Die Grundlage meiner Änderungen ist das Beispiel von markusv.
Meine Gestaltung der Spaltentypen zeigt lediglich eine Alternative.
Für die zweite bis letzte Seite fehlt der Aufruf von \cmidrule.
Falls Du ein Tabellenverzeichnis benutzt, sollte dieses nur einen Eintrag für die Tabelle enthalten.
\begin{filecontents}{table-geordnet.auto}
\renewcommand{\arraystretch}{1.5}
\setlength{\tabcolsep}{5mm}
\begin{longtable}{
X
*{2}{
*{2}{
S[table-format=3.1, table-space-text-post=\,\si{\percent}]
}
S[table-format=1.2]
}
}
\caption{Add caption}
\label{tab:geordnet}\\
\toprule
& \multicolumn{3}{c}{Teilstichprobe 1} & \multicolumn{3}{c}{Teilstichprobe 2}\\
\cmidrule(lr){2-4} \cmidrule(lr){5-7}
& {Artih. Mittel} & {Median} & {FQ} & {Arith. Mittel} & {Median} & {FQ}\\
\endfirsthead
\caption[]{Fortsetzung: Tabelle}\\% <- [] für Tabellenverzeichnis eingefügt
\toprule
& \multicolumn{3}{c}{Teilstichprobe 1} & \multicolumn{3}{c}{Teilstichprobe 2}\\
\cmidrule(lr){2-4} \cmidrule(lr){5-7}% <- eingefügt
& {Arith. Mittel} & {Median} & {FQ} & {Arith. Mittel} & {Median} & {FQ}\\
\midrule
\endhead
\midrule
& \multicolumn{6}{c}{\bfseries Übergreifende Kategorie 1}\\
Variable 1 & 100,0\,\si{\percent}& 100,0\,\si{\percent}& 0,00 & 100,0\,\si{\percent}& 100,0\,\si{\percent}& 0,00\\
Variable 2 & 98,9\,\si{\percent}& 100,0\,\si{\percent}& 0,01 & 96,7\,\si{\percent}& 98,5\,\si{\percent}& 0,03\\
Variable 3 & 88,9\,\si{\percent}& 94,5\,\si{\percent}& 0,11 & 88,0\,\si{\percent}& 88,9\,\si{\percent}& 0,12 \\
Variable 1 & 100,0\,\si{\percent}& 100,0\,\si{\percent}& 0,00 & 100,0\,\si{\percent}& 100,0\,\si{\percent}& 0,00\\
Variable 2 & 98,9\,\si{\percent}& 100,0\,\si{\percent}& 0,01 & 96,7\,\si{\percent}& 98,5\,\si{\percent}& 0,03\\
Variable 3 & 88,9\,\si{\percent}& 94,5\,\si{\percent}& 0,11 & 88,0\,\si{\percent}& 88,9\,\si{\percent}& 0,12 \\
Variable 1 & 100,0\,\si{\percent}& 100,0\,\si{\percent}& 0,00 & 100,0\,\si{\percent}& 100,0\,\si{\percent}& 0,00\\
Variable 2 & 98,9\,\si{\percent}& 100,0\,\si{\percent}& 0,01 & 96,7\,\si{\percent}& 98,5\,\si{\percent}& 0,03\\
Variable 3 & 88,9\,\si{\percent}& 94,5\,\si{\percent}& 0,11 & 88,0\,\si{\percent}& 88,9\,\si{\percent}& 0,12 \\
Variable 1 & 100,0\,\si{\percent}& 100,0\,\si{\percent}& 0,00 & 100,0\,\si{\percent}& 100,0\,\si{\percent}& 0,00\\
Variable 2 & 98,9\,\si{\percent}& 100,0\,\si{\percent}& 0,01 & 96,7\,\si{\percent}& 98,5\,\si{\percent}& 0,03\\
Variable 3 & 88,9\,\si{\percent}& 94,5\,\si{\percent}& 0,11 & 88,0\,\si{\percent}& 88,9\,\si{\percent}& 0,12 \\
Variable 1 & 100,0\,\si{\percent}& 100,0\,\si{\percent}& 0,00 & 100,0\,\si{\percent}& 100,0\,\si{\percent}& 0,00\\
Variable 2 & 98,9\,\si{\percent}& 100,0\,\si{\percent}& 0,01 & 96,7\,\si{\percent}& 98,5\,\si{\percent}& 0,03\\
Variable 3 & 88,9\,\si{\percent}& 94,5\,\si{\percent}& 0,11 & 88,0\,\si{\percent}& 88,9\,\si{\percent}& 0,12 \\
Variable 1 & 100,0\,\si{\percent}& 100,0\,\si{\percent}& 0,00 & 100,0\,\si{\percent}& 100,0\,\si{\percent}& 0,00\\
Variable 2 & 98,9\,\si{\percent}& 100,0\,\si{\percent}& 0,01 & 96,7\,\si{\percent}& 98,5\,\si{\percent}& 0,03\\
Variable 3 & 88,9\,\si{\percent}& 94,5\,\si{\percent}& 0,11 & 88,0\,\si{\percent}& 88,9\,\si{\percent}& 0,12 \\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{filecontents}
\documentclass[fontsize=12pt, captions=tableabove, numbers=noenddot, listof=totoc]{scrreprt}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{lmodern}% <- eingefügt
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[locale=DE]{siunitx}% <- geändert
\usepackage{ltxtable}
\usepackage{booktabs}
\usepackage{pdflscape}
\usepackage{scrhack}% für showframe im Querformat
\usepackage{showframe}
\begin{document}
\tableofcontents
\listoftables
\begin{landscape}
\LTXtable{\linewidth}{table-geordnet.auto}
\end{landscape}
\end{document}
Wenn das Prozentzeichen nicht in den Datenzellen stehen muss, darf es in die Spaltenbeschriftung verschoben werden.
