Zunächst: Lasse pdftex bei den Klassenoptionen weg, a4paper entspricht der Voreinstellung und Deine Angabe für BCOR verwendet eine veraltete Syntax. Das Paket scrpage2 wurde schon vor etlichen Jahren von scrlayer-scrpage abgelöst und die Option plainheadsepline hat ohne headsepline keinen Effekt.
Ich gehe jetzt mal davon aus, dass Du mit "zu wenig Abstand" meinst, dass sich der Kopfzeileneintrag mit der Seitenzahl überlappt. Kann aber sein, dass ich damit falsch liege.
Den Inhalten von \ihead, \chead und \ohead steht jeweils die gesamte Breite der Kopfzeile zur Verfügung. Der erste Buchstabe in dem jeweiligen Befehl bestimmt nur, wie der Inhalt ausgerichtet wird. Dafür, dass die Einträge nicht so breit werden, dass sie andere Inhalte überlappen, bist Du selbst verantwortlich. Soll der Eintrag in der Kopfzeile nur einen Teil der Breite einnehmen, dann kann man dafür beispielsweise \parbox mit der gewünschten (maximalen) Breite im Argument der genannten Befehle verwenden. Sind einige Kopfzeilen mehrzeilig, dann muss außerdem die Höhe der Kopfzeile vergrößert werden. Wenn Dein langer Kopfzeileneintrag nur einen Teil der Kopfzeilenbreite einnimmt, werden das aber sogar noch mehr Zeilen. Du solltest dann ernsthaft überlegen, die Seitenzahl im Fuß auszugeben.
Sinnvoller ist es allerdings das optionale Argument der Gliederungsbefehle für einen verkürzten Kopfzeileneintrag zu nutzen. Soll im Inhaltsverzeichnis trotzdem die lange Überschrift stehen, dann lässt sich die Verwendung der Kurzform nur in der Kopfzeile einfach mit der Option headings=tohead einstellen.
\documentclass[
BCOR=15mm,% veraltete Syntax ersetzt
headings=optiontohead
]{scrreprt}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[
headsepline,
plainheadsepline,% hat nur eine Effekt mit Option headsepline
automark,
%autooneside=false% wird hier nicht benötigt
]{scrlayer-scrpage}% Nachfolger von scrpage2, setzt Seitenstil scrheadings
\ohead*{\pagemark}% Abkürzung für \ohead[\pagemark]{\pagemark}
\ihead*{\headmark}
\usepackage{blindtext}% nur für Fülltext
\begin{document}
\tableofcontents
\chapter[Kurzversion]{bug 1 - Lange Abschnittsnamen werden in der Kopfzeile des D.o.k.uments mit zu wenig Abstand gesetzt, was man nur sieht wenn man kurze Wörter verwendet}
\end{document}