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\addtokomafont{pagenumber}{\color{MidnightBlue}}

\documentclass[DIV=10, 
 BCOR=10mm, 
 11pt, 
 a4paper, 
 headsepline,
 headlines=1.3,
 bibliography=totoc]{scrartcl} 

 \usepackage[utf8]{inputenc} 
 \usepackage[T1]{fontenc} 
 \usepackage[english]{babel} 

 \usepackage[usenames,dvipsnames,svgnames,table]{xcolor} 
 \addtokomafont{disposition}{\rmfamily\boldmath}
 \addtokomafont{section}{\color{MidnightBlue}} 
 \addtokomafont{subsection}{\color{NavyBlue}} 
 \addtokomafont{subsubsection}{\color{RoyalBlue}} 

%%% --- veraltet ---
 %%\usepackage[automark]{scrpage2}
 %%\clearscrheadfoot 
 %%\pagestyle{scrheadings}
%%% --- statt dessen ---
 \usepackage[automark]{scrlayer-scrpage}
 \clearpairofpagestyles
% ---
 \addtokomafont{pageheadfoot}{\upshape\color{MidnightBlue}}
 \addtokomafont{pagenumber}{\color{MidnightBlue}}
 \addtokomafont{headsepline}{\color{orange}}
 \ohead{\pagemark} \ihead{\headmark} 

 \usepackage{blindtext}% für Fülltext
 \begin{document} 
 \blinddocument
 \blinddocument
 \end{document} 

\documentclass[DIV=10,
BCOR=10mm,
11pt,
a4paper,
headsepline,
bibliography=totoc]{scrartcl}
%-------------------------------------------------------------
%Allgemein
\usepackage[automark]{scrpage2}
\usepackage{microtype}
\usepackage{setspace}
\usepackage{ifthen}
\usepackage{placeins}
\setlength{\headheight}{1.3\baselineskip}
%-------------------------------------------------------------
%Allgemein für englische Schrift
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[english]{babel}
\usepackage{icomma, xspace}
\usepackage{lmodern}
\usepackage[babel]{csquotes}
\usepackage{textgreek}
%-------------------------------------------------------------
%Farben
\usepackage[usenames,dvipsnames,svgnames,table]{xcolor}
\usepackage{sectsty}
\sectionfont{\color{MidnightBlue}}
\subsectionfont{\color{NavyBlue}}
\subsubsectionfont{\color{RoyalBlue}}
%-------------------------------------------------------------
%Pfeile und Matematik
\usepackage{extarrows}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{amsfonts}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{textcomp}
%-------------------------------------------------------------
%Bilder
\usepackage{graphicx}
\graphicspath{{./Bilder/}}
\usepackage{subfigure}
\usepackage{pdfpages}
%-------------------------------------------------------------
%Tabellen
\usepackage{longtable}
%-------------------------------------------------------------
%Abkürzungsverzeichnis
\usepackage{acronym}
%-------------------------------------------------------------
%Eigene Befehle sind in einer extra Datei aufgeführt
\input{Befehle.tex}
%-------------------------------------------------------------
% Vermeiden unschöner Absatzumbrüche bei Seitenwechseln (Hurenkinder, Schusterjungen)
\widowpenalty10000
\clubpenalty10000
%-------------------------------------------------------------
% Zeilenabstand
\linespread{1}
%-------------------------------------------------------------
% Formatierung der Bildunterschriften
\renewcommand*{\captionformat}{:\ }
\renewcommand{\figureformat}{Fig.~\thefigure}
\setcapindent*{0cm}



\begin{document}
% Seitenstil mit lebenden Überschriften
\automark[subsection]{section}
\pagestyle{scrheadings} 
\clearscrheadfoot \ohead{\pagemark} \ihead{\headmark}

% Modifikationen der Standardschriften der KOMA-Dokumentenklassen
\addtokomafont{sectioning}{\rmfamily\boldmath}
\addtokomafont{pageheadfoot}{\rmfamily\normalfont\color{MidnightBlue}}
\addtokomafont{caption}{\small\sffamily\itshape\raggedright}
\addtokomafont{captionlabel}{\small\sffamily\bfseries\itshape}

\setheadsepline{.4pt}[\color{orange}] 

\pagenumbering{Roman}

blabla

\pagenumbering{arabic}

blabla
\end{document}