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[quote="KOMA"]Kontrollier mal, ob Du die aktuelle Version von KOMA-Script und babel verwendest. Bei mir ändert sich in Deinem Beispiel nämlich nichts, wenn ich die zweite Variante statt der ersten verwende.[/quote]
Ah, danke für den Hinweis.
Ich hatte mein Tex via den Paketmanager von Ubuntu jaunty installiert - auf deinen Hinweis hin habe ich nun mal nachgelesen, und die von Ubuntu verteilten Tex-Pakete scheinen tatsächlich hinterher zu hinken.
(Mein jaunty ist übrigens aktuell - letztes Update letzte Woche!)

Beim nächsten Systemupgrade (nach der Doktorarbeit ;)) werde ich das berücksichtigen.

Kontrollier mal, ob Du die aktuelle Version von KOMA-Script und babel verwendest. Bei mir ändert sich in Deinem Beispiel nämlich nichts, wenn ich die zweite Variante statt der ersten verwende.

In früheren Versionen war das Problem mal, dass babel \markboth umdefiniert, aber nicht beachtet, dass es ggf. auch \@mkboth noch zu korrigieren hat. Seit einiger Zeit sollte dieses Problem allerdings der Vergangenheit angehören.

\documentclass[twoside]{scrreprt}  
\usepackage{scrpage2}

% babel vor dem setzen von pagestyle laden
\usepackage[german,english]{babel}  

\pagestyle{scrheadings} % start headings
\automark[section]{chapter} % kopfzeilen mit kapitel auf der linken seite und abschnitt auf der rechten seite
\clearscrheadfoot
\ohead{\headmark}
\ofoot[\pagemark]{\pagemark}

%\usepackage[german,english]{babel}
% wenn babel nach setzen von pagestyle geladen wird 
% werden die abschnitte in den Kopfzeilen nicht angezeigt, 
% die rechte seite hat dann einen leeren kopf

\begin{document}
\chapter{first chapter}
\null\clearpage
\section{first section}
\null\clearpage
\section{second section}
\null\clearpage
\chapter{second chapter}
\null\clearpage
\end{document}

Hiho,

nachdem ich eben einige Stunden mit der Frage zugebracht habe, warum in aller Welt meine Kopfzeilen nicht richtig angezeigt werden, hier die Lösung:
babel war schuld.
Anscheinend pfuscht babel an den Kopfzeilen rum - warum auch immer.
Abhilfe ist ganz leicht dadurch zu erreichen, dass man die Kopfzeilen erst nach Laden von babel konfiguriert.

[code]\documentclass[twoside]{scrreprt}
\usepackage{scrpage2}

% babel vor dem setzen von pagestyle laden
\usepackage[german,english]{babel}

\pagestyle{scrheadings} % start headings
\automark[section]{chapter} % kopfzeilen mit kapitel auf der linken seite und abschnitt auf der rechten seite
\clearscrheadfoot
\ohead{\headmark}
\ofoot[\pagemark]{\pagemark}

%\usepackage[german,english]{babel}
% wenn babel nach setzen von pagestyle geladen wird
% werden die abschnitte in den Kopfzeilen nicht angezeigt,
% die rechte seite hat dann einen leeren kopf

\begin{document}
\chapter{first chapter}
\null\clearpage
\section{first section}
\null\clearpage
\section{second section}
\null\clearpage
\chapter{second chapter}
\null\clearpage
\end{document}
[/code]

Vielleicht hilft das ja jemand anderem auch weiter.

Schöne Nacht noch allerseits,
Benedicta