mir ist klar, dass dies etwas wenig Infos waren aber mein Dokument basiert auf eine relativ umfangreichen Vorlage und ich wollte es nicht zu unübersichtlich machen. Meine Frage war auch viel eher ob die das Paket richtig anwende.
% Meta-Informationen -------------------------------------------------------
\input{Meta}
% Dokumentenkopf -----------------------------------------------------------
% Diese Vorlage basiert auf "scrreprt" aus dem koma-script.
% Die Option draft sollte beim fertigen Dokument ausgeschaltet werden.
% --------------------------------------------------------------------------
\documentclass[
12pt, % Schriftgröße
DIV10,
%german, % für Umlaute, Silbentrennung etc.
%a4paper, % Papierformat
oneside, % einseitiges Dokument
titlepage, % es wird eine Titelseite verwendet
% halfparskip, % Abstand zwischen Absätzen (halbe Zeile)
normalheadings, % Größe der Überschriften verkleinern
liststotoc, % Verzeichnisse im Inhaltsverzeichnis aufführen
bibtotoc, % Literaturverzeichnis im Inhaltsverzeichnis aufführen
% idxtotoc, % Index im Inhaltsverzeichnis aufführen
final % Status des Dokuments (final/draft)
]{scrreprt}
% Benötigte Packages -------------------------------------------------------
% Anpassung des Seitenlayouts ----------------------------------------------
% siehe Seitenstil.tex
% --------------------------------------------------------------------------
\usepackage[
automark, % Kapitelangaben in Kopfzeile automatisch erstellen
headsepline, % Trennlinie unter Kopfzeile
ilines % Trennlinie linksbndig ausrichten
]{scrpage2}
% Anpassung an Landessprache -----------------------------------------------
% Verwendet globale Option german siehe \documentclass
% --------------------------------------------------------------------------
\usepackage[ngerman]{babel}
% Zeicenkodierung ------------------------------------------------------------------
% Umlaute/Sonderzeichen wie direkt im Quelltext verwenden (CodePage).
% Erlaubt automatische Trennung von Worten mit Umlauten.
% --------------------------------------------------------------------------
%\usepackage[babel,german=quotes]{csquotes}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{lmodern}
%\usepackage{textcomp} % Euro-Zeichen etc.
% Grafiken und Bilder ---------------------------------------------------------
% Einbinden von Grafiken [draft oder final]
% Option [draft] bindet Bilder nicht ein - auch globale Option
% --------------------------------------------------------------------------
\usepackage[dvips]{graphicx}
\usepackage{subfig}
\graphicspath{{Bilder/}} % Dort liegen die Bilder des Dokuments
\usepackage{wrapfig} % Zum Umfließen von Bildern
%\usepackage{floatflt} % Zum Umfließen von Bildern
\usepackage[dvips]{rotating} % Um Sachen zu drehen
% Befehle aus AMSTeX für mathematische Symbole z.B. \boldsymbol \mathbb ----
\usepackage{amsmath,amsfonts}
% Für Index-Ausgabe; \printindex -------------------------------------------
\usepackage{makeidx}
% Symbolverzeichnis --------------------------------------------------------
% Symbolverzeichnisse bequem erstellen, beruht auf MakeIndex.
% makeindex.exe %Name%.nlo -s nomencl.ist -o %Name%.nls
% erzeugt dann das Verzeichnis. Dieser Befehl kann z.B. im TeXnicCenter
% als Postprozessor eingetragen werden, damit er nicht stndig manuell
% ausgefhrt werden muss.
% Die Definitionen sind ausgegliedert in die Datei Abkuerzungen.tex.
