Die
Font-Warnung (eine Fehlermeldung sieht anders aus) müsst eigentlich
LaTeX Font Warning: Font shape `T1/cmss/b/n' undefined
(Font) using `T1/cmss/m/n' instead on input line 12.
lauten. Wenn das bei Dir nicht der Fall ist, wird aus unterfindlichen Gründen kein T1 verwendet. Das ist dann ein Fehler, dem Du nachgehen solltest!
Ich beziehe mich im weiteren auf die von mir angegebene Warnung:
Das Problem ist, dass im Paket charter \bfdefault auf »b« umdefiniert wird. Normalerweise ist \bfdefault »bx«. Die Kapitelüberschrift wird in der Voreinstellung von KOMA-Script mit \sffamily\bfseries gesetzt, was bei T1-Encoding normalerweise zum Laden der Schrift T1/cmss/bx/n führt. Wegen des geänderten \bfdefault wird bei Verwendung von chapter nun T1/cmss/b/n angefordert. In t1cmss.fd ist diese Schrift nicht definiert und auch nicht T1/cmss/bx/n als Ersatz angegeben. Also wird der Default-Ersatz T1/cmss/m/n verwendet.
Du hast nun verschiedene Möglichkeiten. Zum einen kannst Du statt von EC von LM ausgehen, weil LM eine passende Definition in t1lmss.fd hat, also
unmittelbar nach dem Laden von fontenc und vor dem Laden von charter einfügen.
Du kannst eine serifenlose verwenden, die zu Charter als Schrift passt und ggf. auch eine b-Serie hat.
Du kannst KOMA-Script sagen, dass es die statt der b-Serie, die bx-Serie in Überschriften verwenden soll:
\setkomafont{disposition}{\normalcolor\fontseries{bx}\sffamily}
Du kannst KOMA-Script sagen, dass es für die Überschriften ebenfalls Charter nehmen soll, beispielsweise:
\setkomafont{disposition}{\normalcolor\bfseries}
Du kannst die Font-Warnung ignorieren und mit dem Ergebnis leben, das Du bekommst.
Charter ist übrigens nicht generell für Bücher besser. LM ist eine Schrift, die für hohe Auflösungen konzipiert wurde. Sie ist damit für gedruckte Bücher eigentlich sehr gut geeignet. Darüber hinaus hat sie den Vorteil, eine ganze Schriftfamilie bereit zu stellen. Man hat also automatische einen zusammen passenden Satz von \rmdefault, \sfdefault und \ttdefault jeweils mit unterschiedlichen Schnitten (Schriftattributen). LM ist außerdem für viele Sprachen sehr gut ausgebaut.
Charter ist dagegen so konzipiert, dass sie auch mit geringer Auflösung oder schlechtem Papier noch lesbar bleibt. Frei verfügbar sind nur wenige Schnitte in der \rmfamily. Eine passende \sffamily und ggf. \ttfamily muss man selbst suchen.
Die beiden Schriften haben auch einen unterschiedlichen Charakter. Näheres zur Wahl einer guten Schrift ist der einschlägigen, typografischen Literatur zu entnehmen. Preiswert und teilweise in Antiquariaten sind beispielsweise die Büchlein »Wegweise Schrift« und »Schriften erkennen« (u. a. von Hans Peter Willberg) zu bekommen.