Bei Biblatex with Biber: Configuring my editor to avoid undefined citations steht, wie Du Biber als eigenen Menüpunkt bekommst.
Der Menüpunkt "pdfLaTeX+MakeIndex+BibTeX" wird von texify gesteuert, da kann man Biber auch einstellen, siehe How to automate using biber in MiKTeX-TeXworks.
Ich würde Dir aber gleich den Einsatz von latexmk (dynamisch) oder arara (eher statische Kompilierfolge) empfehlen.
