P

von Gast » Do 19. Jan 2017, 11:34

Vielleicht wäre das ja eine gute Gelegenheit, die Moleküle gleich beispielsweise mit chemfig oder direkt mit pgf/tikz zu zeichnen.

von cgnieder » Do 19. Jan 2017, 11:02

LaTexFetischist hat geschrieben:Leider hat ChemDraw ein Update erfahren und bei den neuen EPS-Dateien werden die TMP-Marker nicht mehr ersetzt. :evil: :evil:

Vielleicht könnt ihr mir diesen Verdacht bestätigen. Danke!
Wenn Du die Datei mit einem Texteditor öffnest, dass marker.eps nirgends den String TMP enthält. Sprich: der Text ist nicht als Text gespeichert, sondern als Zeichnung. Und dann kann psfrag (bzw chemnum) auch nichts mehr tun. Liegt vielleicht daran, wie ChemDraw die EPS erstellt…

Grüße

von LaTexFetischist » Mi 18. Jan 2017, 22:52

Vielen Dank, wenn man das erwähnte Paket weglässt (pst-pdf) funktioniert es tatsächlich!

Leider hat ChemDraw ein Update erfahren und bei den neuen EPS-Dateien werden die TMP-Marker nicht mehr ersetzt. :evil: :evil:

Vielleicht könnt ihr mir diesen Verdacht bestätigen. Danke!
Dateianhänge
marker.eps
(29.15 KiB) 359-mal heruntergeladen

von Gast » Di 17. Jan 2017, 15:12

Ein Beispiel, das das Problem nicht zeigt, ist kein Minimalbeispiel. Ansonsten: Bei mir funktioniert das Beispiel mit TeX Live 2016 nicht. Erst, wenn ich den Umlaut in "Molekül1" weglasse, passiert überhaupt etwas. Ohne Fehlermeldung geht es erst, wenn ich pst-pdf weglasse. Das beißt sich vermutlich mit auto-pst-pdf.

Wir verlangen ein Minimalbeispiel übrigens nicht, weil wir die Fragesteller ärgern wollen, sondern weil wir sonst das Problem nicht nachvollziehen können. Nachsicht zu verlangen ist also schlicht ein Zeichen dafür, dass du den Sinn eines Minimalbespiels nicht verstanden hast.

von LaTexFetischist » Di 17. Jan 2017, 14:30

Es ist nicht lauffähig wegen der fehlenden EPS Datei...ich weis nicht wie ich diese für Overleaf einfügen könnte...

Noch zum Fehler: Das blanke einfügen mehrerer Bilder funktioniert problemlos. Der Fehler tritt erst auf, wenn man mehr als ein Bild auf diese Weise in einen längeren Fließtest einbinden will (z.B Lorem Ipsum).

von markusv » Di 17. Jan 2017, 14:01

LaTexFetischist hat geschrieben:trotzdem sollte es jetzt MNML sein :D
Nö. Problem ist nicht die Minimalität, sondern die Lauffähigkeit.
Kannst du auch ganz einfach bei einem Klick auf den "Öffne in Overleaf"-Link nachvollziehen.

von LaTexFetischist » Di 17. Jan 2017, 11:54

Ich glaube die meisten Leute fragen auf diesem Forum, wenn sie bereits massiv in der Bredouille stecken...ich denke mit den Beispielen könnte man nachsichtiger sein....trotzdem sollte es jetzt MNML sein :D
\documentclass[12pt, DIV14,                      
captions=tableheading,               
headings=normal,                                            
footsepline=false, table            
]{scrbook}                           


\usepackage[utf8]{inputenc}    

\usepackage{chemnum}                                                                              
\usepackage[crop=off, runs=2]{auto-pst-pdf}                  %epsdatei Nummern ersetzten


\begin{document} 
Text 1 

\begin{figure}[h]
   \centering
   \replacecmpd[TMP1]{Molekel1}
   \includegraphics[width=1.0\textwidth]{mononitro.eps}
   \caption{Synthese Molekel1 und Molekel 2} 
\end{figure} 

Text 2

\end{document}
Dateianhänge
mononitro.eps
(13.65 KiB) 360-mal heruntergeladen

von Gast » Di 17. Jan 2017, 07:46

Kopier mal das angebliche Minimalbeispiel in einen neuen Ordner und versuch dort einen LaTeX-Lauf dafür. Merkst du etwas? Es ist kein (beachte den Link:) Minimalbeispiel.

Moleküle im EPS-Format automatisch nummerieren

von LaTexFetischist » Di 17. Jan 2017, 00:20

Hallo zusammen,

Ich habe Moleküle mit ChemDraw gezeichnet und als .eps exportiert. Mithilfe des Chemnum-Packages möchte ich diese in das Dokument einpflegen und automatisch nummerieren lassen.

Hierzu setze ich unterhalb der Moleküle einen "TMP"-Marker, der durch Chemnum in eine Nummer "uminterpretiert" wird.

An sich funktioniert das Ganze, ab einer bestimmten Anzahl an Bildern bekomme ich aber folgende Fehlermeldung:

!pdfTeX error: /usr/local/texlive/2015/bin/universal-darwin/pdflatex (file ./Pr
aeambel-pics.pdf): PDF inclusion: required page does not exist <1>
==> Fatal error occurred, no output PDF file produced!

Ich verstehe zunächst den Fehler überhaupt nicht...offenbar ist eine Seite zu viel vorhanden???

Anbei ein Minimalbeispiel....
\documentclass[12pt, DIV14,								     BCOR=1cm,
captions=tableheading,					
headings=normal,							
%oneside,								
footsepline=false, table				
]{scrbook}									


\usepackage[utf8]{inputenc} 	

\usepackage[version=4]{mhchem}
\usepackage{chemnum}												
\usepackage{amsmath}						
\usepackage{amsfonts}						

\usepackage{graphicx}	                                              
\usepackage{pst-pdf}				
\usepackage[crop=off, runs=2]{auto-pst-pdf}		            %epsdatei Nummern ersetzten


\begin{document} 
Testsatz. 

\begin{figure}[h]
	\centering
	\replacecmpd[TMP1]{Molekül1}
	\replacecmpd[TMP2]{Molekül2}
	\includegraphics[width=1.0\textwidth]{EPSdatei}
	\caption{Synthese Molekül 1 und Molekül 2} 
\end{figure} 

\end{document}

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