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Mir ist zwar nicht klar, was das bringen soll, aber Du kannst natürlich den Anhang als eigenständiges A5-Dokument (mit kleinerer Schrift, beispielsweise 10pt) setzen und dann per [url=http://www.ctan.org/pkg/pdfpages]pdfpages[/url] in Deinem Hauptdokument laden und dabei jeweils zwei A5-Seiten auf eine A4 platzieren lassen.

Ich halte das aber trotzdem für keine gute Idee. Wenn der Anhang lang ist, dann ist er eben lang.

Dein Beispiel taugt übrigens nichts. Lies Dir gelegentlich (also vor weiteren Fragen!) mal die [url=http://texwelt.de/wissen/fragen/569/was-ist-ein-vollstandiges-minimalbeispiel-oder-kurz-vm-und-wie-erstelle-ich-dieses]Anleitung zur Erstellung nicht nur aber auch für Anfänger[/url] durch.

\documentclass[fontsize=12pt,paper=a4,pagesize,DIV=calc]{scrartcl}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{blindtext}
\begin{document}
\blindtext[10]
\newpage
\KOMAoption{paper}{a5}
\typearea{calc}
\appendix
\section{Anhang}
\blindtext[10]
\end{document}

Du musst nur die Option für die Seitengröße neu setzen:
[code]\documentclass[fontsize=12pt,paper=a4,pagesize,DIV=calc]{scrartcl}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{blindtext}
\begin{document}
\blindtext[10]
\newpage
\KOMAoption{paper}{a5}
\typearea{calc}
\appendix
\section{Anhang}
\blindtext[10]
\end{document}[/code]
Vielleicht solltest du aber einfach ein zweispaltiges Layout benutzen oder die Schriftgröße verkleinern?

Außerdem merk dir bitte für die Zukunft, dass ein Minimalbeispiel kompilierbar sein muss für uns, also keine includes und inputs enthalten kann.

\documentclass[fontsize=12pt,a4paper,]{scrreprt}
\begin{document}
\input{Titelblatt} 
\pagenumbering{Roman}
\setcounter{page}{0}
\tableofcontents            
\newpage
\pagenumbering{arabic}
\setcounter{page}{1}

\input{Kapitel1}
\input{Kapitel2}
\input{Kapitel3}
\input{Kapitel4}
\input{Anhang}
\input{Abkurzungsverzeichnis}
\input{Erklarung}

\end{document}

Hallo,
die Arbeit, die ich bald abgeben muss hat unglücklicher Weise einen extrem langen Anhang. Ist es irgendwiemöglich nur das Kapitel "Anhang" in A5 zu formatieren, so dass zwei Seiten auf einer im Querformat nebeneinander sind?[code]
\documentclass[fontsize=12pt,a4paper,]{scrreprt}
\begin{document}
\input{Titelblatt}
\pagenumbering{Roman}
\setcounter{page}{0}
\tableofcontents
\newpage
\pagenumbering{arabic}
\setcounter{page}{1}

\input{Kapitel1}
\input{Kapitel2}
\input{Kapitel3}
\input{Kapitel4}
\input{Anhang}
\input{Abkurzungsverzeichnis}
\input{Erklarung}

\end{document}[/code]