Scheint ja wieder schwer zu sein, ein echtes
Minimalbeispiel zu machen …
Wie dem auch sei. Wenn man sich an die [d]subcaption[/d]-Anleitung hält und zusätzlich wie bei Abbildungen üblich, eine Bildunterschrift verwendet, dann funktioniert es:
\documentclass[a4paper, 12 pt, headings=small]{scrartcl}
\usepackage[english, ngerman]{babel}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{lmodern}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{pdfpages}
\numberwithin{figure}{section}
\numberwithin{table}{section}
\usepackage{subcaption}
\begin{document}
\section{Abschnitt 4}
\subsection{Unterabschnitt 4.1}
\begin{figure}
\begin{minipage}{\textwidth}
\includegraphics{example-image-a}
\subcaption*{Anmerkung}
\end{minipage}
\caption{Beispiel Grafik 4.1}
\label{abb4-1}
\end{figure}
\subsection{Unterabschnitt 4.2}
\subsubsection{Unterunterabschnitt 4.2.1}
\begin{figure}
\includegraphics{example-image-b}
\caption{Beispiel Grafik 4.2}
\label{abb4-2}
\end{figure}
\end{document}
Ebenso funktioniert es, wenn man sich an die [d]subcaption[/d]- und die [d]scrreprt[/d]-Anleitung hält und korrekt angibt, dass man Bildüberschriften statt Bildunterschriften verwendet:
\documentclass[a4paper,12pt,headings=small,captions=figureabove]{scrartcl}
\usepackage[english, ngerman]{babel}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{lmodern}
\usepackage{graphicx}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{pdfpages}
\numberwithin{figure}{section}
\numberwithin{table}{section}
\usepackage{subcaption}
\begin{document}
\section{Abschnitt 4}
\subsection{Unterabschnitt 4.1}
\begin{figure}
\caption{Beispiel Grafik 4.1}
\label{abb4-1}
\begin{minipage}{\textwidth}
\includegraphics{example-image-a}
\subcaption*{Anmerkung}
\end{minipage}
\end{figure}
\subsection{Unterabschnitt 4.2}
\subsubsection{Unterunterabschnitt 4.2.1}
\begin{figure}
\caption{Beispiel Grafik 4.2}
\label{abb4-2}
\includegraphics{example-image-b}
\end{figure}
\end{document}
Beachte auch die Warnung, die du für smallheadings kassiert hast.
