Du möchtest den gezeichneten Bereich also nicht einschränken sondern die Gerade verlängern. Das hast du uns bisher nicht verraten und ein Beispiel an dem man das hätte erkennen können, gab es auch nicht.
Wenn die Gerade nur etwas verlängert werden soll, könnte man das so lösen:
\documentclass[margin=5mm]{standalone}
\usepackage{pgfplots}
\pgfplotsset{compat=1.9}
\usepackage{pgfplotstable}
\usetikzlibrary{calc}
\usepackage{filecontents}
\begin{filecontents}{Daten.dat}
1.16066180e+00 2.28442625e-01 4.32300081e-02
1.73802471e+00 2.91068472e-01 7.29760080e-02
2.29618963e+00 5.17043996e-01 2.65684424e-01
3.29570747e+00 6.41803099e-01 5.03999200e-01
\end{filecontents}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}
\begin{axis}[xmin=-0.5,xmax=4.5,ymin=-0.1]
\addplot+[only marks,error bars/.cd,y dir=both,y explicit]%
table[x index=0,y index=1,y error index=2]%
{Daten.dat};
%\addplot+[green,mark=none,domain=0:4]{-0.017770+0.206044*x};
\addplot+[draw=none,mark=none]%
table [x index=0,y={create col/linear regression={y=[index]1}}]%
{Daten.dat}coordinate[pos=0](a)coordinate[pos=1](e);
\draw[red] ($(a)!-0.3!(e)$)--($(a)!1.3!(e)$);
\end{axis}
\end{tikzpicture}
\end{document}
Hier ist noch ein Vorschlag, falls die Gerade genau von 0 bis 4 gehen soll:
\documentclass[margin=5mm]{standalone}
\usepackage{pgfplots}
\pgfplotsset{compat=1.9}
\usepackage{pgfplotstable}
\usetikzlibrary{calc}
\usepackage{filecontents}
\begin{filecontents}{Daten.dat}
1.16066180e+00 2.28442625e-01 4.32300081e-02
1.73802471e+00 2.91068472e-01 7.29760080e-02
2.29618963e+00 5.17043996e-01 2.65684424e-01
3.29570747e+00 6.41803099e-01 5.03999200e-01
\end{filecontents}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}
\newcommand\xl{0}
\newcommand\xr{4}
\begin{axis}[xmin=-0.5,xmax=4.5,ymin=-0.1]
\addplot+[only marks,error bars/.cd,y dir=both,y explicit]%
table[x index=0,y index=1,y error index=2]%
{Daten.dat};
%\addplot+[green,mark=none,domain=0:4]{-0.017770+0.206044*x};
\addplot+[draw=none,mark=none]%
table [x index=0,y={create col/linear regression={y=[index]1}}]%
{Daten.dat}coordinate[pos=0](a)coordinate[pos=1](e);
\coordinate(l)at({axis cs:\xl,0}|-{rel axis cs:0,0});
\coordinate(r)at({axis cs:\xr,0}|-{rel axis cs:0,1});
\end{axis}
\clip (l)rectangle(r);
\draw[red] ($(a)!-2!(e)$)--($(a)!2!(e)$);
\end{tikzpicture}
\end{document}
Gegebenenfalls musst du mit xmin, xmax, ymin, ymax dafür sorgen, dass dein Koordinatensystem groß genug für die verlängerte Gerade ist.
Gruß
Elke