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\documentclass[12pt, paper = a4]{scrbook}
\usepackage{hyperref}

\begin{document}

\appendix

\chapter{Formel}\label{A}

\begin{eqnarray}
1+1=2\label{Formel1}
\end{eqnarray}
siehe Formel~\ref{Formel1} in Anhang~\ref{A}

\begin{eqnarray}
2+2=4\label{Formel2}
\end{eqnarray}
siehe Formel~\ref{Formel2}

\section{Formel}\label{B}

\begin{eqnarray}
3+3=6\label{Formel3}
\end{eqnarray}
siehe Formel~\ref{Formel3} in Anhang~\ref{B}

\begin{eqnarray}
4+4=8\label{Formel4}
\end{eqnarray}
siehe Formel~\ref{Formel4}

\end{document}

\documentclass[12pt, paper = a4]{scrbook}
\usepackage{hyperref}

\begin{document}

\appendix

\chapter{Anhang}

\renewcommand*{\thesection}{\Alph{section}}
\renewcommand*{\theequation}{\Alph{section}.\arabic{equation}}

\section{Formel}\label{A}

\begin{eqnarray}
1+1=2
\end{eqnarray}\label{Formel1}
siehe Formel~\ref{Formel1} in Anhang~\ref{A}

\begin{eqnarray}
2+2=4
\end{eqnarray}\label{Formel2}
siehe Formel~\ref{Formel2}

\section{Formel}\label{B}

\begin{eqnarray}
3+3=6
\end{eqnarray}\label{Formel3}
siehe Formel~\ref{Formel3} in Anhang~\ref{B}

\begin{eqnarray}
4+4=8
\end{eqnarray}\label{Formel4}
siehe Formel~\ref{Formel4}

\end{document}