Spekulation: Download fehlender Pakete?
Hintergrund der Vermutung: Die on-the-fly-Installation von fehlenden Paketen erfolgt bei MiKTeX innerhalb des jeweiligen Benutzerkontos. Ein neuer Benutzer muss daher bei Verwendung einer minimalen MiKTeX-Installation viele Pakete erneut installieren. Das geschieht üblicherweise automatisch, wenn MiKTeX erkennt, dass ein für das aktuelle Dokument benötigtes Paket fehlt. Je nach Netzauslastung und Anzahl und Größe der fehlenden Pakete kann das auch deutlich länger als eine Minute dauern.
Beim nächsten Lauf für dasselbe Dokument müsste es dann normalerweise schneller gehen.
Ohne
Minimalbeispiel und log-Datei ist das aber eine reine Vermutung.
Bei Mehrbenutzerinstallationen kann es sich lohnen, dass man mit dem Admin-Paketmanager häufig benötigte (oder einfach alle) Pakete installiert. Diese stehen dann allen Benutzern zur Verfügung – sobald sie mit dem Benutzer-Paketmanager ihre private Version des entsprechenden Pakets gelöscht haben. Aufgrund dieser
Co-Existenz von Admin- und Benutzerpaketen sollte man bei MiKTeX Updates auch immer sowohl mit dem Admin-Updatemanager als auch mit dem normalen (Benutzer-)Updatemanager durchführen.