Wenn ich Dein Beispiel ausprobiere, bekomme ich ein PDF für das pdffonts mir folgende Fonts auswirft: 
name                                 type              encoding         emb sub uni object ID
------------------------------------ ----------------- ---------------- --- --- --- ---------
YJWNRP+SFSS2488                      Type 1            Custom           yes yes no       4  0
TKZEUT+GaramondNo8-Reg               Type 1            Custom           yes yes no       5  0
DXEWYA+SFSS1728                      Type 1            Custom           yes yes no       6  0
MPFNKW+SFSS1440                      Type 1            Custom           yes yes no       7  0
WXARUK+GaramondNo8-Reg-Slant_287     Type 1            Custom           yes yes no      13  0
RJICSD+SFSS1200                      Type 1            Custom           yes yes no      14  0
YUIVMH+MathDesign-GM-Regular-Symbol-10 Type 1            Builtin          yes yes no      15  0
DHSCJT+GaramondNo8-Med               Type 1            Custom           yes yes no      19  0
Außer für die Überschriften wird also einwandfrei Garamond verwendet. Wenn das bei dir nicht so ist, hast du vermutlich den Font nicht installiert.
pdflatex sagt das dann aber ggf. auch im Log-File. Ganz am Ende lädt es normalerweise die Fonts und gibt dann etwas aus wie: 
/usr/local/texlive/2014/texmf-dist/fonts/enc/dvips/ly1/texnansi.enc}{/usr/local/texlive/2014/texmf-dist/fonts/enc/dvips/cm-super/cm-super-t1.enc}</usr/local/texlive/2014/texmf-dist/fonts/type1/public/mathdesign/mdugm/md-gmr7y.pfb></usr/local/texlive/2014/texmf-dist/fonts/type1/public/cm-super/sfss1200.pfb></usr/local/texlive/2014/texmf-dist/fonts/type1/public/cm-super/sfss1440.pfb></usr/local/texlive/2014/texmf-dist/fonts/type1/public/cm-super/sfss1728.pfb></usr/loca
l/texlive/2014/texmf-dist/fonts/type1/public/cm-super/sfss2488.pfb></usr/local/texlive/texmf-local/fonts/type1/urw/garamond/ugmm8a.pfb></usr/local/texlive/texmf-local/fonts/type1/urw/garamond/ugmr8a.pfb></usr/local/texlive/texmf-local/fonts/type1/urw/garamond/ugmr8a.pfb
Wenn es da einen Font nicht findet, verschweigt es das nicht.
Die von dir angegebene Warnung sagt hingegen, dass die für die Überschriften verwendete Serifenlose keine medium-bold (mb) kennt. Das passiert, weil das Paket mdugm dummer Weise \bfdefault umdefiniert.
Die Fonts kann man bei TeX Live übrigens einfach per getnonfreefonts installieren. Ob das auch mit MiKTeX funktioniert, weiß ich nicht.