1) Sieh Dir mal Seite 3 der [d]geometry[/d]-Anleitung an. Du kannst Kopf- und Fußzeile entweder zum Text zählen, sodass die beiden erst nach dem verlangten Rand auftreten dürfen, oder Du kannst sie zum Rand dazu zählen, sodass sie in den Rand hineinragen dürfen.
Das hat nichts mit zitieren und Quellen zu tun. Und den Unterschied, den Du dort machst begreife ich auch nicht. Die Fußnoten haben mit der Fußzeile übrigens nichts zu tun, letztere beherbergt die Seitenzahlen und ähnliche Dinge. Normalerweise werden die Fußnoten immer zum Text gezählt.
Die Linien entfernst Du, indem Du showframe entfernst.
3) Die Schriftgröße der Grundschrift wird so eingestellt, ja, mehr nicht. Bei pdfLaTeX werden Schriften häufig durch Pakete eingebunden (z.B.
lmodern,
mathpazo,
libertine, ...) bei XeLaTeX und LuaLaTeX mit
fontspec. Das egregdoesnotlikesansseriftitles sorgt lediglich dafür, dass die Überschriften nicht in der voreingestellten Sans-Serif-Schrift sondern in der Serifenschrift gesetzt werden. Häufig können nur bestimmte Schriftgrößen in der Dokumentenklasse angegeben werden: Meist sind das 10pt, 11pt und 12pt, sie setzten die Normalgröße auf 10, 11 oder 12 Punkte und passt den Rest daran an.
Bei nur 30 Seiten ist vielleicht scrartcl die etwas bessere Wahl. Man bräuchte dann für 5) \counterwithin{equation}{section} (mit älteren LaTeX-Versionen ist der Befehl nur mit dem Paket
chngctr erhältlich, seit April 2018 ist das im LateX-Kern). Mit der Option headings=normal bekommt man dann auch \large \sections, was bei 12pt dann 14pt ergibt.
4) Leider hat das Paket
setspace auf CTAN keine PDF-Dokumentation, daher hier ein kleiner Ausschnitt aus den Kommentaren der Paketdatei
%% This style option provides commands and environments for doing
%% double and one-and-a-half spacing based on pt size.
%%
%% Single spacing is the default.
%%
%% Three commands, \singlespacing, \onehalfspacing, and
%% \doublespacing, are for use in the preamble to set the overall
%% spacing for the document. If a different spacing is required then
%% the \setstretch{baselinestretch} command can be used in the
%% preamble to set the baselinestretch appropriately. The default
%% spacing with this style option is single spacing.
5) Siehe oben. Bei article-ähnlichen Klassen mit \counterwithin.
\documentclass[ngerman,12pt,egregdoesnotlikesansseriftitles,headings=normal]{scrartcl}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{babel}
\usepackage{csquotes}
\usepackage{lmodern}
\usepackage{booktabs}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{amsmath}
\usepackage[top=3cm,bottom=2cm,left=4cm,right=3cm,showframe]{geometry}% evtl. mit includehead, includefoot; showframe nur fürs Beispiel
\setlength{\footskip}{.8cm}% zufälliger Wert, der nicht total mist aussah
\usepackage{setspace}
\onehalfspacing
\usepackage[maths=both]{duckuments}% nur für Blindtext
\usepackage{hyperref}
\counterwithin{equation}{section}
\begin{document}
\duckument
Lorem\footnote{ipsum} dolor\footnote{sit} amet\footnote{consectur}
\end{document}
