Guten morgen Günter,
also dein Code ist schonmal nicht funktionsfähig. Da fehlte eine usepackage Anweisung. Macht aber nix das war schnell gefunden. Des weiteren sollte die label Anweisung hinter der Caption-Anweisung stehen. Sonst gehts schief. Hier ein funktionierende Code auf Basis der beiden Beispiele.
\documentclass[a4paper,10pt]{scrreprt}
\usepackage{chngcntr}
\usepackage{booktabs}
\counterwithout{figure}{chapter}
\counterwithout{table}{chapter}
\begin{document}
\chapter{Kapitel 1}
\begin{table}
Test der ersten Tabelle
\caption{Testtabelle}
\label{table1}
\end{table}
Siehe Tabelle \ref{table1}.
\chapter{Kapitel 2}
\begin{table}
Test der 2. Tabelle
\caption{Testtabelle}
\label{table2}
\end{table}
\begin{table}
Test der 3. Tabelle
\caption{Testtabelle}
\label{table3}
\end{table}
Siehe Tabelle \ref{table2} und \ref{table3}. Die Tabelle von Günter \ref{genPfad1} ist leider DOCH o.k.
\begin{table}[ht]\centering
\footnotesize
\begin{tabular}{cc}
\toprule
& \\
\midrule
Zeile 1 a & Zeile 1 b \\
Zeile 2 a & Zeile 2 b \\
\bottomrule
\end{tabular}
\caption{Beispieltabelle}
\label{genPfad1}
\end{table}
\end{document}
Übrigens wenn du das Paket Caption verwenden würdest, dann bekommst du sogar eine Warnung bezüglich der falschen Anordnung von caption und label:
Package caption Warning: \label before \caption ignored on input line 43.
und die Referenz wird nicht gesetzt womit "genPfad1" nicht existiert.
Gruß
DonCube