Manchmal mehrzeilige Kopfzeilen bringen das Problem, dass die Kopfzeile eigentlich immer den Platz einer mehrzeiligen Kopfzeile belegen muss, diese aber eben nur manchmal wirklich mehrzeilig ist. Empfehlenswert ist das also nicht. Stattdessen wäre es ggf. sinnvoller den Kapiteltitel für die Kopfzeile (und das Inhaltsverzeichnis) zu kürzen. Siehe dazu das optionale Argument von \chapter in der Anleitung zur verwendeten Klasse.
Falls Du eine KOMA-Script-Klasse verwendest, bekommst Du übrigens derzeit mit dem experimentellen Paket
screxperimental die volle Kontrolle über Kolumnentitel und Inhaltsverzeichniseintrag von Gliederungsüberschriften. Außerdem würde ich dann aber scrpage2 statt fancyhdr empfehlen.
Wenn Du unbedingt mehrzeilig im Kopf arbeiten willst, solltest Du eine \parbox der gewünschten Breite und Ausrichtung in der Kopfdefinition verwenden. Näheres zur Anweisung \parbox ist in jeder besseren LaTeX-Einführung und im usrguide (dieser ist Bestandteil jeder vollständigen LaTeX-Distribution) zu finden. Siehe auch die erste und die zweite Zeile meiner Signatur.
