Welche Version von biblatex verwendest Du denn? Der Code unten funktioniert mit der aktuellen Version 3.5 einwandfrei. Da in dieser Version aber die Datumsbehandlung neu implementiert wurde, wird der Code bei älteren Versionen wohl nur Murks produzieren.
Mit den Optionen alldates=year, urldate=short bekommst Du nur das Abrufdatum als vollständiges Datum, alles andere bleibt ein Jahr.
Sollte ich Deinen Kommentar zu den Leerzeichen so verstehen, dass die weg sollen? Laut Duden ist sowohl mit als auch ohne Leerzeichen OK (der Duden sagt, dass in der Textverarbeitung mit Leerzeichen gesetzt wird, DIN 5008 dagegen keine Leerzeichen macht).
Die Kommas sollten so um Version 3.3/3.4 auf einmal aufgetaucht sein, da hat sich nämlich das Namensformat geändert. Eigentlich sollte
\renewcommand*{\revsdnamepunct}{}
ausreichen.
Das Beispiel funktioniert in Version 3.5 einwandfrei, mit älteren Versionen sollte es teils erhebliche Probleme geben.
\documentclass[ngerman]{scrartcl}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{babel}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{lmodern}
\usepackage[natbib=true, style=nejm, maxnames=6, minnames=6, sorting=none, sortcites=true, backend=biber, alldates=year, urldate=short]{biblatex}
\DefineBibliographyExtras{ngerman}{%
\protected\def\mkbibdatelong#1#2#3{%
\iffieldundef{#3}
{}
{\mkbibordinal{\thefield{#3}}%
\iffieldundef{#2}{}{\nobreakspace}}%
\iffieldundef{#2}
{}
{\mkbibmonth{\thefield{#2}}%
\iffieldundef{#1}{}{\space}}%
\iffieldbibstring{#1}
{\bibstring{\thefield{#1}}}
{\dateeraprintpre{#1}\stripzeros{\thefield{#1}}}}%
\protected\def\mkbibdateshort#1#2#3{%
\iffieldundef{#3}
{}
{\mkdayzeros{\thefield{#3}}\adddot
\iffieldundef{#2}{}{\thinspace}}%
\iffieldundef{#2}
{}
{\mkmonthzeros{\thefield{#2}}%
\iffieldundef{#1}
{}
{\iffieldundef{#3}{/}{\adddot\thinspace}}}%
\iffieldbibstring{#1}
{\bibstring{\thefield{#1}}}
{\dateeraprintpre{#1}\mkyearzeros{\thefield{#1}}}}%
}
\addbibresource{biblatex-examples.bib}
\renewcommand*{\revsdnamepunct}{}
\begin{document}
\autocite{markey,sigfridsson,worman,knuth:ct:a}
\printbibliography
\end{document}