Versuche es mit \clearpage statt \newpage. Bei ersterem werden die verbleibenden Gleitumgebungen ausgegeben.
Für das Rücksetzen des Zählers gibt es:
\setcounter{figure}{0}
Die Nummerierung kann man anpassen mit:
\makeatletter
\renewcommand{\thefigure}{A.\@arabic\c@figure}
\makeatother
\documentclass[12pt, a4paper, headsepline, footsepline, oneside, listof=totoc, %aktuell
numbers=noenddot, %aktuell
parskip=half]{scrartcl}
%\usepackage{booktabs}
\usepackage{array}
%\usepackage{mcode}
\usepackage{listings}
\usepackage{blindtext}
\usepackage{subfigure}
%\usepackage{color}
\usepackage{multirow}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{lmodern}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{empheq}
%\usepackage[singlelinecheck = false]{caption}
\usepackage{graphicx}
\usepackage[left=3.5cm, right=2cm, top=2cm, bottom=2cm]{geometry}
\pagestyle{headings}
\setcounter{secnumdepth}{4}
\setcounter{tocdepth}{4}
\usepackage{caption, booktabs}
\begin{document}
\blinddocument
\begin{figure}
\includegraphics[scale=0.6]{example-image}
\caption{Bildunterschrift Hauptteil}
\end{figure}
\clearpage
\begin{appendix}
\setcounter{figure}{0}
\makeatletter
\renewcommand{\thefigure}{A.\@arabic\c@figure}
\makeatother
\section{Streckensprungantworten}
\subsection{Servomotor}
\begin{figure}[ht]
\includegraphics[scale=0.6]{example-image}
\caption{Stellsprung von 1,7 V auf 2 V}
\end{figure}
\begin{figure}[ht]
\includegraphics[scale=0.6]{example-image}
\caption{Stellsprung von 2 V auf 3 V}
\end{figure}
\end{appendix}
\clearpage
\listoffigures % Abbildungsverzeichnis
\newpage
\listoftables % Tabellenverzeichnis
\end{document}
Alternativ geht natürlich der Wechsel zu scrreprt, hier werden Bildunterschriften automatisch mit Kapitelbezug angegeben (Abb. 1.1 bis Abb A.x: etc.). Der Anhang wird dann per \appendix eröffnet.
\documentclass[12pt, a4paper, headsepline, footsepline, oneside, listof=totoc, numbers=noenddot, parskip=half]{scrreprt}
%\usepackage{booktabs}
\usepackage{array}
%\usepackage{mcode}
\usepackage{listings}
\usepackage{blindtext}
\usepackage{subfigure}
%\usepackage{color}
\usepackage{multirow}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{lmodern}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{empheq}
%\usepackage[singlelinecheck = false]{caption}
\usepackage{graphicx}
\usepackage[left=3.5cm, right=2cm, top=2cm, bottom=2cm]{geometry}
\pagestyle{headings}
\setcounter{secnumdepth}{4}
\setcounter{tocdepth}{4}
\usepackage{caption, booktabs}
\begin{document}
\blinddocument
\begin{figure}
\includegraphics[scale=0.6]{example-image}
\caption{Bildunterschrift Hauptteil}
\end{figure}
\appendix
\chapter{Streckensprungantworten}
\section{Servomotor}
\begin{figure}[ht]
\includegraphics[scale=0.6]{example-image}
\caption{Stellsprung von 1,7 V auf 2 V}
\end{figure}
\begin{figure}[ht]
\includegraphics[scale=0.6]{example-image}
\caption{Stellsprung von 2 V auf 3 V}
\end{figure}
\listoffigures % Abbildungsverzeichnis
\listoftables % Tabellenverzeichnis
\end{document}
Auch die \clearpage können entfallen, da Kapitel sowieso auf einer neuen Seite beginne.
Wäre Microsoft Word für das Schreiben von Büchern entwickelt worden,
würde es Microsoft Book heißen.
Unkomplizierte und schnelle LaTeX-Hilfe, bspw. Erstellung von
Vorlagen und Bewerbungen.
