Da Du hyperref schon verwendest:
\cleardoublepage\pdfbookmark{\contentsname}{toc}\tableofcontents
Entsprechendes kann für die übrigen Verzeichnisse verwendet werden. Für den Titel mit \maketitle sollte
\cleardoublepage\pdfbookmark{Startseite}{title}\maketitle
funktionieren. Bei einseitigen Dokumenten verwendet man \clearpage statt \cleardoublepage.
\pdfbookmark steht übrigens sogar in der hyperref-Anleitung. Andere Dinge stehen hingegen bei hyperref häufig nur im README.