Unterverzeichnisse sind für ein
Minimalbeispiel eher unpraktisch. Außerdem habe ich
mcode nicht und es ist auch nicht auf CTAN. Folgendes funktioniert bei mir und im Online-Editor einwandfrei:
\begin{filecontents}{01_Einleitung.tex}
\chapter{Einleitung}
text text text
\end{filecontents}
\documentclass[11pt,paper=a4,oneside]{scrbook}
\usepackage[utf8]{inputenc}% utf8x nur verwenden, wenn es nicht anders geht!
\usepackage[ngerman]{babel}% veraltete Rechtschreibung durch aktuelle ersetzt!
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{amsmath}% Wird das für das Problem wirklich benötigt?
\usepackage{amsfonts}% Wird das für das Problem wirklich benötigt?
\usepackage{amssymb}% Wird das für das Problem wirklich benötigt?
\usepackage{makeidx}% Wird das für das Problem wirklich benötigt?
\usepackage{graphicx}% Wird das für das Problem wirklich benötigt?
\usepackage{enumitem}% Wird das für das Problem wirklich benötigt?
%\usepackage[]{mcode}% Habe ich nicht, ist auch nicht auf CTAN.
\usepackage[left=3cm,right=2cm,top=2.5cm,bottom=2cm]{geometry}% Wird das für das Problem wirklich benötigt?
\begin{document}
\tableofcontents
\include{01_Einleitung}
\end{document}
Und wenn ich 01_Einleitung.tex in ein Unterverzeichnis 06_chapter verschiebe und die \include-Zeile (unter Beachtung der Groß-/Kleinschreibung) wieder in
\include{06_chapter/01_Einleitung}
ändere, funktioniert es auch.
Damit ist das Problem für mich leider nicht reproduzierbar. Minimiere die Präambel weiter und verwende für neuerliche Tests unbedingt immer eine Kopie in der alle Hilfsdateien (auch in eventuell verwendeten Unterverzeichnissen) gelöscht sind.
Mir scheint außerdem, dass das ganze von einer dieser unsäglichen
Vorlagen stammt. Ein Anfänger kommt jedenfalls selten auf die Idee, von Anfang an das wenig günstige utf8x und Unterverzeichnisse zu verwenden.
Achja: Wenn du kein \includeonly verwendest und das auch nicht vorhast, dann solltest du im Code oben mal auf \include klicken und so erfahren, wodurch du das versuchsweise ersetzen kannst.