Mir ist noch immer nicht so recht klar, was Du willst, aber vielleicht könnte Dir
pdfcomment (← dies ist ein geprüfter Link, der direkt zur Paketkurzbeschreibung auf CTAN führt!) oder
ocgtools oder
attachfile helfen. Das erste stellt
annotations, das zweite
layers zur Verfügung. Natürlich gibt es bei PDF auch die Möglichkeit mit
attachments (3. Vorschlag) zu arbeiten.