\begin{filecontents}{table-geordnet.auto}
\renewcommand{\arraystretch}{1.5}
\setlength{\tabcolsep}{5mm}
\begin{longtable}{
X% Ersatz für p{5.5cm}
*{2}{
*{2}{
S[table-format=3.1]
}
S[table-format=1.2]
}
}
\caption{Add caption}
\label{tab:geordnet}\\
\toprule
& \multicolumn{3}{c}{Teilstichprobe 1} & \multicolumn{3}{c}{Teilstichprobe 2}\\
\cmidrule(lr){2-4} \cmidrule(lr){5-7}
& {Arith. Mittel} & {Median} & {FQ} & {Arith. Mittel} & {Median} & {FQ} \\
& \si{\percent} & \si{\percent} & & \si{\percent} & \si{\percent} & \\
\endfirsthead
\caption[]{Fortsetzung: Tabelle}\\% <- [] für Tabellenverzeichnis eingefügt
\toprule
& \multicolumn{3}{c}{Teilstichprobe 1} & \multicolumn{3}{c}{Teilstichprobe 2} \\
\cmidrule(lr){2-4} \cmidrule(lr){5-7}% <- eingefügt
& {Arith. Mittel} & {Median} & {FQ} & {Arith. Mittel} & {Median} & {FQ} \\
& \si{\percent} & \si{\percent} & & \si{\percent} & \si{\percent} & \\
\midrule
\endhead
\midrule
& \multicolumn{6}{c}{\bfseries Übergreifende Kategorie 1}\\
Variable 1 & 100,0 & 100,0 & 0,00 & 100,0 & 100,0 & 0,00 \\
Variable 2 & 98,9 & 100,0 & 0,01 & 96,7 & 98,5 & 0,03 \\
Variable 3 & 88,9 & 94,5 & 0,11 & 88,0 & 88,9 & 0,12 \\
Variable 1 & 100,0 & 100,0 & 0,00 & 100,0 & 100,0 & 0,00 \\
Variable 2 & 98,9 & 100,0 & 0,01 & 96,7 & 98,5 & 0,03 \\
Variable 3 & 88,9 & 94,5 & 0,11 & 88,0 & 88,9 & 0,12 \\
Variable 1 & 100,0 & 100,0 & 0,00 & 100,0 & 100,0 & 0,00 \\
Variable 2 & 98,9 & 100,0 & 0,01 & 96,7 & 98,5 & 0,03 \\
Variable 3 & 88,9 & 94,5 & 0,11 & 88,0 & 88,9 & 0,12 \\
Variable 1 & 100,0 & 100,0 & 0,00 & 100,0 & 100,0 & 0,00 \\
Variable 2 & 98,9 & 100,0 & 0,01 & 96,7 & 98,5 & 0,03 \\
Variable 3 & 88,9 & 94,5 & 0,11 & 88,0 & 88,9 & 0,12 \\
Variable 1 & 100,0 & 100,0 & 0,00 & 100,0 & 100,0 & 0,00 \\
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Variable 1 & 100,0 & 100,0 & 0,00 & 100,0 & 100,0 & 0,00 \\
Variable 2 & 98,9 & 100,0 & 0,01 & 96,7 & 98,5 & 0,03 \\
Variable 3 & 88,9 & 94,5 & 0,11 & 88,0 & 88,9 & 0,12 \\
\bottomrule
\end{longtable}
\end{filecontents}
\documentclass[fontsize=12pt, captions=tableabove, numbers=noenddot, listof=totoc]{scrreprt}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage{lmodern}% <- eingefügt
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[locale=DE]{siunitx}% <- geändert
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\usepackage{booktabs}
\usepackage{pdflscape}
\usepackage{scrhack}% für showframe im Querformat
\usepackage{showframe}
\begin{document}
\tableofcontents
\listoftables
\begin{landscape}
\LTXtable{\linewidth}{table-geordnet.auto}
\end{landscape}
\end{document}