Die Verwendung von
fancyhdr mit einer KOMA-Script-Klasse wird ausdrücklich nicht empfohlen. Es gibt hier im Forum dazu sicher Dutzende Hinweise und teilweise auch Gründe. Das Beispiel zeigt quasi einen weiteren. Ohne das Paket, nur mit \pagestyle{headings} tritt das Problem gar nicht erst auf. Ebenso tritt es nicht mit
scrlayer-scrpage auf. Mit
fancyhdr muss man stattdessen \chaptermark umdefinieren, um dort das von
fancyhdr fest voreingestellte \@chapapp los zu werden.
Das Abschalten der Absatzauszeichnung mit \setlength{\parindent}{0pt} wird ausdrücklich nicht empfohlen. Wer keinen Absatzeinzug mag solle zumindest Absatzabstand verwenden. Siehe dazu Option parskip in der
KOMA-Script-Anleitung oder im
KOMA-Script-Buch. Derzeit ist die Absatzauszeichnung einfach nur abgeschaltet. Man könnte also (etwas überspitzt gesagt) auch einfach auf Absätze verzichten.
Bei KOMA-Script sollte man eigentlich nie \addcontentsline verwenden. Unterste Ebene sollte \addxcontentsline sein. Statt \addcontentsline{toc}{chapter}{…} wäre eigentlich \addchaptertocentry{…}zu verwenden. Korrekt macht man aber den Inhaltsverzeichniseintrag für das Literaturverzeichnis einfach mit Option bibliography=totoc oder wahlweise toc=bibliography.
Die ganzen \newpage sollten eher \clearpage oder \cleardoublepage sein.
Ein \newpage o.ä. nach \chapter erscheint wenig sinnvoll. Das sieht sehr danach aus, dass eigentlich \part oder \addpart zu verwenden wäre.
Eine Überschrift "Anhang" ist insgesamt fragwürdig. Näheres dazu ist unter dem oben bereits erwähnten Link ausführlich dargelegt.