% --------------------------------------------------------------------------
\usepackage[intoc]{nomencl}
\let\abk\nomenclature
\renewcommand{\nomname}{Abkürzungsverzeichnis}
\setlength{\nomlabelwidth}{.25\hsize}
\renewcommand{\nomlabel}[1]{#1 \dotfill}
\setlength{\nomitemsep}{-\parsep}
% Lange URLs umbrechen etc. -------------------------------------------------
\usepackage{url}
% Wichtig für korrekte Zitierweise ------------------------------------------
\usepackage[numbers,square]{natbib}
% Quellenangaben in eckige Klammern fassen ----------------------------------
\bibpunct{[}{]}{;}{a}{}{,~}
% PDF-Optionen --------------------------------------------------------------
%\usepackage{pdfpages} % Zum einbinden von PDFs \includepdf[pages={1,3-5}]{Dateiname}
\usepackage[
bookmarks,
bookmarksopen=true,
pdftitle={\titel},
pdfauthor={\autor},
pdfcreator={\autor},
pdfsubject={\titel},
pdfkeywords={\titel},
colorlinks=true,
linkcolor=black, % einfache interne Verknpfungen
anchorcolor=black,% Ankertext
citecolor=black, % Verweise auf Literaturverzeichniseintrge im Text
filecolor=blue, % Verknpfungen, die lokale Dateien öffnen
menucolor=red, % Acrobat-Menpunkte
urlcolor=cyan,
%für die Druckversion können die Farben ausgeschaltet werden:
%linkcolor=black, % einfache interne Verknpfungen
%anchorcolor=black,% Ankertext
%citecolor=black, % Verweise auf Literaturverzeichniseintrge im Text
%filecolor=black, % Verknpfungen, die lokale Dateien ffnen
%menucolor=black, % Acrobat-Menpunkte
%urlcolor=black,
backref,
%pagebackref,
plainpages=false,% zur korrekten Erstellung der Bookmarks
pdfpagelabels,% zur korrekten Erstellung der Bookmarks
hypertexnames=false,% zur korrekten Erstellung der Bookmarks
linktocpage % Seitenzahlen anstatt Text im Inhaltsverzeichnis verlinken
]{hyperref}
% Zum fortlaufenden Durchnummerieren der Fußnoten ---------------------------
\usepackage{chngcntr}
% für Tabellen
%\usepackage{longtable}
\usepackage{array}
\usepackage{colortbl} % für farbige Tabellen
%\usepackage{ragged2e}
%\usepackage{lscape}
\newcolumntype{R}[1]{%
>{\begin{turn}{90}\begin{minipage}{#1}%
\scriptsize\raggedright\hspace{2pt}}l%
<{\end{minipage}\end{turn}}%
}
% Spaltendefinition rechtsbündig mit definierter Breite ---------------------
\newcolumntype{w}[1]{>{\raggedleft\hspace{0pt}}p{#1}}
% Formatierung von Listen ändern
\usepackage{paralist}
% Standardeinstellungen:
% \setdefaultleftmargin{2.5em}{2.2em}{1.87em}{1.7em}{1em}{1em}
% Einfache Definition der Zeilenabstände und Seitenränder etc. -------------
\usepackage{setspace}
%\onehalfspacing % Zeilenabstand 1,5
% Seitenränder -------------------------------------------------------------
%\usepackage[lmargin=40mm,rmargin=20mm,tmargin=20mm,bmargin=20mm]{geometry}
\usepackage{geometry}
\geometry{a4paper,left=40mm,right=20mm,top=20mm,bottom=25mm}
% Abstand vor und nach Überschrift -------------------------------------------
\renewcommand*{\chaptermarkformat}{}
\renewcommand*{\chapterheadstartvskip}{\vspace*{-2\baselineskip}}
\renewcommand*{\chapterheadendvskip}{\vspace*{0.5\baselineskip}}
% Kopf- und Fußzeilen ------------------------------------------------------
\pagestyle{scrheadings}
\clearscrheadfoot
% Kopf- und Fuzeile auch auf Kapitelanfangsseiten -------------------------
\renewcommand*{\chapterpagestyle}{scrheadings}
% Schriftform der Kopfzeile ------------------------------------------------
\renewcommand{\headfont}{\normalfont}
% Kopfzeile ----------------------------------------------------------------
\ihead{\normalsize{\textsc{\untertitel}}\\[1.2ex] \textit{\headmark}}
\chead{}
%\ohead{\includegraphics[scale=0.4]{FHWTLogoKlein.jpg}}
