pdflatex ist das Programm, was aus deinem Code
\documentclass{scrartcl}
\begin{document}
\section{irgendwas}
Ganz viel Text
\end{document} lesbaren und formatierten Text macht. Dieses Programm rufst du meist über einen Editor oder die Kommandozeile auf.
biblatex ist ein Paket, welches dir bei der Formatierung hilft. Aber damit dein Literaturverzeichnis sortiert werden kann, benötigst du einen Bibliographieprozessor. Am besten für die Zusammenarbeit mit biblatex ist dafür
biber geeignet. Biber musst du also auch extra aufrufen, als Argument dabei deine Haupt-tex-datei. Oder Anders ausgedrückt. Du schreibst an deiner Masterarbeit, also willst du auch das Literaturverzeichnis für die Datei Masterarbeit.
Ist die Bibliographie sortiert, musst du wieder pdflatex "auf die Masterarbeit anwenden". In Verbindung mit anderen Verzeichnisses (Index, Glossar...) kann sich das noch erweitern.
Was brauchst du nun dafür?
Am wichtigsten ist natürlich eine aktuelle LaTeX-Distribution, das sind MikTeX2.9 oder TeX Live 2013. Beide bringen die Programme pdflatex und auch biber mit, vorsicht: Miktex64-bit kommt
ohne biber. Wichtig ist hier auch ein update, da die Versionen von biblatex und biber übereinstimmen müssen. Updates und Paketinstallationen machst du am besten über den Paketmanager der jeweilligen Distribution (Miktex package manager bzw. tex live manager/tlmgr).
Beide Distributionen bringen auch den Editor TexWorks mit. Wenn du gerade erst mit LaTeX anfängst, dann nimm erst mal diesen. Der ist sehr einfach und du kannst quasi nichts falsch machen.
pdflatex als auch biber protokollieren ihre Arbeit in so genannten log-files. Diese dienen dir zur Fehlerbehebung. Bei einem Umstieg vom alten BibTeX (beschäftige dich gleich mit biblatex und biber) auf biber werden nun die alten Protokolle von neuen "Sachbearbeiter" ausgewertet, dieser beschwert sich aber, dass etwas mit den alten Protokollen nicht stimmt. Du kannst nun einfach die Dateien löschen, die du
nicht selbst erstellt hast.
Vielleicht findest du im
Vortrag von Christian Degenkolb Information, welche dir für den Export mit Citavi hilfreich sind.