Vielen Dank für die bisherigen Antworten. Hier mein Minimalbeispiel in beiden Varianten.
Variante 1 - hier funktioniert eigentlich alles wie gewünscht (auch die Nummerierung im Inhaltverzeichnis!), aber die erste eingefügte Seite des pdf-Dokuments erscheint nicht unter der Überschrift "Anhang".
\documentclass[a4paper,11pt]{article}
\usepackage{setspace}
\onehalfspacing
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[ansinew]{inputenc}
\usepackage{lipsum}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{subscript} % erlaubt das Tiefstellen von Zeichen
\usepackage{setspace}
\setstretch{1,6}
\usepackage{textcomp}
\usepackage{xfrac}
\usepackage{amsmath, amssymb, amstext, amsfonts, mathrsfs}
\usepackage[hidelinks]{hyperref}
\usepackage{xcolor}
\usepackage[margin=1in,left=1.5in, includefoot]{geometry}
\usepackage{geometry}
\geometry{verbose,a4paper,tmargin=30mm,bmargin=30mm,lmargin=30mm,rmargin=30mm}
\usepackage{pdflscape}
\usepackage{pgfplots}
\usepackage{tikz}
\usepackage{newfloat}
\DeclareFloatingEnvironment[listname = {Diagrammverzeichnis},name = Diagramm,placement = htp]{scheme}
\usepackage{graphicx} % erlaubt, Grafiken zu importieren
\usepackage{float} % erlaubt den Textfluss um das Bild
\usepackage[margin=10pt,font=small,labelfont=bf,labelsep=endash]{caption}
\usepackage{caption}
\addto\captionsngerman{
\renewcommand{\figurename}{Abb.}
\renewcommand{\tablename}{Tabelle}}
\renewcommand{\captionfont}{\small\itshape}
\captionsetup{format=hang,justification=centering}%raggedright}
\usepackage{subfigure}
\usepackage{pdfpages}
\usepackage{mwe}
\usepackage{pdfpages}
\usepackage[printonlyused]{acronym}
%Literaturverzeichnis
\usepackage{bibgerm}
\usepackage[authoryear, sort&compress, square]{natbib}
\usepackage{fancyhdr}
\pagestyle{fancy}
\fancyhead{}
\fancyfoot{}
\fancyfoot[R]{\thepage\ }
\renewcommand{\headrulewidth}{0.3pt}
\renewcommand{\footrulewidth}{0.5pt}
\begin{document}
\begin{titlepage}
\begin{center}
\line(1,0){400}\\
[2mm]
\huge{\bfseries Thema}\\
[2mm]
\line(81,0){400}\\
[1.5cm]
\textsc{\LARGE Titel}\\
[0.75cm]
\textsc{\Large Untertitel}\\
[6cm]
\end{center}
\begin{flushright}
September 19, 2016\\
\end{flushright}
\end{titlepage}
\cleardoublepage
% Inhaltsverzeichnis
\pagenumbering{gobble}
\begin{tableofcontents}
%\tableofcontents
%\thispagestyle{empty}
\end{tableofcontents}
\cleardoublepage
\pagenumbering{roman}
% Abkürzungsverzeichnis
\renewcommand
\refname{Abkürzungsverzeichnis}
\section*{Abkürzungsverzeichnis}
\begin{acronym}[ABCDEFG]
\setlength{\itemsep}{-0,05\parsep}
\addcontentsline{toc}{section}{\numberline{}Abkürzungsverzeichnis}
\end{acronym}
\cleardoublepage
\listoffigures
\addcontentsline{toc}{section}{\numberline{}Abbildungsverzeichnis}
\cleardoublepage
\listoftables
\addcontentsline{toc}{section}{\numberline{}Tabellenverzeichnis}
\cleardoublepage
\pagenumbering{arabic}
\section{Einleitung}
\lipsum[1]
\subsection{Testabschnitt}
\lipsum[1]
\cleardoublepage
\section{Diskussion}
\lipsum[1]
\subsection{Test}
\lipsum[1]
\cleardoublepage
\cleardoublepage
% Anhang
\section{Anhang}
\includepdf[pages={1-2}, frame=true, addtotoc={1, subsection, 2, Beispielpdf, sect:Beispielpdf}, scale={.70}, pagecommand={\thispagestyle{fancy}}]{Beispielpdf.pdf}
\cleardoublepage
%Danksagung
\section{Danksagung}
\lipsum[1]
\newpage
\thispagestyle{empty}
\section*{Erklärung}
\lipsum[1]
\end{document}
Variante 2 - Hier der Vorschlag mittels \appendix. Die sich damit ergebenden Probleme sind folgende: die Überschrift 'Anhang' und die erste pdf-Seite sind jetzt auf einer gemeinsamen Seite, jedoch liegt die Überschrift weiter unten und damit im pdf-Bild. Der Anhang wird mit Buchstaben nummeriert (auch die zweite pdf-Seite - Anhang B???) und das Inhaltsverzeichnis kommt durcheinander (der Titel des eingebundenen pdf-Dokuments erscheint im Abschnitt vorher "Diskussion" und nicht unter "Anhang").