\setlength{\headheight}{15mm} % Höhe der Kopfzeile
%\setlength{\headsep}{5mm}
\setheadwidth[0pt]{textwithmarginpar} % Kopfzeile über den Text hinaus verbreitern
\setheadsepline[text]{0.4pt} % Trennlinie unter Kopfzeile
% Fuzeile -----------------------------------------------------------------
\setlength{\footskip}{5mm}
\ifoot{\small{\autor}}
\cfoot{}
\ofoot{\small{\pagemark}}
% erzeugt ein wenig mehr Platz hinter einem Punkt --------------------------
\frenchspacing
% Schusterjungen und Hurenkinder vermeiden
\clubpenalty = 10000
\widowpenalty = 10000
\displaywidowpenalty = 10000
% Quellcode-Ausgabe formatieren --------------------------------------------
%\lstset{numbers=left, numberstyle=\tiny, numbersep=5pt, breaklines=true}
%\lstset{emph={square}, emphstyle=\color{red}, emph={[2]root,base}, emphstyle={[2]\color{blue}}}
% Funoten fortlaufend durchnummerieren ------------------------------------
\counterwithout{footnote}{chapter}
% Eigene Definitionen für Silbentrennung
\include{Silbentrennung}
%-------------------------------------------------------------------------------------
% Erstellung eines Index und Abkürzungsverzeichnisses aktivieren
\makeindex
\makenomenclature
% --------------------------------------------------------------------------
\begin{document}
\setcounter{secnumdepth}{3} % Tiefe der Numerierung bei Überschirften (0 = Kapitel)
\setcounter{tocdepth}{2} % Teifer der Numerierung im Inhaltsverzeichnis (0 = Kapitel)
% keine Kopf-/Fußzeilen bei Deckblatt und Abstract
%\ofoot{}
\include{Inhalt/001_Deckblatt}
% Seitennummerierung -------------------------------------------------------
% Vor dem Hauptteil werden die Seiten in großen römischen Ziffern nummeriert...
% --------------------------------------------------------------------------
\pagenumbering{Roman}
\ofoot{\pagemark}
\include{Inhalt/002_Erklaerung} % Selbständigkeitserklärung
%\include{Inhalt/002_Ueberblick}
\singlespacing
\tableofcontents % Inhaltsverzeichnis
% Abkürzungsverzeichnis ----------------------------------------------------
%\input{Inhalt/Glossar}
\printnomenclature
\listoffigures % Abbildungsverzeichnis
\listoftables % Tabellenverzeichnis
%\renewcommand{\lstlistlistingname}{Verzeichnis der Listings}
%\lstlistoflistings % Listings-Verzeichnis
% ...danach in normalen arabischen Ziffern ---------------------------------
\clearpage
\pagenumbering{arabic}
% Inhalt -------------------------------------------------------------------
\begin{onehalfspacing}
\include{Inhalt/003_Abstract}
\include{Inhalt/004_Einleitung}
\include{Inhalt/010_Grundlagen}
[...]
\end{onehalfspacing}
% Literaturverzeichnis -----------------------------------------------------
% Das Literaturverzeichnis wird aus der Datenbank Bibliographie.bib
% erstellt. Die genaue Verwendung von bibtex wird hier jedoch nicht erklärt.
% Link: http://de.wikipedia.org/wiki/BibTeX
% --------------------------------------------------------------------------
\bibliography{Bib/Bibliographie}
\bibliographystyle{Bib/natdin} % DIN-Stil des Literaturverzeichnisses
% Anhang -------------------------------------------------------------------
% Die Inhalte des Anhangs werden analog zu den Kapiteln inkludiert.
% Dies geschieht in der Datei Anhang.tex
% --------------------------------------------------------------------------
\begin{appendix}
\clearpage
\pagenumbering{roman}
%\input{Inhalt/010_Quellcode}
\end{appendix}
% Index --------------------------------------------------------------------
% Zum Erstellen eines Index, die folgende Zeile auskommentieren.
% --------------------------------------------------------------------------
%\printindex % Index hier einfügen
\end{document}