\documentclass[a4paper,11pt]{article}
\usepackage{setspace}
\onehalfspacing
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[ansinew]{inputenc}
\usepackage{lipsum}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{subscript} % erlaubt das Tiefstellen von Zeichen
\usepackage{setspace}
\setstretch{1,6}
\usepackage{textcomp}
\usepackage{xfrac}
\usepackage{amsmath, amssymb, amstext, amsfonts, mathrsfs}
\usepackage[hidelinks]{hyperref}
\usepackage{xcolor}
\usepackage[margin=1in,left=1.5in, includefoot]{geometry}
\usepackage{geometry}
\geometry{verbose,a4paper,tmargin=30mm,bmargin=30mm,lmargin=30mm,rmargin=30mm}
\usepackage{pdflscape}
\usepackage{pgfplots}
\usepackage{tikz}
\usepackage{newfloat}
\DeclareFloatingEnvironment[listname = {Diagrammverzeichnis},name = Diagramm,placement = htp]{scheme}
\usepackage{graphicx} % erlaubt, Grafiken zu importieren
\usepackage{float} % erlaubt den Textfluss um das Bild
\usepackage[margin=10pt,font=small,labelfont=bf,labelsep=endash]{caption}
\usepackage{caption}
\addto\captionsngerman{
\renewcommand{\figurename}{Abb.}
\renewcommand{\tablename}{Tabelle}}
\renewcommand{\captionfont}{\small\itshape}
\captionsetup{format=hang,justification=centering}%raggedright}
\usepackage{subfigure}
\usepackage{pdfpages}
\usepackage{mwe}
\usepackage{pdfpages}
\usepackage[printonlyused]{acronym}
%Literaturverzeichnis
\usepackage{bibgerm}
\usepackage[authoryear, sort&compress, square]{natbib}
\usepackage{fancyhdr}
\pagestyle{fancy}
\fancyhead{}
\fancyfoot{}
\fancyfoot[R]{\thepage\ }
\renewcommand{\headrulewidth}{0.3pt}
\renewcommand{\footrulewidth}{0.5pt}
\begin{document}
\begin{titlepage}
\begin{center}
\line(1,0){400}\\
[2mm]
\huge{\bfseries Thema}\\
[2mm]
\line(81,0){400}\\
[1.5cm]
\textsc{\LARGE Titel}\\
[0.75cm]
\textsc{\Large Untertitel}\\
[6cm]
\end{center}
\begin{flushright}
September 19, 2016\\
\end{flushright}
\end{titlepage}
\cleardoublepage
% Inhaltsverzeichnis
\pagenumbering{gobble}
\begin{tableofcontents}
%\tableofcontents
%\thispagestyle{empty}
\end{tableofcontents}
\cleardoublepage
\pagenumbering{roman}
% Abkürzungsverzeichnis
\renewcommand
\refname{Abkürzungsverzeichnis}
\section*{Abkürzungsverzeichnis}
\begin{acronym}[ABCDEFG]
\setlength{\itemsep}{-0,05\parsep}
\addcontentsline{toc}{section}{\numberline{}Abkürzungsverzeichnis}
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\cleardoublepage
\listoffigures
\addcontentsline{toc}{section}{\numberline{}Abbildungsverzeichnis}
\cleardoublepage
\listoftables
\addcontentsline{toc}{section}{\numberline{}Tabellenverzeichnis}
\cleardoublepage
\pagenumbering{arabic}
\section{Einleitung}
\lipsum[1]
\subsection{Testabschnitt}
\lipsum[1]
\cleardoublepage
\section{Diskussion}
\lipsum[1]
\subsection{Test}
\lipsum[1]
\cleardoublepage
\cleardoublepage
% Anhang
\appendix
\includepdf[pages={1-2}, frame=true, addtotoc={1, subsection, 2, Beispielpdf, sect:Beispielpdf}, scale={.70}, pagecommand=\section{Anhang}{\thispagestyle{fancy}}]{Beispielpdf.pdf}
\cleardoublepage
%Danksagung
\section{Danksagung}
\lipsum[1]
\newpage
\thispagestyle{empty}
\section*{Erklärung}
\lipsum[1]
\end{document}
Das Beispieldokument zum Einbinden lade ich mit hoch.
Vielen Dank für eure Hilfe!!![/code]
